Zawody miały format ostatnich etapów regularnych rozgrywek pucharowych. Zwycięzcy każdego z dwóch meczów pierwszego dnia rywalizują ze sobą o Audi Cup, podczas gdy dwie przegrane drużyny grają w meczu o trzecie miejsce. Losowanie półfinałów Audi Cup 2009 odbyło się na stoisku Audi podczas Salonu Samochodowego w Genewie 3 marca 2009 r. Losowanie zostało przeprowadzone przez przedstawiciela Audi, Toma Kristensena, w obecności oficjalnego przedstawiciela każdego uczestniczącego zespołu. Gennaro Gattuso (Mediolan), Wes Brown (Manchester United), Carlos Bianchi (Boca Juniors) i Willy Sagnol (Bayern Monachium) byli obecni w imieniu swoich klubów. Trofeum toczyło się przez dwa dni, każdego dnia rozgrywane były dwa mecze jeden po drugim.