Układ toksyna-antytoksyna TxpA-RatA
| RNA antytoksyna A | |
|---|---|
 Konserwatywna struktura drugorzędowa sRNA antytoksyny RatA.
| |
| Identyfikatory | |
| Symbol | Szczur A |
| Rfam | RF01776 |
| Inne dane | |
| typ RNA | antysensowne |
| Domeny | Bacillota |
| Struktury PDB | PDBe |
Układ toksyna-antytoksyna TxpA/RatA został po raz pierwszy zidentyfikowany w Bacillus subtilis . Składa się z niekodującego 222-nt sRNA zwanego RatA ( RNA a nti -t oksyna A ) i toksyny białkowej o nazwie TxpA ( toksyczne białko A).
RatA odkryto w międzygenowych regionach genomu B. subtilis , w 728- nukleotydowym regionie pomiędzy genami yqdB (później przemianowany na TxpA ) i yqbM . Początkowo transkrypcji w tym regionie stosowano mikromacierze Affymetrix , a następnie zastosowano eksperymenty Northern blot i analizę mutacji w celu scharakteryzowania transkryptu RNA.
ratA i txpA są transkrybowane konwergentnie i mają nakładanie się 75 par zasad na ich końcach 3' , zapewniając obszar komplementarności. Transkrypt RatA wiąże się z mRNA TxpA w regionie komplementarnym, a dsRNA jest następnie degradowany przez niescharakteryzowany odpowiednik RNazy E , zapobiegając translacji toksycznego białka TxpA.
Geny ratA i txpA znajdują się w fagopodobnym elemencie o wielkości 48 kb , zwanym skórą . Element ten przerywa gen dla czynnika sigma σ K i jest wycinany podczas sporulacji . Zawarty w skórze układ toksyna-antytoksyna wymusza dziedziczenie tego pierwiastka, który działa jak samolubny gen .
Mechanizm, za pomocą którego TxpA indukuje lizę i śmierć komórek, jest nieznany. TxpA nie jest wystarczająco podobny do innych białek o znanej funkcji, aby wywnioskować pokrewną funkcję, jednak ma podejrzany region transbłonowy na swoim N-końcu, więc możliwe jest, że TxpA uszkadza integralność błony komórkowej lub blokuje syntezę ściany komórkowej .
Zobacz też
- Układ toksyna-antytoksyna
- System hok/sok
- RdlD RNA
- Bacillus subtilis BSR sRNA
- Antytoksyna Bacillus subtilis typu I SR6
Dalsza lektura
- Gerdes K, Wagner EG (kwiecień 2007). „Antytoksyny RNA”. bież. Opinia. Mikrobiol . 10 (2): 117–124. doi : 10.1016/j.mib.2007.03.003 . PMID 17376733 .
- Pandey DP, Gerdes K (2005). „Loci toksyna-antytoksyna są bardzo obfite u wolno żyjących, ale utraconych z prokariotów związanych z żywicielem” . Kwasy nukleinowe Res . 33 (3): 966–976. doi : 10.1093/nar/gki201 . PMC 549392 . PMID 15718296 .
- Hayes F (wrzesień 2003). „Toksyny-antytoksyny: utrzymanie plazmidu, zaprogramowana śmierć komórki i zatrzymanie cyklu komórkowego”. nauka . 301 (5639): 1496–1499. Bibcode : 2003Sci...301.1496H . doi : 10.1126/science.1088157 . PMID 12970556 . S2CID 10028255 .
- Fozo EM, Hemm MR, Storz G (grudzień 2008). „Małe toksyczne białka i antysensowne RNA, które je tłumią” . Mikrobiol. Mol. Biol. ks . 72 (4): 579–589, Spis treści. doi : 10.1128/MMBR.00025-08 . PMC 2593563 . PMID 19052321 .
- Mochizuki A, Yahara K, Kobayashi I, Iwasa Y (luty 2006). „Uzależnienie genetyczne: strategia samolubnego genu dotycząca symbiozy w genomie” . Genetyka . 172 (2): 1309–1323. doi : 10.1534/genetics.105.042895 . PMC 1456228 . PMID 16299387 . Źródło 2010-08-13 .