Po trudnościach finansowych połowy i późnych lat 90. oraz pierwszym spadku z ligi pod koniec sezonu 1998/99 , w marcu 2000 roku klub został przejęty przez Dundalk FC Co-operative, przywracając mu dawną świetność. model firmy będący własnością kibiców i oparty na członkostwie. W poprzednim sezonie spodziewano się natychmiastowego powrotu do najwyższej klasy rozgrywkowej, ale słaby początek sprawił, że mieli problemy z dogonieniem liderów, a mając pozornie zapewnione miejsce w barażach, klub został uwikłany w przegraną bitwę z ligową drużyną. hierarchia i miasto Kilkenny . Awantura o to, że Kilkenny gra niewłaściwie zarejestrowanego gracza, dotarła do Sądu Najwyższego, który stanął po stronie Kilkenny, dając im w ten sposób miejsce w barażach.
Spadek w 1999 roku spowodował dużą rotację zawodników - 31 różnych graczy wystąpiło w lidze tylko w sezonie 1999-2000 . Z nowym właścicielem i nowym menedżerem było więcej tego samego. Kilku lokalnych graczy zostało zatrzymanych ze składu z poprzedniego sezonu, ale kolejnych dziesięciu graczy zostało podpisanych przed sezonem iw jego trakcie, tak że łącznie 21 graczy wystartuje w lidze. Rozczarowanie poprzednim sezonem i liczba graczy przychodzących i odchodzących sprawiły, że nadzieje na nowy sezon były niskie. Harmonogram 36 meczów rozpoczął się 11 sierpnia 2000 r., A Dundalk miał obiecujący początek, prowadząc pod koniec miesiąca. Jednak spadek formy sprawił, że ryzykowali utratę kontaktu z innym narzucającym tempo, Athlone Town , co zmusiło Murraya do sprowadzenia większej liczby graczy. Zwycięstwo nad Athlone w listopadzie i seria pięciu zwycięstw utrzymały stratę do czterech punktów, ponieważ inne strony odpadły.
Sezon został jednak prawie wykolejony, gdy wybuch pryszczycy w Wielkiej Brytanii w 2001 r. doprowadził do wprowadzenia strefy zamkniętej wokół hrabstwa Louth . Wiele wydarzeń publicznych zostało przełożonych lub odwołanych, a Dundalk przez cały marzec nie rozegrał ani jednego meczu. Pokonali Shelbourne w pierwszej rundzie Leinster Senior Cup , ale kryzys spowodował, że zawody zostały ostatecznie przerwane na sezon, a reaktywacja nastąpiła w 2010 roku . W drugiej rundzie Pucharu FAI zremisowali z nieligowym Malahide United , a mecz był czterokrotnie przekładany z powodu przedłużającego się kryzysu. Przy piątej próbie mecz został rozegrany za zamkniętymi drzwiami w neutralnym miejscu, a Dundalk odpadli w pierwszym meczu, który rozegrali od ponad pięciu tygodni. Potem nastąpiły dwie ciężkie porażki ligowe, gdy walczyli o powrót do szybkości, a mecze u siebie musiały zostać rozegrane w United Park w Droghedzie. Ale cztery zwycięstwa z rzędu, w tym zwycięstwo 2:1 nad Athlone w pierwszym meczu rozegranym w Oriel Park od ponad dwóch miesięcy, oznaczały, że Dundalk zdobył tytuł First Division (ich pierwszy) i zapewnił sobie powrót do Premier Division na 2001–2002 z grą do stracenia.