Siminovitchia
| Klasyfikacja naukowa | |
|---|---|
| Siminovitchia | |
| Domena: | |
| Gromada: | |
| Klasa: | |
| Zamówienie: | |
| Rodzina: | |
| Rodzaj: |
Siminovitchia Gupta i in. 2020
|
| Gatunek | |
Informacje na podstawie LPSN 2021 |
|
Siminovitchia to rodzaj Gram-dodatnich lub Gram-ujemnych bakterii w kształcie pałeczek z rodziny Bacillaceae z rzędu Bacillales . Gatunkiem typowym tego rodzaju jest Siminovitchia fortii.
Członkowie Siminovitchia to wcześniej gatunki należące do Bacillus , rodzaju, który został uznany za wykazujący rozległą heterogeniczność polifiliczną i filogenetyczną ze względu na niejasne kryteria (takie jak zdolność do tworzenia przetrwalników w obecności tlenu) wcześniej stosowane do przypisania gatunków do tego kladu . Opublikowano wiele badań z wykorzystaniem porównawczych analiz filogenetycznych w celu wyjaśnienia ewolucyjnych związków między Bacillus , co doprowadziło do powstania wielu nowych rodzajów, takich jak Alkalihalobacillus , Brevibacillus , Solibacillus , Alicyclobacillus , Virgibacillus i Evansella . Ponadto rodzaj Bacillus został ograniczony do gatunków blisko spokrewnionych z Bacillus subtilis i Bacillus cereus .
Nazwa Siminovitchia została nazwana na cześć kanadyjskiego genetyka, profesora Louisa Siminovitcha ( Uniwersytet w Toronto ), za jego pracę nad odkryciem lizogenezy bakteriofagów i za jego przełomowy wkład w rozwój dziedziny genetyki medycznej w Kanadzie.
Charakterystyka biochemiczna i podpisy molekularne
Członkowie tego rodzaju są tlenowi i znajdują się w miejscach takich jak gleba i farmy mleczne. Wszyscy członkowie mogą wytwarzać endospory, a większość z nich porusza się za pomocą wici peritrichous . Członkowie są na ogół dodatni pod względem katalazy i oksydazy . Optymalne warunki wzrostu Siminovitchia występują w zakresie temperatur 30-37°C i pH 6,0-8,0.
Analizy sekwencji genomu Siminovitchia zidentyfikowały siedem konserwatywnych indeli sygnaturowych (CSI) dla tego rodzaju w białku naprawczym DNA RecN, amidofosforybozylotransferazie , dehydrogenazie UDP-N-acetylomuraminianowej , rybosomalnym białku 50S metylotransferazie L11, białku wiążącym klastry żelaza i siarki oraz racemazie alaniny , które w większości przypadków są wspólne wyłącznie dla wszystkich lub większości członków tego rodzaju. Te sygnatury molekularne służą jako cechy identyfikujące ten rodzaj i zapewniają metodę niezawodnego odróżniania ich od innych Rodzaje i bakterie Bacillaceae .
Taksonomia
Siminovitchia według stanu na maj 2021 r. zawiera łącznie 8 gatunków z ważnie opublikowanymi nazwami. Ten rodzaj został zidentyfikowany jako monofiletyczny klad i filogenetycznie niezwiązany z innymi gatunkami Bacillus w badaniach badających związki taksonomiczne w obrębie Bacillus . Ten wzór rozgałęzień obserwuje się również w bazie danych taksonomii genomu (GTDB).
Stwierdzono również, że jeden nieprawidłowo opublikowany gatunek, „Bacillus freudenreichii”, grupuje się z innymi członkami Siminovitchia w drzewach filogenetycznych, a także ma te same markery molekularne w postaci konserwatywnych indeli sygnaturowych (CSI). Jednak jego przeniesienie nie zostało oficjalnie zaproponowane ze względu na brak informacji o szczepie kultury. Konieczna jest dalsza rewizja tego rodzaju, ponieważ odkryto i przypisano dodatkowe genomy i nowe gatunki.