domena KIX
| KIX (CBP) | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Kompleks między domeną KIX CBP (żółty, zielony i cyjan) a C-końcową domeną transaktywacyjną p65/RELA (czerwony)
| |||||||||
| Identyfikatory | |||||||||
| Symbol | KIX | ||||||||
| Pfam | PF02172 | ||||||||
| Klan Pfam | CL0589 | ||||||||
| InterPro | IPR003101 | ||||||||
| CATH | 1sb0 | ||||||||
| SCOP2 | 1sb0 / ZAKRES / SUPFAM | ||||||||
| |||||||||
| Identyfikatory | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| KIX (MED15). | |||||||||
| Symbol | KIX_2 | ||||||||
| Pfam | PF16987 | ||||||||
| InterPro | IPR036546 | ||||||||
| |||||||||
W biochemii domena KIX (domena oddziałująca z domeną indukowaną kinazą (KID)) lub domena wiążąca CREB jest domeną białkową eukariotycznych koaktywatorów transkrypcyjnych CBP i P300 . Służy jako miejsce dokowania do tworzenia heterodimerów między koaktywatorem a określonymi czynnikami transkrypcyjnymi . Strukturalnie domena KIX jest domeną globularną składającą się z trzech α-helis i dwóch krótkich 3 10 -helis.
Domena KIX została pierwotnie odkryta w 1996 roku jako specyficzny i minimalny region w CBP, który wiąże się i oddziałuje z fosforylowanym CREB w celu aktywacji transkrypcji. W ten sposób po raz pierwszy nazwano ją domeną wiążącą CREB. Kiedy jednak później odkryto, że wiąże ona również wiele innych białek, preferowana stała się bardziej ogólna nazwa domeny KIX. Domena KIX zawiera dwa oddzielne miejsca wiązania: „miejsce c-Myb”, nazwane na cześć onkoproteiny c-Myb i „miejsce MLL”, nazwane na cześć protoonkogenu MLL (białaczka mieszana, KMT2A ).
Paralogiczne koaktywatory CBP ( CREBBP ) i P300 ( EP300 ) są rekrutowane do czynników transkrypcyjnych związanych z DNA w celu aktywacji transkrypcji. Koaktywatory mogą wiązać się z promotorami i wzmacniaczami w DNA tylko pośrednio poprzez kontakt białko-białko z czynnikami transkrypcyjnymi . CBP i P300 aktywują transkrypcję synergistycznie na dwa sposoby: po pierwsze, poprzez przebudowę i rozluźnienie chromatyny poprzez ich wewnętrzne acetylotransferazy histonowej , a po drugie, poprzez rekrutację podstawowej maszynerii transkrypcyjnej , takiej jak polimeraza RNA II .
Domena KIX należy do proponowanej nadrodziny domen GACKIX . GACKIX zawiera strukturalnie i funkcjonalnie wysoce homologiczne domeny w pokrewnych białkach. Jej nazwa pochodzi od białka GAL11 / ARC105 ( MED15 ), białka roślinnego podobnego do CBP oraz domeny KIX z CBP i P300. Dodatkowe przypadki obejmują RECQL5 i pokrewne białka roślinne. Wszystkie z nich zawierają domenę KIX lub domenę pokrewną KIX, która oddziałuje z domeną transaktywacyjną wielu różnych czynników transkrypcyjnych. Rozróżnienie między domeną KIX, domeną pokrewną KIX i domeną GACKIX jest przedmiotem toczącej się debaty i nie jest jasno zdefiniowane.
Pełne białko CBP/P300
Oprócz domeny KIX, CBP i P300 zawierają wiele innych domen wiążących białka, których nie należy mylić (liczby to numeracja ):
- Domena CH1/TAZ1, CBP[347-433], P300[323-423]
- Domena KIX, CBP [587–666], P300 [566–645]
- Bromodomena , CBP [1103–1175], P300 [1067–1139]
- Domena CH2 ( IPR010303 ), CBP[1191-1317], P300[1155-1280].
- Domena HAT, CBP [1323–1700], P300 [1287–1663]
- Domena CH3/ZZ, CBP[1701-1744], P300[1664-1707]
- Domena CH3/TAZ2, CBP [1765-1846], P300 [1728-1809]
- Wiązanie IRF-3 (i-BiD), wiązanie koaktywatora receptora jądrowego (NCBD) lub domena interakcji SRC1 (SID; IPR014744 ), CBP[2020-2113], P300[1992-2098].
Wszystkie trzy domeny CH (bogate w cysteinę/histydynę) to palce cynkowe .
Interakcje
Białka ludzkie i zwierzęce:
Białka drożdżowe:
- Gal4p
- Gcn4
- Pdr1
- Pdr3
- Głupek1
Białka wirusowe:
- Białko regulatorowe E2 (z wirusa brodawczaka ludzkiego )
- Tat (z HIV -1)
- Podatek (od Deltaretrovirus )
Linki zewnętrzne
- KIXBASE , baza danych domen nadrodziny KIX i struktur PDB ( zestaw danych szkoleniowych HMM )