Wewnętrzne miejsce wejścia rybosomu wirusa zapalenia wątroby typu C
| Wewnętrzne miejsce wejścia rybosomu wirusa zapalenia wątroby typu C | |
|---|---|
 Przewidywana struktura drugorzędowa i konserwacja sekwencji IRES_HCV
| |
| identyfikatorów | |
| Symbol | IRES_HCV |
| Alt. Symbolika | HCV_IRES |
| Rfam | RF00061 |
| Inne dane | |
| typ RNA | Cis-reg ; IRES |
| Domeny | Wirusy |
| IŚĆ | GO: 0043022 |
| WIĘC | SO: 0000243 |
| Struktury PDB | PDBe |
Wewnętrzne miejsce wejścia rybosomu wirusa zapalenia wątroby typu C lub HCV IRES jest strukturą RNA w obrębie 5'UTR genomu HCV, która pośredniczy w niezależnej od czapeczki inicjacji translacji.
Translacja białek większości eukariotycznych mRNA zachodzi poprzez mechanizm zależny od czapeczki i wymaga asocjacji Met- tRNA i Met , kilku eukariotycznych czynników inicjujących i GTP z podjednostką rybosomu 40S , rekrutacji do czapeczki 5' i skanowania wzdłuż 5' UTR dotrzeć do kodonu start. W przeciwieństwie do translacji wirusa zapalenia wątroby typu C (HCV) mRNA jest inicjowany przez inny mechanizm niż zwykły model wiązania czapeczki 5'. Ten alternatywny mechanizm opiera się na bezpośrednim wiązaniu podjednostki rybosomu 40S przez wewnętrzne miejsce wejścia rybosomu (IRES) w 5' UTR HCV RNA. HCV IRES przyjmuje złożoną strukturę i może znacznie różnić się od elementów IRES zidentyfikowanych w pikornawirusach . Wykazano, że niewielka liczba eukariotycznych mRNA ulega translacji przez wewnętrzne wejście rybosomu.
Struktura IRES
Uważa się, że nukleotydy 1–40 mRNA HCV nie biorą udziału w translacji i są raczej wymagane do replikacji genomowego RNA . Pozostała część 5'-UTR HCV składa się z trzech domen, mianowicie domen II-IV (domena I znajduje się na 5'-końcu mRNA). [ potrzebne źródło ]
Mechanizm akcji
HCV IRES niezależnie wiąże dwa składniki eukariotycznej maszynerii inicjacji translacji, wielobiałkowy czynnik inicjacji eIF3 i małą podjednostkę rybosomu 40S . Ponadto wiąże 40S w taki sposób, że kodon inicjatora AUG jest umieszczony w rybosomalnym miejscu P, a zatem nie jest wymagane skanowanie rybosomalne. W konsekwencji współczynniki skanowania eIF1 i eIF1A są zbędne dla translacji HCV, podobnie jak składniki kompleksu eIF4F ( eIF4A , eIF4E i eIF4G ) i eIF4B , które są ogólnie wymagane do wiązania mRNA i rozwijania 5'UTR . Inicjator tRNA jest dostarczany przez eIF2 lub, w warunkach stresowych, gdy eIF2 jest inaktywowany, przez eIF2A , eIF2D lub ewentualnie eIF5B , homolog prokariotycznego białka IF2 . [ potrzebne źródło ]
Zobacz też
Dalsza lektura
- Malygin AA, Kossinova OA, Shatsky IN, Karpova GG (październik 2013). „HCV IRES oddziałuje z 18S rRNA, aby aktywować rybosom 40S do kolejnych etapów inicjacji translacji” . Badania kwasów nukleinowych . 41 (18): 8706–8714. doi : 10.1093/nar/gkt632 . PMC 3794592 . PMID 23873958 .