SOGA2

Identyfikatory
MTCL1
	, CCDC165, KIAA0802, SOGA2, czynnik sieciowania mikrotubul 1
Identyfikatory zewnętrzne
Lokalizacja genu ( człowiek )
Chr.
Koniec
Lokalizacja genu ( mysz )
Chr.
Koniec
Wzór ekspresji RNA
Ontologia genów
Funkcja molekularna
Komponent komórkowy
Proces biologiczny
	Źródła: Amigo / QuickGO
ortologi
	Wikidane
Wyświetl/edytuj człowieka	Wyświetl/edytuj mysz

SOGA2 , znany również jako supresor związanej z autofagią glukozy 2 lub CCDC165 , jest białkiem , które u ludzi jest kodowane przez gen SOGA2 . SOGA2 ma dwóch ludzkich paralogów , SOGA1 i SOGA3 . U ludzi sekwencja kodująca gen ma długość 151 349 par zasad, mRNA ma 6092 par zasad, a sekwencja białkowa ma 1586 aminokwasów. Gen SOGA2 jest konserwowany u goryla, pawiana, galago, szczura, myszy, kota i innych. Istnieje odległa ochrona obserwowana w organizmach, takich jak zięby zebry i anole. SOGA2 ulega wszechobecnej ekspresji u ludzi, ze szczególnie wysoką ekspresją w mózgu (zwłaszcza móżdżku i hipokampie), jelicie grubym, przysadce mózgowej, jelicie cienkim, rdzeń kręgowy , jądra i mózg płodu.

Gen

Umiejscowienie

SOGA2 znajduje się od 8717369 do 8832775 na krótkim ramieniu chromosomu 18 (18p11.22).

Homologia i ewolucja

Paralogi

Istnieją dwa główne paralogi SOGA2: ludzkie białko SOGA1 i ludzkie białko SOGA3 . Wykazano, że SOGA1 bierze udział w supresji glukozy przez autofagię. Szybkość, z jaką ortologi odbiegają od człowieka SOGA2 (mierzona jako % identyczności), określa przybliżone zdarzenie duplikacji SOGA1 z SOGA2 na ~ 254,1 MYA, a zdarzenie duplikacji SOGA3 z SOGA2 ~ 329,1 MYA.

nazwa białka	numer dostępowy	długość sekwencji (aa)	identyczność sekwencji z ludzkim białkiem	notatki
SOGA3	NP_001012279.1	947	58%	konserwowane w ~ 500 N-końcowych aa
SOGA1 izoforma 2	NP_954650.2	1016 aa	65%	konserwowane w pierwszych ~ 900 aa
SOGA1 izoforma 1	NP_542194.2	1661	41%	konserwowane na całej długości sekwencji z wyjątkiem ~ 950-1150

ortologi

U eukariontów zidentyfikowano wiele ortologów.

Nazwa zwyczajowa	nazwa białka	rozbieżność z linii ludzkiej (MYA)	numer dostępowy	długość sekwencji (aa)	identyczność sekwencji z ludzkim białkiem	różnice w domenach białkowych
goryl	białko SOGA2	8.8	XP_004059220.1	1586	99%
pawian	białko SOGA2	29	XP_003914218	1587	98%
galago	białko SOGA3	74	XP_003801047.1	1583	88%	Brak DUF4201
szczur	CCDC165	92,3	XP_237548.6	2060	81%	Brak DUF4201
mysz	SOGA2	92,3	NP_001107570.1	1893	80%
kot domowy	białko SOGA2	94,2	XP_003995077.1	1700	84%	Brak DUF4201
krowa	CCDC166	94,2	XP_581047.5	1525	74%	Brak DUF4201
Słoń afrykański	CCDC167-podobny	98,7	XP_003406836.1	1544	73%
zebry Finch	białko SOGA2	296	XP_002193121.1	1598	69%	Brak DUF4201
Ptactwo Czerwonej Dżungli	CCDC165	296	XP_423729.3	1600	70%	Brak DUF4201
Anol Karolina	niescharakteryzowane białko podobne do KIAA0802	296	XP_003225723.1	1839	67%	Brak DUF4201

Wykres identyczności sekwencji z ludzkim SOGA2 w funkcji czasu rozbieżności ortologów ludzkiego SOGA2.

Odległe homologi

Nazwa zwyczajowa	nazwa białka	rozbieżność z linii ludzkiej (MYA)	numer dostępowy	długość sekwencji (aa)	identyczność sekwencji z ludzkim białkiem	różnice w domenach białkowych
Tropikalna żaba szponiasta	niescharakteryzowane białko podobne do C20orf117	371,2	XP_002942331.1	1584	39%
fioletowy jeżowiec	niescharakteryzowane białko LOC578090	742,9	XP_783370.2	1587	47%	Brak DUF4201
wszy ciała	Centromerowe białko E, domniemane	782,7	XP_002429877.1	2086	30%	brak współdzielonych domen
południowy komar domowy	hipotetyczne białko konserwowane	782,7	XP_001843754.1	1878	32%	brak współdzielonych domen
wieprzowina	białko z rodziny powtórzeń antygenu powierzchniowego	937,5	XP_003380263.1	2030	36%	brak współdzielonych domen

Domeny homologiczne

SOGA2 jest konserwowana najdalej wstecz w swoim regionie N-końcowym, gdzie zawiera trzy domeny o nieznanej funkcji.

Porównanie dopasowania wielu sekwencji regionów N-końcowych z regionami C-końcowymi daleko spokrewnionych ortologów SOGA2. Tutaj wykazano, że region N-końcowy jest dobrze konserwowany w organizmach, takich jak żaba szponiasta (FROG_SOGA2), ale region C-końcowy nie. Lokalizacja 19 jest przykładem jednej z 7 reszt leucyny, która jest konserwowana we wszystkich ortologach.

Białko

Skład wewnętrzny białka

SOGA2 jest bogaty w glicynę (stosunek składu SOGA2 do przeciętnego białka ludzkiego wynosi 1,723), glutaminian (r = 1,647) i argininę (r = 1,357). Ma również niższy niż zwykle skład tyrozyny (r = 0,3406), izoleucyny (r = 0,4430), fenyloalaniny (r = 0,5808) i waliny (r = 0,6161).

Struktura pierwotna i izoformy

SOGA2 ma 4 izoformy: Q9Y4B5-1, Q9Y4B5-2, Q9Y4B5-3, Q9Y4B5-4.

Grafika przedstawiająca 4 różne izoformy SOGA2. Izoforma 1 jest kanoniczna. Klucz modyfikacji: * E → ELRGPPVLPEQSVSIEELQGQLVQAARLHQEETETFTNKIHK **Q → QNCCGYPRINIEEETLGFTRLPAGSTVKTLKSLGLQRLE *** NQTVLLTAPWGL → ELPCSALAPS...LHGLSQYNSL

Domeny i motywy

SOGA2 zawiera domenę nieznanej funkcji 4201 (DUF4201) z aa 16-235. Ta domena jest specyficzna dla rodziny białek zawierających domenę zwiniętej cewki u eukariontów. Zawiera również dwie kopie Domain of Unknown Function 3166 (DUF3166): jedną z aa 140-235 i jedną z aa 269-364.

Modyfikacje potranslacyjne

Oczekuje się, że SOGA2 przejdzie szereg modyfikacji potranslacyjnych. Modyfikacje ludzkiego SOGA2, które są wspólne dla ortologów, obejmują:

Sumoilacja przy aminokwasach 87, 152, 235, 392 i 1379.
Sulfinowanie przy tyrozynach 14 i 1249.
Fosforylacja w wielu miejscach, zaznaczona na poniższej grafice:

Miejsca fosforylacji w SOGA2 przewidywane przez netPhos. Wyróżnione miejsca są chronione już od afrykańskich żab szponiastych.

Struktura drugorzędowa

Konsensus oprogramowania prognostycznego PELE, GOR4 i SOSUICoil jest taki, że drugorzędowa struktura SOGA2 jest zdominowana przez helisy alfa z przeplatanymi obszarami zwoju losowego. GOR4 wskazał, że SOGA2 jest zdominowany przez alfa-helisy; przewidział zaledwie 5,61% reszt w konformacji wydłużonej nici (równoległej lub antyrównoległej arkusza Beta), w przeciwieństwie do 47,79% helisy alfa i 46,6% zwojów losowych.

Struktura drugorzędowa ludzkiego SOGA2 przewidziana przez narzędzie GOR4. h odpowiada helisom alfa, c odpowiada przypadkowym zwojom, a e odpowiada rozciągniętej nici

Struktura trzeciorzędowa

SOGA2 ma wspólne cechy sekwencji w swoim wysoce konserwatywnym regionie N-końcowym. Ta homologia umożliwia przewidywanie jego trzeciorzędowej struktury na podstawie homologii do opublikowanych struktur 3D za pośrednictwem struktury Phyre2 i NCBI.

Struktura 3D SOGA2 przewidziana przez Phyre2. Struktura jest oparta na strukturze krystalicznej tropomiozyny przy rozdzielczości 7 angstremów, z 12% identycznością. Pasuje 283 reszt w regionie N-końcowym zawierającym CCDC.	1I84 S, Podfragment Ciężkiej Meromyozyny Żołądka Kurczaka Miozyny Mięśni Gładkich Z Regulacyjnym Łańcuchem Lekkim W Struktury 3d Stanu Defosforylowanego. Podświetlony region jest zachowany w SOGA2.

Ekspresja genu

Promotor

Poniżej przedstawiono promotor ludzkiego SOGA2.

Promotor ludzkiego genu SOGA2.

Dane dotyczące ekspresji genów

Profil EST pokazuje, że u ludzi SOGA2 ulega silnej ekspresji w wielu miejscach w całym ciele, w tym w kościach, mózgu, uchu, oku i wielu innych. Istnieje duża liczba transkryptów w próbkach raka wątroby. Dane z ludzkich mikromacierzy pokazują, że ekspresja SOGA2 jest umiarkowana, ze szczególnie wysoką ekspresją w mózgu (szczególnie w móżdżku i hipokampie), okrężnicy, przysadce mózgowej, jelicie cienkim, rdzeniu kręgowym, jądrach i mózgu płodu . Dane mikromacierzy specyficzne dla tkanki mózgowej pokazują, że SOGA2 ma wysoką ekspresję w tylnym płacie półkul móżdżku i tylnym płacie robaka w mózgu myszy . W większości innych obszarów mózgu ekspresja jest niska.

Warianty transkrypcji

U ludzi gen SOGA2 wytwarza 17 różnych transkryptów, z których 8 tworzy produkt białkowy (jeden ulega rozpadowi, w którym pośredniczy nonsens). Głównym transkryptem u ludzi jest transkrypt ID ENST00000359865 lub SOGA2-001.

Funkcjonować

Możliwe czynniki transkrypcyjne

Możliwe czynniki transkrypcyjne dla ludzkiego SOGA2 obejmują:

Współczynnik rozpoznawania modulatora 2
Białko wiążące element reagujący na cAMP 1
alternatywny wariant splicingu FOXP1
Gen podobny do MDS1/EVI1 1
Ikaros 2, możliwy regulator różnicowania limfocytów

Interakcje

z koimmunoprecypitacją kompleksu białkowego ( Co-IP ) ujawniły białka oddziałujące, takie jak regulatory śmierci komórkowej , transportery kasety wiążącej ATP (ABC) i białka wiążące kinazę białkową A.

540 oddziałujących białek obejmuje ABCF1 , ACTB , ACTL6A , BCLAF1 , BCLAF1 , CHEK1 i MAGEE2.

Analiza K-najbliższego sąsiada przeprowadzona przez wilka pSort wskazuje, że u ludzi SOGA2 skupia się głównie w jądrze, cytoplazmie i przestrzeni cytojądrowej. Istnieje niewielka szansa, że lokalizuje się w aparacie Golgiego.

Za pośrednictwem bazy danych STRING zidentyfikowano również szereg interakcji białkowych, w tym MARK2 , MARK4 i PPP2R2B .

Znaczenie kliniczne

SOGA2 nie ma obecnie znanych skojarzeń ani mutacji chorobowych.

Dalsza lektura

Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH i in. (2003). „Generowanie i wstępna analiza ponad 15 000 pełnej długości sekwencji cDNA człowieka i myszy” . proc. Natl. Acad. nauka USA . 99 (26): 16899–903. Bibcode : 2002PNAS...9916899M . doi : 10.1073/pnas.242603899 . PMC 139241 . PMID 12477932 .
Brajenovic M, Joberty G, Küster B i in. (2004). „Kompleksowa analiza proteomiczna kompleksów ludzkich białek Par ujawnia wzajemnie połączoną sieć białek” . J. Biol. chemia . 279 (13): 12804-11. doi : 10.1074/jbc.M312171200 . PMID 14676191 .
Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T i in. (2004). „Kompletne sekwencjonowanie i charakterystyka 21 243 pełnej długości ludzkich cDNA” . Nat. Genet . 36 (1): 40–5. doi : 10.1038/ng1285 . PMID 14702039 .
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA i in. (2004). „Stan, jakość i ekspansja projektu cDNA pełnej długości NIH: kolekcja genów ssaków (MGC)” . Genom Res . 14 (10B): 2121–7. doi : 10.1101/gr.2596504 . PMC 528928 . PMID 15489334 .
Nusbaum C, Zody MC, Borowsky ML i in. (2005). „Sekwencja DNA i analiza ludzkiego chromosomu 18” . Natura . 437 (7058): 551–5. Bibcode : 2005Natur.437..551N . doi : 10.1038/natura03983 . PMID 16177791 .
Nousiainen M, Silljé HH, Sauer G i in. (2006). „Analiza fosfoproteomu ludzkiego wrzeciona mitotycznego” . proc. Natl. Acad. nauka USA . 103 (14): 5391–6. Bibcode : 2006PNAS..103.5391N . doi : 10.1073/pnas.0507066103 . PMC 1459365 . PMID 16565220 .
Beausoleil SA, Villén J, Gerber SA i in. (2006). „Oparte na prawdopodobieństwie podejście do wysokowydajnej analizy fosforylacji białek i lokalizacji miejsca”. Nat. Biotechnologia . 24 (10): 1285–92. doi : 10.1038/nbt1240 . PMID 16964243 . S2CID 14294292 .
Olsen JV, Blagoev B, Gnad F i in. (2006). „Globalna, in vivo i specyficzna dla miejsca dynamika fosforylacji w sieciach sygnalizacyjnych” . komórka . 127 (3): 635–48. doi : 10.1016/j.cell.2006.09.026 . PMID 17081983 . S2CID 7827573 .