metabakterie
| Klasyfikacja naukowa | |
|---|---|
| Metabacillus | |
| Domena: | |
| Gromada: | |
| Klasa: | |
| Zamówienie: | |
| Rodzina: | |
| Rodzaj: |
Metabacillus Patel i Gupta 2020
|
| Gatunek | |
Informacje na podstawie LPSN 2021 |
|
Metabacillus to rodzaj bakterii w kształcie pręcików wykazujących barwienie Gram-dodatnie lub Gram-zmienne w rodzinie Bacillaceae z rzędu Bacillales . Gatunkiem typowym dla tego rodzaju jest Metabacillus fastidiosus.
Rodzaj ten został oddzielony od filogenetycznie skomplikowanego rodzaju Bacillus , którego niejasne relacje ewolucyjne od dawna są przedmiotem badań społeczności naukowej. Polifiletyczny charakter rodzaju Bacillus jest częściowo spowodowany niejasnymi kryteriami stosowanymi do przypisywania nowych bakterii do tego rodzaju, co skutkuje aglomeracją niepowiązanych filogenetycznie bakterii o zróżnicowanym zakresie cech biochemicznych. Opublikowano porównawcze badania genomiczne i analizy filogenetyczne w celu wyjaśnienia skomplikowanych relacji w obrębie tego rodzaju, skutkujących przeniesieniem wielu Bacillus gatunków w nowe rodzaje, takie jak Alkalihalobacillus , Virigibacillus , Brevibacillus , Solibacillus i Peribacillus . Ponadto sam rodzaj został ograniczony do gatunków blisko spokrewnionych z gatunkami typowymi, Bacillus subtilis oraz Bacillus cereus.
Nazwa Metabacillus pochodzi od jego pozycji taksonomicznej zidentyfikowanej za pomocą drzew filogenetycznych. Przedrostek „meta-” pochodzi od greckiego przymiotnika meta i tłumaczy się jako „obok”. Bacillus pochodzi od łacińskiego rzeczownika Bacillus , odnoszącego się zarówno do „małej laski lub pręta”, jak i Bacillus , rodzaju bakterii. Łącznie nazwa Metabacillus odnosi się do rodzaju oprócz Bacillus .
Charakterystyka biochemiczna i podpisy molekularne
Wszyscy członkowie rodzaju Metabacillus są tlenowcami i wykazują tworzenie przetrwalników . Bakterie te można znaleźć w wielu różnych środowiskach, od jezior hipersalinowych, przybrzeżnych regionów morskich i gleby. Podczas gdy niektóre gatunki są nieruchome, większość Metabacillus jest ruchliwa. Niektóre gatunki są umiarkowanie tolerancyjne na sól i mogą żyć w środowiskach zasolonych, takich jak regiony przybrzeżne. Metabacillus może przetrwać w temperaturze od 4°C do 45°C, jednak optymalny wzrost następuje w przedziale 25-37°C.
Sześć konserwatywnych indeli sygnaturowych (CSI) zostało zidentyfikowanych jako specyficzne dla gatunków Metabacillus w białkach, takich jak 3-fosfoszikimat-1-karboksywinylotransferaza , białko wiążące fibronektynę/fibrynogen, proteaza zarodników YyaC i helikaza DEAD/DEAH . Te CSI zostały zidentyfikowane poprzez analizę sekwencji genomu Metabacillus i zapewniają niezawodny sposób na odróżnienie Metabacillus od innych rodzajów Bacillaceae na poziomie molekularnym.
Taksonomia
Metabacillus występuje łącznie 15 gatunków z ważnie opublikowanymi nazwami . Członkowie tego rodzaju grupują się razem i tworzą monofiletyczną w drzewach filogenetycznych utworzonych z połączonych sekwencji z różnych zestawów danych konserwatywnych białek. Ten klad monofiletyczny znajduje się również w bazie danych taksonomii genomu (GTDB).
Dodatkowe badania filogenetyczne zidentyfikowały gatunek „Bacillus weihaiensis” jako członka Metabacillus na podstawie taksonomicznego umieszczenia w drzewach filogenetycznych, a także wspólnych markerów molekularnych (szczególnie zachowanych indeli sygnaturowych ) z innymi przedstawicielami Metabacillus . Jednak przeniesienie nie zostało zaproponowane ze względu na brak informacji o hodowli szczepów. Ponieważ Bacillus nadal jest szybko rozwijającym się rodzajem z częstym dodawaniem nowych gatunków i sekwencjonowanych genomów, konieczne byłoby ciągłe aktualizowanie i zatwierdzanie poprzednich propozycji klasyfikacji.