Baza danych mikroRNA i docelowych mikroRNA

Ta baza danych mikroRNA i bazy danych celów mikroRNA to kompilacja baz danych i portali internetowych oraz serwerów używanych do mikroRNA i ich celów. MikroRNA (miRNA) reprezentują ważną klasę małych niekodujących RNA (ncRNA), które regulują ekspresję genów poprzez kierowanie informacyjnych RNA.

bazy danych genów docelowych mikroRNA

Nazwa	Opis	typ	Połączyć
StarBase	starBase jest przeznaczony do dekodowania oddziaływań miRNA - lncRNA , miRNA-mRNA, miRNA- circRNA , miRNA- pseudogen , miRNA-sncRNA, protein-lncRNA , protein-sncRNA, protein-mRNA i protein-pseudogen oraz sieci ceRNA ze 108 CLIP-Seq ( HITS-CLIP, PAR-CLIP, iCLIP, CLASH). Zapewnia również analizę Pan-Cancer dla mikroRNA, lncRNA, circRNA i genów kodujących białka z 6000 próbek guza.	Baza danych	strona internetowa
StarScan	StarScan został opracowany do skanowania zdarzeń cięcia RNA, w których pośredniczy mały RNA (miRNA, piRNA, siRNA) w lncRNA, circRNA, mRNA i pseudogenach z danych sekwencjonowania degradomu.	oprogramowanie internetowe	strona internetowa
Amorek	Kupidyn to metoda jednoczesnego przewidywania interakcji miRNA-cel i pośredniczonych przez nie konkurencyjnych interakcji endogennego RNA (ceRNA) . Jest to podejście integracyjne, które znacznie poprawia dokładność przewidywania celu miRNA, ocenianą zarówno na podstawie pomiarów poziomu mRNA, jak i białka w liniach komórkowych raka piersi. Kupidyn jest wdrażany w 3 krokach: Krok 1: ponowna ocena potencjalnych miejsc wiązania miRNA w 3' UTR. Krok 2: interakcje są przewidywane poprzez integrację informacji o wybranych miejscach i statystycznej zależności między profilami ekspresji miRNA i domniemanymi celami. Krok 3: Kupidyn ocenia, czy wywnioskowane cele konkurują o przewidywane regulatory miRNA. * Dostępny jest tylko kod źródłowy dla kroku 3.	oprogramowanie (MATLAB)	strona internetowa
Skanowanie celu	Przewiduje cele biologiczne miRNA, wyszukując obecność miejsc pasujących do regionu nasion każdego miRNA. W przypadku much i nicieni prognozy są uszeregowane na podstawie prawdopodobieństwa ich ewolucyjnej ochrony. W przypadku danio pręgowanego prognozy są klasyfikowane na podstawie numeru witryny, typu witryny i kontekstu witryny, który obejmuje czynniki wpływające na dostępność witryny docelowej. W przypadku ssaków użytkownik może wybrać, czy prognozy mają być uszeregowane na podstawie prawdopodobieństwa ich zachowania, czy też według numeru stanowiska, typu i kontekstu. W przypadku ssaków i nicieni użytkownik może rozszerzyć prognozy poza obszary chronione i wziąć pod uwagę wszystkie obszary.	baza danych, serwer WWW	strona internetowa
TarBase	Obszerna baza danych potwierdzonych eksperymentalnie zwierzęcych celów mikroRNA	Baza danych	strona internetowa
Diana-microT	DIANA-microT 3.0 to algorytm oparty na kilku parametrach obliczanych indywidualnie dla każdego mikroRNA i łączący konserwatywne i niekonserwatywne elementy rozpoznawania mikroRNA w końcowy wynik predykcji.	serwer internetowy	serwer internetowy
miRecords	zintegrowane źródło interakcji mikroRNA-cel.	Baza danych	strona internetowa
PicTar	PicTar to kombinatoryczne prognozy docelowego mikroRNA.	baza danych, serwer WWW, prognozy	strona internetowa
PITA	PITA obejmuje rolę dostępności miejsca docelowego, określoną przez interakcje par zasad w mRNA, w rozpoznawaniu celu mikroRNA.	serwer WWW, prognozy	przepowiednie
RepTar	Baza danych przewidywań odwrotnych celów miRNA, oparta na algorytmie RepTar, który jest niezależny od ewolucyjnych względów konserwatorskich i nie ogranicza się do miejsc parowania nasion.	Baza danych	strona internetowa
RNA22	Pierwszy link (przewidywania) zawiera prognozy RNA22 dla wszystkich transkryptów kodujących białka u ludzi, myszy, glisty i muszki owocowej. Pozwala na wizualizację przewidywań na mapie cDNA, a także znajdowanie transkryptów, w których celuje wiele interesujących miR. Drugi link do strony internetowej (niestandardowy) najpierw znajduje domniemane miejsca wiązania mikroRNA w sekwencji będącej przedmiotem zainteresowania, a następnie identyfikuje docelowy mikroRNA.	serwer WWW, prognozy	prognozy niestandardowe
miRTarBase	Eksperymentalnie potwierdzona baza danych interakcji mikroRNA-cel. Jako baza danych miRTarBase zgromadziła ponad trzysta sześćdziesiąt tysięcy interakcji miRNA-cel (MTI), które są gromadzone poprzez ręczne przeglądanie odpowiedniej literatury po NLP tekstu w celu systematycznego filtrowania artykułów naukowych związanych z badaniami funkcjonalnymi miRNA. Ogólnie, zebrane MTI są weryfikowane eksperymentalnie za pomocą testu reporterowego, western blot, mikromacierzy i eksperymentów sekwencjonowania nowej generacji. Zawierając największą liczbę zweryfikowanych MTI, miRTarBase zapewnia najbardziej aktualny zbiór w porównaniu z innymi podobnymi, wcześniej opracowanymi bazami danych.	Baza danych	strona internetowa
miRwalk	Agreguje i porównuje wyniki z innych baz danych miRNA-mRNA	baza danych, serwer WWW	[1]
MBSTAR	Podejście oparte na wielu instancjach w celu znalezienia prawdziwych lub funkcjonalnych miejsc wiązania mikroRNA.	serwer WWW, prognozy	przepowiednie
.

bazy mikroRNA

Nazwa	Opis	typ	Połączyć
głęboka baza	deepBase to baza danych do opisywania i odkrywania małych i długich ncRNA (mikroRNA, siRNA, piRNA…) z danych głębokiego sekwencjonowania o dużej przepustowości.	Baza danych	strona internetowa
miRBase	Baza danych miRBase to przeszukiwalna baza danych zawierająca opublikowane sekwencje miRNA i adnotacje.	Baza danych	strona internetowa
microRNA.org	microRNA.org to baza danych eksperymentalnie obserwowanych wzorców ekspresji mikroRNA oraz przewidywanych celów mikroRNA i docelowych wyników regulacji w dół.	Baza danych	strona internetowa
miRGen 4.0	DIANA-miRGen v4: indeksowanie promotorów i regulatorów dla ponad 1500 mikroRNA	Baza danych	strona internetowa
mapa miRNA	miRNAMap: genomowe mapy genów mikroRNA i ich docelowych genów w genomach ssaków	Baza danych	strona internetowa
PMRD	PMRD: baza mikroRNA roślin	Baza danych	strona internetowa
Skanowanie celu	TargetScan7.0 klasyfikuje mikroRNA zgodnie z ich poziomem ochrony (tj. specyficznym dla gatunku, konserwowanym wśród ssaków lub szeroko konserwowanym wśród kręgowców) i grupuje je w rodziny w oparciu o ich sekwencję nasion. Dodaje również adnotacje do konserwatywnych isomiR przy użyciu zestawów danych sekwencjonowania małych RNA.	Baza danych	strona internetowa
VIRmiRNA	VIRmiRNA jest pierwszym dedykowanym zasobem dotyczącym eksperymentalnych wirusowych miRNA i ich celów . Ten zasób zapewnia również wszechstronną wiedzę na temat przeciwwirusowych miRNA, o których wiadomo, że odgrywają rolę w odporności przeciwwirusowej gospodarza.	Baza danych	strona internetowa

Dalsza lektura

Lee, RC; Ambros V (2001). „Rozległa klasa małych RNA w Caenorhabditis elegans”. nauka . 294 (5543): 862–864. Bibcode : 2001Sci...294..862L . doi : 10.1126/science.1065329 . PMID 11679672 .
Ambros, V (2001). „mikroRNA: małe regulatory o wielkim potencjale” . komórka . 107 (7): 823–826. doi : 10.1016/S0092-8674(01)00616-X . PMID 11779458 .

Linki zewnętrzne