Gen kodujący białko u gatunku Homo sapiens
A1CF
Dostępne konstrukcje
WPB
Wyszukiwanie ortologów:
Lista kodów identyfikacyjnych PDB
Identyfikatory
, ACF, ACF64, ACF65, APOBEC1CF, ASP, APOBEC1 współczynnik uzupełnienia
Identyfikatory zewnętrzne
Wikidane
Czynnik komplementacyjny APOBEC1 jest białkiem , które u ludzi jest kodowane przez gen A1CF .
Gen
W tym locus występuje splicing alternatywny i opisano trzy warianty transkryptu pełnej długości, kodujące trzy różne izoformy. Zaobserwowano dodatkowy splicing, ale nie określono pełnej długości tych wariantów.
Funkcjonować
MRNA apolipoproteiny B ssaków podlega specyficznej dla miejsca deaminacji C do U , w której pośredniczy wieloskładnikowy kompleks enzymatyczny zawierający minimalny rdzeń złożony z APOBEC1 i czynnik komplementacji kodowany przez ten gen. Produkt genu ma trzy nieidentyczne motywy rozpoznawania RNA i należy do rodziny białek wiążących RNA hnRNP R. Zaproponowano, że ten czynnik komplementacji działa jako podjednostka wiążąca RNA i dokuje APOBEC1 w celu deaminacji cytydyny znajdującej się powyżej . Badania sugerują, że białko może być również zaangażowane w inne zdarzenia związane z edycją RNA lub przetwarzaniem RNA.
Jego usunięcie powoduje śmiertelność u myszy.
Interakcje
Wykazano, że A1CF oddziałuje z APOBEC1 , CUGBP2 i SYNCRIP .
Linki zewnętrzne
Dalsza lektura
Mehta A, Kinter MT, Sherman NE, Driscoll DM (2000). „Klonowanie molekularne czynnika komplementacji apobec-1, nowego białka wiążącego RNA, zaangażowanego w edycję mRNA apolipoproteiny B” . Mol. Komórka. Biol . 20 (5): 1846–54. doi : 10.1128/MCB.20.5.1846-1854.2000 . PMC85365 . _ PMID 10669759 .
Lellek H, Kirsten R, Diehl I, Apostel F, Buck F, Greeve J (2000). „Oczyszczanie i klonowanie molekularne nowego podstawowego składnika kompleksu enzymatycznego edytującego mRNA apolipoproteiny B” . J. Biol. chemia . 275 (26): 19848–56. doi : 10.1074/jbc.M001786200 . PMID 10781591 .
Yang Y, poseł Sowden, Smith HC (2000). „Indukcja cytydyny do edycji urydyny na mRNA cytoplazmatycznej apolipoproteiny B przez nadekspresję APOBEC-1” . J. Biol. chemia . 275 (30): 22663–9. doi : 10.1074/jbc.M910406199 . PMID 10833526 .
Blanc V, Navaratnam N, Henderson JO, Anant S, Kennedy S, Jarmuz A, Scott J, Davidson NO (2001). „Identyfikacja GRY-RBP jako białka wiążącego RNA apolipoproteiny B, które oddziałuje zarówno z czynnikiem komplementacyjnym apobec-1, jak i apobec-1, modulując edycję C do U” . J. Biol. chemia . 276 (13): 10272–83. doi : 10.1074/jbc.M006435200 . PMID 11134005 .
Harrington JJ, Sherf B, Rundlett S, Jackson PD, Perry R, Cain S, Leventhal C, Thornton M, Ramachandran R, Whittington J, Lerner L, Costanzo D, McElligott K, Boozer S, Mays R, Smith E, Veloso N , Klika A, Hess J, Cothren K, Lo K, Offenbacher J, Danzig J, Ducar M (2001). „Tworzenie bibliotek ekspresji białek obejmujących cały genom przy użyciu losowej aktywacji ekspresji genów”. Nat. Biotechnologia . 19 (5): 440–5. doi : 10.1038/88107 . PMID 11329013 . S2CID 25064683 .
Lau PP, Chang BH, Chan L (2001). „Klonowanie dwuhybrydowe identyfikuje białko wiążące RNA, GRY-RBP, jako składnik editosomu apobec-1”. Biochem. Biofiza. Rez. Komuna . 282 (4): 977–83. doi : 10.1006/bbrc.2001.4679 . PMID 11352648 .
Blanc V, Henderson JO, Kennedy S, Davidson NO (2001). „Mutageneza czynnika komplementacji apobec-1 ujawnia różne domeny, które modulują wiązanie RNA, interakcję białko-białko z apobec-1 i komplementację aktywności redagowania C do U RNA” . J. Biol. chemia . 276 (49): 46386–93. doi : 10.1074/jbc.M107654200 . PMID 11571303 .
Anant S, Henderson JO, Mukhopadhyay D, Navaratnam N, Kennedy S, Min J, Davidson NO (2001). „Nowa rola białka wiążącego RNA CUGBP2 w edycji RNA ssaków. CUGBP2 moduluje edycję C do U mRNA apolipoproteiny B poprzez interakcję z apobec-1 i ACF, czynnikiem komplementarnym apobec-1” . J. Biol. chemia . 276 (50): 47338–51. doi : 10.1074/jbc.M104911200 . PMID 11577082 .
Henderson JO, Blanc V, Davidson NO (2001). „Izolacja, charakterystyka i regulacja rozwoju ludzkiego genu czynnika komplementacji apobec-1 (ACF)”. Biochim. Biofiza. Akta . 1522 (1): 22–30. doi : 10.1016/S0167-4781(01)00295-0 . PMID 11718896 .
Xu XR, Huang J, Xu ZG, Qian BZ, Zhu ZD, Yan Q, Cai T, Zhang X, Xiao HS, Qu J, Liu F, Huang QH, Cheng ZH, Li NG, Du JJ, Hu W, Shen KT , Lu G, Fu G, Zhong M, Xu SH, Gu WY, Huang W, Zhao XT, Hu GX, Gu JR, Chen Z, Han ZG (2001). „Wgląd w karcynogenezę wątrobowokomórkową na poziomie transkryptomu poprzez porównanie profili ekspresji genów raka wątrobowokomórkowego z profilami odpowiedniej nienowotworowej wątroby” . proc. Natl. Acad. nauka USA . 98 (26): 15089–94. Bibcode : 2001PNAS...9815089X . doi : 10.1073/pnas.241522398 . PMC 64988 . PMID 11752456 .
Mehta A, Driscoll DM (2002). „Identyfikacja domen w czynniku komplementacji apobec-1 wymaganym do wiązania RNA i edycji mRNA apolipoproteiny-B” . RNA . 8 (1): 69–82. doi : 10.1017/S1355838202015649 . PMC 1370230 . PMID 11871661 .
Chester A, Somasekaram A, Tzimina M, Jarmuz A, Gisbourne J, O'Keefe R, Scott J, Navaratnam N (2003). „Kompleks edycyjny mRNA apolipoproteiny B wykonuje cykl wielofunkcyjny i hamuje rozpad, w którym pośredniczy nonsens” . EMBO J. 22 (15): 3971–82. doi : 10.1093/emboj/cdg369 . PMC 169042 . PMID 12881431 .
Blanc V, Kennedy S, Davidson NO (2003). „Nowy sygnał lokalizacji jądrowej w domenie pomocniczej czynnika komplementacji apobec-1 reguluje import i transport nukleocytoplazmatyczny” . J. Biol. chemia . 278 (42): 41198–204. doi : 10.1074/jbc.M302951200 . PMID 12896982 .
Xie K, Sowden MP, Dance GS, Torelli AT, Smith HC, Wedekind JE (2004). „Struktura deaminazy edytującej RNA drożdży zapewnia wgląd w fałdowanie i funkcję deaminazy indukowanej aktywacją i APOBEC-1” . proc. Natl. Acad. nauka USA . 101 (21): 8114–9. Bibcode : 2004PNAS..101.8114X . doi : 10.1073/pnas.0400493101 . PMC 419566 . PMID 15148397 .
Galeria PDB
2cpd : Struktura rozwiązania motywu rozpoznawania RNA ludzkiego czynnika komplementacji APOBEC-1, ACF