SYN (gen)
| Identyfikatory | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| SON | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| , BASS1, C21orf50, DBP-5, NREBP, SON3, SON DNA wiążące białko, TOKIMS, SON DNA i białko wiążące RNA | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Identyfikatory zewnętrzne | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidane | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Białko SON to białko , które u ludzi jest kodowane przez gen SON .
SON to nazwa nadana dużemu białku związanemu z Ser/Arg (SR) , które jest kofaktorem splicingu, który przyczynia się do wydajnego splicingu w progresji cyklu komórkowego . Jest również znany jako BASS1 (antagonista Bax wybrany w saccharomyces 1) lub białko wiążące NRE (białko wiążące negatywny element regulatorowy). Najpowszechniejszą genu tego białka splicingowego – które występuje tylko u ludzi (Homo sapiens) – jest SON, ale C21orf50, DBP5, KIAA1019 i NREBP mogą być również używane jako synonimy.
Białko kodowane przez gen SON wiąże się ze specyficzną sekwencją DNA powyżej sekwencji regulatorowej promotora rdzenia i drugiego wzmacniacza ludzkiego wirusa zapalenia wątroby typu B (HBV). Poprzez to wiązanie hamuje aktywność promotora rdzenia HBV, transkrypcję genów HBV i wytwarzanie wirionów HBV. Białko wykazuje podobieństwa sekwencji z innymi białkami strukturalnymi wiążącymi DNA, takimi jak galina , onkoproteiny z rodziny MYC i onkoproteina MOS . Może również brać udział w ochronie komórek przed apoptozą oraz w splicingu pre-mRNA. Mutacja w genie SON jest związana z zespołem ZTTK .
Struktura
Długość sekwencji białka SON składa się z 2426 aminokwasów , a jej status sekwencji jest całkowicie zakończony. Jego masa cząsteczkowa wynosi 263 830 daltonów (Da), a jego domena zawiera 8 rodzajów powtórzeń rozmieszczonych w 3 regionach. Białko to znajduje się w 21. chromosomie i jest zlokalizowane głównie w plamkach jądrowych. Jego wyższą ekspresję obserwuje się w leukocytach i komórkach serca.
Proces łączenia
Białko SON jest niezbędne do utrzymania subjądrowej organizacji czynników przetwarzanych w jądrze, co podkreśla jego bezpośrednią rolę w splicingu pre-mRNA. [ potrzebna strona ]
Splicing to proces przekształcania pre-mRNA w mRNA. Pre-mRNA, który właśnie uległ transkrypcji, zawiera sekwencje zwane intronami i eksonami . Introny to nieaktywne sekwencje nukleotydowe, które należy usunąć, aby egzony (sekwencje aktywne) mogły się połączyć, tworząc mRNA. spliceosomie zachodzi kontrolowany proces splicingu , kompleks, który łączy pre-mRNA i różne białka wiążące. Te białka wraz z czynnikami splicingowymi (których nie ma w spliceosomie) są odpowiedzialne za rozpoznawanie miejsca splicingowego 5' („donorowego”), miejsca splicingowego 3' („akceptorowego”) i sekwencji punktu rozgałęzienia w intronie. Wiadomo, że białko SON jest jednym z tych białek wiążących. [ potrzebna strona ]
Chociaż brakuje wiedzy na temat jego dokładnej kontroli splicingu w przebiegu cyklu komórkowego i pozostaje ono w dużej mierze niezbadane, pewne jest, że to białko związane ze splicingiem jest niezbędne do utrzymania embrionalnych komórek macierzystych, ponieważ wpływa na splicing regulatory pluripotencji.
SON odgrywa ważną rolę w przetwarzaniu mRNA. Niemniej jednak proces ten jest nadal trochę niepewny i dlatego w przyszłości interesujące będzie zrozumienie, jak dokładnie to białko oddziałuje z kompleksem spliceosomalnym, jego dokładną funkcją molekularną w kontekście splicingu. Białko SON nie tylko ingeruje w splicing, ale także powoduje, że złożone mechanizmy, takie jak posttranskrypcja RNA, współpracują z przetwarzaniem mRNA splicingu.
Ludzkie embrionalne komórki macierzyste są w stanie przejść proces różnicowania się w specyficzne i odpowiednie komórki. Aby utrzymać pluripotencję embrionalnych komórek macierzystych, czynniki transkrypcyjne i modyfikatory epigenetyczne odgrywają ważną rolę, pomimo faktu, że niewiele wiadomo na temat regulacji pluripotencji w całym procesie splicingu. Czynnik SON jest identyfikowany jako niezbędny do utrzymania tej pluripotencji. Potwierdzono, że SON reguluje proces składania transkryptów (RNAm), które będą kodować geny regulujące pluripotencję embrionalnych komórek ludzkich.
Funkcjonować
Z jednej strony białko SON jest wymagane do utrzymania stabilności genomu, aby zapewnić wydajną obróbkę RNA dotkniętych genów. Ułatwia również interakcję białek SR z polimerazą RNA II i jest wymagana do przetwarzania słabych konstytutywnych miejsc splicingowych, co ma również silne implikacje w nowotworach i innych chorobach człowieka.
Z drugiej strony niedobór lub knockdown białka SON powoduje różne i poważne defekty w układzie podziałów mitotycznych, wyrównaniu chromosomów i dynamice mikrotubul, gdy następuje separacja biegunów wrzeciona.
Ale jak mogliśmy przeczytać w artykule pt. „Białko SON reguluje GATA-2 poprzez kontrolę transkrypcji klastra mikroRNA 23a-27-24-a”, białko SON ma jeszcze więcej funkcji w organizmie. Stwierdzono, że białka te mogą regulować różnicowanie komórek krwiotwórczych . Pełnią specyficzną pracę w procesie hematopoetycznym , który polega na aktywacji innych białek zwanych GATA. Gdy te zostaną ostatecznie aktywowane, różnicowanie komórek rozpocznie się normalnie.
Znaczenie kliniczne
Niedawne badania sugerują, że SON może być nowym terapeutycznym celem molekularnym raka trzustki, ponieważ wyniki ostatnich badań pokazują, że białko to jest bardzo ważne, jeśli chodzi o proliferację, przeżycie i rakotwórczość komórek nowotworowych. W szczególności wyniki te ujawniły, że białko bogate w serynę i argininę zaangażowane w proces składania RNA może hamować rakotwórczość komórek trzustki.
Dalsza lektura
- Mattioni T, Hume CR, Konigorski S i in. (1992). „Klon cDNA dla nowego białka jądrowego o aktywności wiązania DNA”. chromosom . 101 (10): 618–24. doi : 10.1007/BF00360539 . PMID 1424986 . S2CID 23195894 .
- Bliskovskiĭ VV, Berdichevskiĭ FB, Tkachenko AV, et al. (1992). „[Kodująca część małego transkryptu genu syna zawiera cztery obszary pełnych powtórzeń tandemowych]”. Mol. Biol. (Mosk.) . 26 (4): 793–806. PMID 1435773 .
- Bliskovskiĭ VV, Kirillov AV, Zachariev VM, Czumankow IM (1992). „[Gen ludzkiego syna: duże i małe transkrypty zawierają różne sekwencje 5'-końcowe]”. Mol. Biol. (Mosk.) . 26 (4): 807–12. PMID 1435774 .
- Tassone F, Cheng S, Gardiner K (1993). „Analiza klonów sztucznego chromosomu drożdży (YAC) chromosomu 21” . Jestem. J. Hum. Genet . 51 (6): 1251–64. PMC 1682922 . PMID 1463009 .
- Chumakov IM, Berdichevskiĭ FB, Sokolova NV, et al. (1991). „[Identyfikacja produktu białkowego nowego ludzkiego genu SON i efekt biologiczny po podaniu zmienionej postaci tego genu do komórek ssaków]”. Mol. Biol. (Mosk.) . 25 (3): 731–9. PMID 1944255 .
- Berdichevskiĭ FB, Chumakov IM, Kiselev LL (1988). „[Dekodowanie pierwotnej struktury regionu son3 w ludzkim genomie: identyfikacja nowego białka o niezwykłej strukturze i homologii z białkami wiążącymi DNA]”. Mol. Biol. (Mosk.) . 22 (3): 794–801. PMID 3054499 .
- Khan IM, Fisher RA, Johnson KJ i in. (1994). „Gen SON koduje konserwowane mapowanie białka wiążącego DNA do ludzkiego chromosomu 21”. Ann. Szum. Genet . 58 (część 1): 25–34. doi : 10.1111/j.1469-1809.1994.tb00723.x . PMID 8031013 . S2CID 31519119 .
- Kikuno R, Nagase T, Ishikawa K i in. (1999). „Przewidywanie sekwencji kodujących niezidentyfikowanych ludzkich genów. XIV. Kompletne sekwencje 100 nowych klonów cDNA z mózgu, które kodują duże białka in vitro” . DNA Res . 6 (3): 197–205. doi : 10.1093/dnares/6.3.197 . PMID 10470851 .
- Greenhalf W, Lee J, Chaudhuri B (1999). „System selekcji dla ludzkich inhibitorów apoptozy z wykorzystaniem drożdży”. Drożdże . 15 (13): 1307–21. doi : 10.1002/(SICI)1097-0061(19990930)15:13<1307::AID-YEA455>3.0.CO;2-3 . PMID 10509013 . S2CID 30982094 .
- Hattori M, Fujiyama A, Taylor TD i in. (2000). „Sekwencja DNA ludzkiego chromosomu 21” . Natura . 405 (6784): 311–9. Bibcode : 2000Natur.405..311H . doi : 10.1038/35012518 . PMID 10830953 .
- Wynn SL, Fisher RA, Pagel C i in. (2001). „Organizacja i konserwacja locus GART / SON / DONSON w genomach myszy i ludzi”. Genomika . 68 (1): 57–62. doi : 10.1006/geno.2000.6254 . PMID 10950926 .
- Sun CT, Lo WY, Wang IH i in. (2001). „Represja transkrypcji genów ludzkiego wirusa zapalenia wątroby typu B przez negatywne białko wiążące element regulatorowy / SON” . J. Biol. chemia . 276 (26): 24059–67. doi : 10.1074/jbc.M101330200 . PMID 11306577 .
- Reymond A, Friedli M, Henrichsen CN i in. (2002). „Od PRED i otwartych ramek odczytu do izolacji cDNA: powrót do mapy transkrypcji ludzkiego chromosomu 21”. Genomika . 78 (1–2): 46–54. doi : 10.1006/geno.2001.6640 . PMID 11707072 .
- Yi J, Kloeker S, Jensen CC i in. (2002). „Członkowie rodziny białek LIM Zyxin oddziałują z członkami rodziny przetworników sygnału p130Cas” . J. Biol. chemia . 277 (11): 9580–9. doi : 10.1074/jbc.M106922200 . PMID 11782456 .
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH i in. (2003). „Generowanie i wstępna analiza ponad 15 000 pełnej długości sekwencji cDNA człowieka i myszy” . proc. Natl. Acad. nauka USA . 99 (26): 16899–903. Bibcode : 2002PNAS...9916899M . doi : 10.1073/pnas.242603899 . PMC 139241 . PMID 12477932 .
- Casadei R, Strippoli P, D'Addabbo P i in. (2004). „Niekompletność sekwencji regionu 5 'mRNA: potencjalne źródło systematycznych błędów w przypisywaniu kodonów inicjacji translacji w ludzkich mRNA”. gen . 321 : 185–93. doi : 10.1016/S0378-1119(03)00835-7 . PMID 14637006 .
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T i in. (2004). „Kompletne sekwencjonowanie i charakterystyka 21 243 pełnej długości ludzkich cDNA” . Nat. Genet . 36 (1): 40–5. doi : 10.1038/ng1285 . PMID 14702039 .
- Hillman RT, Zielony RE, Brenner SE (2005). „Niedoceniana rola nadzoru RNA” . Genom Biol . 5 (2): R8. doi : 10.1186/gb-2004-5-2-r8 . PMC 395752 . PMID 14759258 .
- Colland F, Jacq X, Trouplin V i in. (2004). „Funkcjonalne mapowanie proteomiki ludzkiego szlaku sygnałowego” . Genom Res . 14 (7): 1324–32. doi : 10.1101/gr.2334104 . PMC 442148 . PMID 15231748 .