APAF1

APAF1
Dostępne konstrukcje WPB Wyszukiwanie ortologów: Lista kodów identyfikacyjnych PDB
Identyfikatory
	, APAF-1, CED4, czynnik aktywujący peptydazę apoptotyczną 1
Identyfikatory zewnętrzne
Lokalizacja genu ( człowiek ) Chr. Zespół Początek Koniec
Lokalizacja genu ( mysz ) Chr. Zespół Początek Koniec
Wzór ekspresji RNA Błagam Człowiek Mysz (ortolog) BioGPS
Ontologia genów Funkcja molekularna Komponent komórkowy Proces biologiczny Źródła: Amigo / QuickGO
ortologi Gatunek Człowiek Mysz Entrez Ensembl UniProt RefSeq (mRNA) RefSeq (białko) Lokalizacja (UCSC) PubMed search
Wikidane
Wyświetl/edytuj człowieka Wyświetl/edytuj mysz

Czynnik aktywujący proteazę apoptotyczną 1 , znany również jako APAF1 , jest ludzkim homologiem genu CED-4 C. elegans .

Funkcjonować

Białko zostało zidentyfikowane w laboratorium Xiaodong Wang jako aktywator kaspazy-3 w obecności cytochromu C i dATP. Gen ten koduje białko cytoplazmatyczne, które tworzy jedno z centralnych centrów w apoptozy . Białko to zawiera (od końca N) domenę rekrutacji kaspazy ( CARD ), domenę ATPazy (NB-ARC), kilka krótkich domen helikalnych, a następnie kilka kopii domeny powtórzeń WD40 . Po związaniu cytochromu c i dATP białko to tworzy oligomeryczny apoptosom . Apoptosom wiąże i rozszczepia białko prokaspazy-9, uwalniając jego dojrzałą, aktywowaną postać. Dokładny mechanizm tej reakcji jest nadal przedmiotem dyskusji, chociaż prace opublikowane przez Guya Salvesena sugerują, że apoptosom może indukować dimeryzację kaspazy-9 i późniejszą autokatalizę . Aktywowana kaspaza-9 stymuluje późniejszą kaskadę kaspazy, która doprowadza komórkę do apoptozy.

Alternatywny splicing daje kilka wariantów transkryptu kodujących różne izoformy.

Struktura

APAF1 zawiera domenę CARD z greckim motywem klucza złożonym z sześciu helis, domen wiążących nukleotydy fałdu Rossmana, motywu krótkiej helisy i domeny ze skrzydlatą helisą.

Interakcje

Wykazano, że APAF1 wchodzi w interakcje z:

• APIP ,
• BCL2-jak 1
• kaspaza-9 ,
• HSPA4 i
• NLRP1 .

Linki zewnętrzne

• Lokalizacja ludzkiego genomu APAF1 i strona szczegółów genu APAF1 w przeglądarce genomu UCSC .
• Przegląd wszystkich informacji strukturalnych dostępnych w PDB dla UniProt : O14727 (apoptotyczny czynnik aktywujący proteazę 1) w PDBe-KB .

Dalsza lektura

•   Smith TF, Gaitatzes C, Saxena K, Neer EJ (maj 1999). „Powtórzenie WD: wspólna architektura dla różnych funkcji” . Trendy w naukach biochemicznych . 24 (5): 181–5. doi : 10.1016/S0968-0004(99)01384-5 . PMID 10322433 .
•   van Oirschot JT (sierpień 1999). „Szczepionki Diva, które zmniejszają transmisję wirusa” . Dziennik Biotechnologii . 73 (2–3): 195–205. doi : 10.1016/S0168-1656(99)00121-2 . PMID 10486928 .
•    Nakajima D, Okazaki N, Yamakawa H, Kikuno R, Ohara O, Nagase T (czerwiec 2002). „Konstrukcja gotowych do ekspresji klonów cDNA dla genów KIAA: ręczna kuracja 330 klonów cDNA KIAA”. Badania DNA . 9 (3): 99–106. CiteSeerX 10.1.1.500.923 . doi : 10.1093/dnares/9.3.99 . PMID 12168954 .
•    Campioni M, Santini D, Tonini G, Murace R, Dragonetti E, Spugnini EP, Baldi A (listopad 2005). „Rola Apaf-1, kluczowego regulatora apoptozy, w progresji czerniaka i chemooporności”. Dermatologia Eksperymentalna . 14 (11): 811–8. doi : 10.1111/j.1600-0625.2005.00360.x . PMID 16232302 . S2CID 45588573 .
•    Zou H, Henzel WJ, Liu X, Lutschg A, Wang X (sierpień 1997). „Apaf-1, ludzkie białko homologiczne do CED-4 C. elegans, bierze udział w zależnej od cytochromu c aktywacji kaspazy-3” . komórka . 90 (3): 405–13. doi : 10.1016/S0092-8674(00)80501-2 . PMID 9267021 . S2CID 18105320 .
•    Li P, Nijhawan D, Budihardjo I, Srinivasula SM, Ahmad M, Alnemri ES, Wang X (listopad 1997). „Zależne od cytochromu c i dATP tworzenie kompleksu Apaf-1 / kaspaza-9 inicjuje apoptotyczną kaskadę proteaz” . komórka . 91 (4): 479–89. doi : 10.1016/S0092-8674(00)80434-1 . PMID 9390557 . S2CID 14321446 .
•   Ishikawa K, Nagase T, Nakajima D, Seki N, Ohira M, Miyajima N, Tanaka A, Kotani H, Nomura N, Ohara O (październik 1997). „Przewidywanie sekwencji kodujących niezidentyfikowanych ludzkich genów. VIII. 78 nowych klonów cDNA z mózgu, które kodują duże białka in vitro” . Badania DNA . 4 (5): 307–13. doi : 10.1093/dnares/4.5.307 . PMID 9455477 .
•   Pan G, O'Rourke K, Dixit VM (marzec 1998). „Kaspaza-9, Bcl-XL i Apaf-1 tworzą kompleks trójskładnikowy” . Journal of Biological Chemistry . 273 (10): 5841-5. doi : 10.1074/jbc.273.10.5841 . PMID 9488720 .
•    Hu Y, Benedict MA, Wu D, Inohara N, Núñez G (kwiecień 1998). „Bcl-XL oddziałuje z Apaf-1 i hamuje zależną od Apaf-1 aktywację kaspazy-9” . Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 95 (8): 4386–91. Bibcode : 1998PNAS...95.4386H . doi : 10.1073/pnas.95.8.4386 . PMC22498 . _ PMID 9539746 .
•   Srinivasula SM, Ahmad M, Fernandes-Alnemri T, Alnemri ES (czerwiec 1998). „Autoaktywacja prokaspazy-9 przez oligomeryzację, w której pośredniczy Apaf-1” . Komórka molekularna . 1 (7): 949–57. doi : 10.1016/S1097-2765(00)80095-7 . PMID 9651578 .
•   Cecconi F, Alvarez-Bolado G, Meyer BI, Roth KA, Gruss P (wrzesień 1998). „Apaf1 (homolog CED-4) reguluje zaprogramowaną śmierć komórki w rozwoju ssaków” . komórka . 94 (6): 727–37. doi : 10.1016/S0092-8674(00)81732-8 . PMID 9753320 .
•   Inohara N, Gourley TS, Carrio R, Muñiz M, Merino J, Garcia I, Koseki T, Hu Y, Chen S, Núñez G (grudzień 1998). „Diva, homolog Bcl-2, który wiąże się bezpośrednio z Apaf-1 i indukuje śmierć komórkową niezależną od BH3” . Journal of Biological Chemistry . 273 (49): 32479–86. doi : 10.1074/jbc.273.49.32479 . PMID 9829980 .
•   Hu Y, Ding L, Spencer DM, Núñez G (grudzień 1998). „Region powtórzeń WD-40 reguluje samoasocjację Apaf-1 i aktywację prokaspazy-9” . Journal of Biological Chemistry . 273 (50): 33489–94. doi : 10.1074/jbc.273.50.33489 . PMID 9837928 .
•    Piosenka Q, Kuang Y, Dixit VM, Vincenz C (styczeń 1999). „Boo, nowy negatywny regulator śmierci komórek, oddziałuje z Apaf-1” . Dziennik EMBO . 18 (1): 167–78. doi : 10.1093/emboj/18.1.167 . PMC 1171112 . PMID 9878060 .
•    Slee EA, Harte MT, Kluck RM, Wolf BB, Casiano CA, Newmeyer DD, Wang HG, Reed JC, Nicholson DW, Alnemri ES, Green DR, Martin SJ (styczeń 1999). „Porządkowanie kaskady kaspazy inicjowanej przez cytochrom c: hierarchiczna aktywacja kaspaz-2, -3, -6, -7, -8 i -10 w sposób zależny od kaspazy-9” . Journal of Cell Biology . 144 (2): 281–92. doi : 10.1083/jcb.144.2.281 . PMC 2132895 . PMID 9922454 .
•   Zou H, Li Y, Liu X, Wang X (kwiecień 1999). „Multimeryczny kompleks APAF-1.cytochrom c jest funkcjonalnym apoptosomem, który aktywuje prokaspazę-9” . Journal of Biological Chemistry . 274 (17): 11549–56. doi : 10.1074/jbc.274.17.11549 . PMID 10206961 .
•   Saleh A, Srinivasula SM, Acharya S, Fishel R, Alnemri ES (czerwiec 1999). „Oligomeryzacja Apaf-1 za pośrednictwem cytochromu c i dATP jest warunkiem wstępnym aktywacji prokaspazy-9” . Journal of Biological Chemistry . 274 (25): 17941–5. doi : 10.1074/jbc.274.25.17941 . PMID 10364241 .
•    Qin H, Srinivasula SM, Wu G, Fernandes-Alnemri T, Alnemri ES, Shi Y (czerwiec 1999). „Strukturalne podstawy rekrutacji prokaspazy-9 przez apoptotyczny czynnik aktywujący proteazę 1”. Natura . 399 (6736): 549–57. Bibcode : 1999Natur.399..549Q . doi : 10.1038/21124 . PMID 10376594 . S2CID 4403525 .
•    Drosopoulos NE, Walsh FS, Doherty P (czerwiec 1999). „Rozpuszczalna wersja podobnej do receptora białkowej fosfatazy tyrozynowej kappa stymuluje wzrost neurytów poprzez kaskadę sygnalizacyjną zależną od Grb2 / MEK1”. Neuronauki molekularne i komórkowe . 13 (6): 441–9. doi : 10.1006/mcne.1999.0758 . PMID 10383829 . S2CID 35458154 .