APOBEC3C

APOBEC3C
Dostępne konstrukcje WPB Wyszukiwanie Human UniProt: Lista kodów identyfikacyjnych PDB
Identyfikatory
	, A3C, APOBEC1L, ARDC2, ARDC4, ARP5, PBI, bK150C2.3, apolipoproteina B enzym edytujący mRNA podjednostka katalityczna 3C
Identyfikatory zewnętrzne
Lokalizacja genu ( człowiek ) Chr. Zespół Początek Koniec
Wzór ekspresji RNA Błagam Człowiek Mysz (ortolog) BioGPS nie dotyczy
Ontologia genów Funkcja molekularna Komponent komórkowy Proces biologiczny Źródła: Amigo / QuickGO
ortologi Gatunek Człowiek Mysz Entrez Ensembl UniProt RefSeq (mRNA) RefSeq (białko) Lokalizacja (UCSC) PubMed search
Wikidane
Wyświetl/edytuj Człowiek

Enzym edytujący DNA dC->dU APOBEC-3C jest białkiem , które u ludzi jest kodowane przez gen APOBEC3C .

A3C należą do rodziny A3 deaminaz cytydynowych, które działają jako czynniki restrykcyjne przeciwko różnym retrowirusom. Doniesiono, że A3C silniej hamuje małpiego wirusa niedoboru odporności niż HIV-1, przy braku wirusowego czynnika zakaźnego, Vif . Zwiększenie aktywności katalitycznej A3C miało tylko marginalny wpływ na replikację HIV-1 (przy braku Vif), mechanizm przeciwdziałający wirusowi jest niejasny. Wykazano również, że A3C hamuje inne wirusy.

Funkcjonować

Gen ten należy do rodziny genów deaminazy cytydynowej . Jest to jeden z siedmiu pokrewnych genów lub pseudogenów znajdujących się w grupie , która uważana jest za wynik duplikacji genów na chromosomie 22 . Członkowie klastra kodują białka, które są strukturalnie i funkcjonalnie spokrewnione z deaminazą cytydyny APOBEC1 edytującą C do U RNA . I odwrotnie, białka A3 enzymatycznie przekształcają cytydynę w urydynę obecną w jednoniciowym DNA. Wykazano, że dwie reszty w pętli 1 A3C określają jego aktywność przeciwwirusową przeciwko HIV-1.

Struktura

Struktura krystaliczna A3C sugeruje domniemany region wiążący vif HIV-1. Stwierdzono, że A3C hamuje LINE-1 poprzez bezpośrednią interakcję z białkami ORF1p, w sposób niezależny od deaminazy.

Dalsza lektura

•   Wedekind JE, Dance GS, Sowden MP, Smith HC (kwiecień 2003). „Edycja RNA posłańca u ssaków: nowi członkowie rodziny APOBEC poszukujący ról w firmie rodzinnej”. Trendy w genetyce . 19 (4): 207–16. doi : 10.1016/S0168-9525(03)00054-4 . PMID 12683974 .
•    Cullen BR (luty 2006). „Rola i mechanizm działania rodziny APOBEC3 czynników oporności na leki przeciwretrowirusowe” . Dziennik wirusologii . 80 (3): 1067–76. doi : 10.1128/JVI.80.3.1067-1076.2006 . PMC 1346961 . PMID 16414984 .
•    Vasudevan AA, Smits SH, Höppner A, Häussinger D, Koenig BW, Münk C (listopad 2013). „Cechy strukturalne przeciwwirusowych deaminaz cytydynowych DNA” (PDF) . Chemia biologiczna . 394 (11): 1357–70. doi : 10.1515/hsz-2013-0165 . PMID 23787464 . S2CID 4151961 .
•   Hache G, Mansky LM, Harris RS (2006). „Ludzkie białka APOBEC3, ograniczenia retrowirusowe i lekooporność na HIV”. Recenzje AIDS . 8 (3): 148–57. PMID 17078485 .
•   Madsen P, Anant S, Rasmussen HH, Gromov P, Vorum H, Dumanski JP, Tommerup N, Collins JE, Wright CL, Dunham I, MacGinnitie AJ, Davidson NO, Celis JE (sierpień 1999). „Forbolina-1 z regulacją w górę w łuszczycy ma strukturalne, ale nie funkcjonalne podobieństwo do białka apobec-1 edytującego mRNA” . The Journal of Investigative Dermatology . 113 (2): 162–9. doi : 10.1046/j.1523-1747.1999.00682.x . PMID 10469298 .
•   Dunham I, Shimizu N, Roe BA, Chissoe S, Hunt AR, Collins JE, Bruskiewich R, Beare DM, Clamp M, Smink LJ, Ainscough R, Almeida JP, Babbage A, Bagguley C, Bailey J, Barlow K, Bates KN , Beasley O, Bird CP, Blakey S, Bridgeman AM, Buck D, Burgess J, Burrill WD, O'Brien KP (grudzień 1999). „Sekwencja DNA ludzkiego chromosomu 22” . Natura . 402 (6761): 489–95. Bibcode : 1999Natur.402..489D . doi : 10.1038/990031 . PMID 10591208 .
•   Mariani R, Chen D, Schröfelbauer B, Navarro F, König R, Bollman B, Münk C, Nymark-McMahon H, Landau NR (lipiec 2003). „Specyficzne dla gatunku wykluczenie APOBEC3G z wirionów HIV-1 przez Vif” . komórka . 114 (1): 21–31. doi : 10.1016/S0092-8674(03)00515-4 . PMID 12859895 .
•    Collins JE, Wright CL, Edwards CA, Davis MP, Grinham JA, Cole CG, Goward ME, Aguado B, Mallya M, Mokrab Y, Huckle EJ, Beare DM, Dunham I (2005). „Podejście oparte na adnotacjach genomu do klonowania ludzkiego ORFeome” . Biologia genomu . 5 (10): 84 zł. doi : 10.1186/gb-2004-5-10-r84 . PMC 545604 . PMID 15461802 .
•   Yu Q, Chen D, König R, Mariani R, Unutmaz D, Landau NR (grudzień 2004). „APOBEC3B i APOBEC3C są silnymi inhibitorami replikacji małpiego wirusa niedoboru odporności” . Journal of Biological Chemistry . 279 (51): 53379–86. doi : 10.1074/jbc.M408802200 . PMID 15466872 .
•    Langlois MA, Beale RC, Conticello SG, Neuberger MS (2005). „Porównanie mutacji antyretrowirusowych deaminaz cytydyny APOBEC3C o pojedynczej domenie i APOBEC3F / G o podwójnej domenie zapewnia wgląd w ich specyficzność miejsca docelowego DNA” . Badania kwasów nukleinowych . 33 (6): 1913–23. doi : 10.1093/nar/gki343 . PMC 1074398 . PMID 15809227 .
•    Papież SN, Lee IR (luty 2005). „Drożdżowa identyfikacja dwuhybrydowa białek prostaty oddziałujących z ludzką globuliną wiążącą hormony płciowe”. The Journal of Steroid Biochemistry and Molecular Biology . 94 (1–3): 203–8. doi : 10.1016/j.jsbmb.2005.01.007 . PMID 15862967 . S2CID 9746088 .
•    Doehle BP, Schäfer A, Wiegand HL, Bogerd HP, Cullen BR (lipiec 2005). „Różnicowa wrażliwość wirusa mysiej białaczki na hamowanie, w którym pośredniczy APOBEC3, zależy od wykluczenia wirionów” . Dziennik wirusologii . 79 (13): 8201–7. doi : 10.1128/JVI.79.13.8201-8207.2005 . PMC 1143768 . PMID 15956565 .
•   Rose KM, Marin M, Kozak SL, Kabat D (lipiec 2005). „Regulowana produkcja i aktywność anty-HIV typu 1 deaminaz cytydyny APOBEC3B, 3F i 3G”. Badania AIDS i ludzkie retrowirusy . 21 (7): 611–9. doi : 10.1089/aid.2005.21.611 . PMID 16060832 .
•   Muckenfuss H, Hamdorf M, Held U, Perkovic M, Löwer J, Cichutek K, Flory E, Schumann GG, Münk C (sierpień 2006). „Białka APOBEC3 hamują ludzką retrotranspozycję LINE-1” . Journal of Biological Chemistry . 281 (31): 22161–72. doi : 10.1074/jbc.M601716200 . PMID 16735504 .
•    Ewing RM, Chu P, Elisma F, Li H, Taylor P, Climie S, McBroom-Cerajewski L, Robinson MD, O'Connor L, Li M, Taylor R, Dharsee M, Ho Y, Heilbut A, Moore L, Zhang S, Ornatsky O, Bukhman YV, Ethier M, Sheng Y, Vasilescu J, Abu-Farha M, Lambert JP, Duewel HS, Stewart II, Kuehl B, Hogue K, Colwill K, Gladwish K, Muskat B, Kinach R, Adams SL, Moran MF, Morin GB, Topaloglou T, Figeys D (2007). „Mapowanie na dużą skalę ludzkich interakcji białko-białko za pomocą spektrometrii mas” . Biologia systemów molekularnych . 3 (1): 89. doi : 10.1038/msb4100134 . PMC 1847948 . PMID 17353931 .
•    Kinomoto M, Kanno T, Shimura M, Ishizaka Y, Kojima A, Kurata T, Sata T, Tokunaga K (2007). „Wszystkie białka z rodziny APOBEC3 w różny sposób hamują retrotranspozycję LINE-1” . Badania kwasów nukleinowych . 35 (9): 2955–64. doi : 10.1093/nar/gkm181 . PMC 1888823 . PMID 17439959 .

Linki zewnętrzne

• Lokalizacja ludzkiego genomu APOBEC3C i strona szczegółów genu APOBEC3C w przeglądarce genomu UCSC .
• Przegląd wszystkich informacji strukturalnych dostępnych w PDB dla UniProt : Q9NRW3 (enzym edytujący DNA dC->dU APOBEC-3C) w PDBe-KB .