Tracy Teal

Tracy K. Teal
Alma Mater	Uniwersytet Kalifornijski w Los Angeles Instytut Technologiczny w Kalifornii
Znany z	Demokratyzowanie umiejętności nauki o danych
Kariera naukowa
Pola	Otwarta nauka Nauka o danych Bioinformatyka
Instytucje	Uniwersytet Stanowy Michigan Stolarstwo danych
Praca dyplomowa	Badania przestrzennej organizacji metabolizmu w biofilmach Shewanella oneidensis i Pseudomonas aeruginosa (2007)
Doradca doktorski	Dianę Newman Barbary Wold
Strona internetowa	Github

Tracy Teal to amerykański bioinformatyk i dyrektor wykonawczy Data Carpentry. Jest znana ze swojej pracy w otwartej nauce i edukacji w zakresie nauk o danych biomedycznych.

Edukacja i wczesna kariera

Teal uzyskała tytuł licencjata z cybernetyki na Uniwersytecie Kalifornijskim w Los Angeles w 1997 r., a następnie tytuł magistra biologii, ekologii i ewolucji organizmów w 1999 r. Tam pracowała w laboratorium Charlesa Taylora, badając, jak ewolucja języka zależy od sposobu, w jaki ludzie się go uczą. Następnie w 2007 roku uzyskała stopień doktora w Kalifornijskim Instytucie Technologii w dziedzinie systemów obliczeniowych i neuronowych. Swoją pracę magisterską wykonała w laboratoriach Dianne Newman i Barbary Wold , badając metaboliczną organizację biofilmów bakteryjnych .

Po ukończeniu studiów Teal została stypendystką National Science Foundation na Uniwersytecie Stanowym Michigan , gdzie badała, w jaki sposób ekologia społeczności drobnoustrojów w glebie może zmieniać poziomy gazów cieplarnianych poprzez ich produkcję lub konsumpcję.

Badania

Podczas stażu podoktorskiego na Michigan State University Teal badała, w jaki sposób praktyki rolnicze wpływają na społeczności drobnoustrojów glebowych, które z kolei wpływają na stabilność poziomów gazów cieplarnianych. Rolnictwo ma duży wpływ na różnorodność drobnoustrojów w glebie, a podzbiór tych drobnoustrojów wytwarza dwutlenek węgla i zużywa metan , oba gazy cieplarniane. Chciała zrozumieć, w jaki sposób użytkowanie gruntów rolnych wpływa na przepływ tych dwóch gazów cieplarnianych, więc użyła metagenomiki podejść do śledzenia różnorodności drobnoustrojów pobranych z próbek gleby w różnych obszarach użytkowania gruntów rolnych. Śledziła stabilność zużycia metanu i emisji dwutlenku węgla związaną z różnymi próbkami gleby i odkryła, że ​​miejsca, które nie były już wykorzystywane w rolnictwie, charakteryzowały się większą różnorodnością drobnoustrojów. W szczególności odkryła, że ​​miejsca o dużej różnorodności metanotrofów lub bakterii utleniających się metanu, mają bardziej stabilny poziom zużycia metanu, co sugeruje, że zarządzanie gruntami w celu utrzymania różnorodności metanotrofów może być dobrym sposobem zarządzania poziomami tego gazu cieplarnianego. Aby ułatwić tę pracę, Teal opracował bioinformatyczne do usuwania systematycznych artefaktów w celu dokładniejszych analiz metagenomicznych .

Po stypendium Teal została pracownikiem naukowym, a później adiunktem na Uniwersytecie Stanowym Michigan w dziedzinie mikrobiologii i biologii molekularnej . Jej laboratorium było częścią BEACON Center for the Study of Evolution in Action, National Science Foundation , które zrzesza biologów, informatyków i inżynierów, którzy badają ewolucję w czasie rzeczywistym i wykorzystują odkrycia ze świata przyrody do rozwiązywania rzeczywistych problemów. problemów — od zarządzania katastrofami po konstruowanie bezpieczniejszych samochodów. Jako profesor rozwijała i prowadziła kierunek bioinformatyka staż w Zakładzie Mikrobiologii i Genetyki Molekularnej. Pracowała również nad opracowaniem oprogramowania bioinformatycznego typu open source do szeregu zastosowań, od sekwencjonowania RNA po ustanowienie najlepszych praktyk w zakresie przepływów pracy obliczeniowej dla biologów. Teal kontynuowała również swoje badania w zakresie metagenomiki i ekologii drobnoustrojów w rolnictwie, a także rozszerzyła swoją uwagę na badanie mikrobiomu jelitowego i społeczności wirusów w wodach balastowych.

Stolarstwo danych

Podczas swojej pracy na Michigan State University Teal została instruktorką w Software Carpentry , organizacji, która uczy naukowców tworzenia oprogramowania. Wraz z zespołem współpracowników opracowała Data Carpentry w oparciu o model Software Carpentries, opracowując programy nauczania i prowadząc warsztaty dla naukowców w celu zwiększenia umiejętności korzystania z danych w dobie dużych zbiorów danych . Warsztaty mają na celu nauczanie podstawowych pojęć, umiejętności i narzędzi do bardziej efektywnej i powtarzalnej pracy z danymi w różnych dziedzinach nauki.

Warsztaty stały się podstawą organizacji Data Carpentry, której dyrektorem wykonawczym został Teal. W 2015 roku firma Data Carpentry otrzymała grant w wysokości 750 000 USD od Fundacji Moore'a na rozwój głównego zespołu, rozwój lepszej infrastruktury do szkolenia i wspierania nowych instruktorów, opracowywanie treści szkoleniowych specyficznych dla danej domeny i prowadzenie większej liczby warsztatów dla badaczy. W 2016 roku firma Data Carpentry opracowała swoją misję i wizję „budowania społeczności uczących uniwersalnej umiejętności korzystania z danych”. Dzięki sieci instruktorów-wolontariuszy firma Data Carpentry opracowała od tego czasu plany lekcji dla różnych dziedzin nauki, w tym ekologii , genomiki i nauk społecznych oraz jest w trakcie opracowywania materiałów dla astronomii , humanistyki cyfrowej , ekonomii i nie tylko. Jest współautorką wielu artykułów ustanawiających mapy drogowe kompetencji danych dla obecnego i następnego pokolenia badaczy zajmujących się badaniami środowiskowymi i ogólnie dla naukowców.