Wiążące synaptotagminę białko oddziałujące z cytoplazmatycznym RNA (SYNCRIP), znane również jako heterogenna jądrowa rybonukleoproteina (hnRNP) Q lub białko związane z NS1-1 (NSAP-1) , jest białkiem , które u ludzi jest kodowane przez gen SYNCRIP . Jak sama nazwa wskazuje, SYNCRIP jest zlokalizowany głównie w cytoplazmie . Jest ewolucyjnie konserwowany u eukariontów i uczestniczy w kilku szlakach komórkowych i chorobowych, zwłaszcza w rozwoju neuronów i mięśni. U ludzi występują trzy izoformy , z których wszystkie są związane in vitro z pre- mRNA , półproduktami splicingu mRNA i dojrzałymi kompleksami mRNA-białko, w tym obrotem mRNA.
SYNCRIP składa się z N-końcowej wiązki helisy znanej jako „domena kwasowa” (AcD), po której następują trzy sekwencyjne motywy rozpoznawania RNA (RRM) oddzielone krótkimi łącznikami oraz domena bogata w argininę i glicynę , zwana „pudełkiem RGG”. ” na C-końcu. RRM odgrywają rolę w wiązaniu RNA, podczas gdy AcD angażuje się w interakcje białko-białko (PPI). Pudełko RGG bierze udział zarówno w wiązaniu RNA, jak iw PPI. AcD jest unikalny dla SYNCRIP i jego homologu jądrowego hnRNP R i bierze udział w interakcjach z APOBEC-1. Jest to samozwijająca się, całkowicie helikalna domena pięciu helis α, zawierająca dużą hydrofobową wnękę i dodatnio naładowaną powierzchnię jako potencjalne miejsca interakcji oprócz ujemnie naładowanych obszarów powierzchni, bez homologów strukturalnych w żadnych innych znanych białkach. Hydrofobowy rdzeń składa się głównie z leucyny , podczas gdy powierzchnia składa się z 15 reszt kwasowych i 13 reszt zasadowych, które razem tworzą rozległą sieć interakcji. AcD jest połączony z RRM1 unikalnym α- β jednostka -β, tworząc „rozszerzony fałd RRM”, w którym pośredniczą głównie interakcje hydrofobowe. Pudełko RGG to nieustrukturyzowany region zawierający liczne powtórzenia Arg-Gly-Gly z dość regularnymi odstępami. W SYNCRIP jest osiem takich powtórzeń. Ta domena może niezależnie wiązać białka i RNA, nawet jeśli inne domeny wiążące nie są obecne. Chociaż ta domena jest bogata w argininę, nie ma żadnych klastrów bogatych w argininę, jak można zaobserwować w zwykłych RBP bogatych w argininę.
Izoforma 3 bierze udział w transporcie mRNA opartym na pęcherzykach cytoplazmatycznych poprzez interakcję z synaptotagminami (SYT). Izoforma ta jest również składnikiem inhibitora translacji aktywowanego interferonem gamma (IFNγ ) u ludzi, który pośredniczy w indukowanym przez IFNγ selektywnym hamowaniu translacji w procesach zapalnych. Po aktywacji IFN-γ, SYNCRIP składa się w kompleks GAIT, który wiąże się z elementami CHODU zawierającymi pętlę macierzystą w nieulegającym translacji regionie 3' (3'-UTR) różnych zapalnych mRNA i hamuje ich translację, ale wydaje się, że to nie być niezbędne dla ogólnej funkcji kompleksu CHODU.
Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, Suyama A, Sugano S (październik 1997). „Konstrukcja i charakterystyka biblioteki cDNA wzbogaconej o pełnej długości i wzbogaconej o koniec 5'”. gen . 200 (1–2): 149–56. doi : 10.1016/S0378-1119(97)00411-3 . PMID 9373149 .
Neubauer G, King A, Rappsilber J, Calvio C, Watson M, Ajuh P, Sleeman J, Lamond A, Mann M (wrzesień 1998). „Spektrometria mas i przeszukiwanie bazy danych EST umożliwia scharakteryzowanie wielobiałkowego kompleksu spliceosomów”. Genetyka przyrody . 20 (1): 46–50. doi : 10.1038/1700 . PMID 9731529 . S2CID 585778 .
