CXorf36
| Identyfikatory | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| DIPK2B | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| , 4930578C19Rik, DIA1R, EPQL1862, PRO3743, bA435K1.1, chromosom X otwarta ramka odczytu 36, CXorf36, rozbieżna domena kinazy białkowej 2B | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Identyfikatory zewnętrzne | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidane | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Otwarta ramka odczytu chromosomu X 36 (CXorf36) to gen , który u ludzi koduje białko „hipotetyczne białko LOC79742”. Białko to ma funkcję, która nie jest obecnie dobrze poznana. Inne znane aliasy to „FLJ14103, DKFZp313K0825, FLJ55198, PRO3743, FLJ55198, hCG1981635, bA435K1.1” i „4930578C19Rik”.
Gen
Gen CXorf36 znajduje się w Xp11.3.
Może być transkrybowany na 8 różnych wariantów transkryptu , które z kolei mogą wytwarzać 6 różnych izoform białka.
Genomowy DNA ma długość 52 529 par zasad , podczas gdy najdłuższy wytwarzany przez niego mRNA ma długość 4735 zasad.
Sąsiedztwo genów
CXorf36 jest ściśle otoczony przez następujące geny na chromosomie X:
- DUSP21
- KDM6A
- MIR222
- TBX20
CXorf36 jest również otoczony przez dwa inne geny na chromosomie X, które są zaangażowane w upośledzenie umysłowe sprzężone z X.
Białko
Najdłuższa izoforma białka wytwarzana przez gen CXorf36 jest nazywana hipotetyczną izoformą 1 białka LOC79742 i ma długość 433 aminokwasów . Białko ma przewidywaną masę cząsteczkową 48,6 kDa i punkt izoelektryczny 8,11.
Domeny
Produkt białkowy genu CXorf36 zawiera region o niskiej złożoności od pozycji 16 do pozycji 40.
Modyfikacja potranslacyjna
Przewiduje się, że białko CXorf36 ulegnie fosforylacji w kilku serynach , treoninach i tyrozynach w całej strukturze. Jednak wiele z tych miejsc przewiduje się w serynach. Istnieje również przewidywane N-glikozylacji w pozycji 100 na produkcie białkowym.
Wyrażenie
Wykazano, że CXorf36 ulega wszechobecnej ekspresji na niskim poziomie w różnych tkankach w całym ciele. Wyraża się silnie w zwoju rzęskowym , jajniku i trzonie macicy. Jednak najwyższą ekspresję obserwuje się w tkance zwoju trójdzielnego.
Ochrona
CXorf36 ma jeden paralog u ludzi, znany jako C3orf58 . Ortologi znaleziono u wszystkich ssaków i u wielu eukariontów . Jednak zachowanie pełnego genu zatrzymuje się po tym, najprawdopodobniej w wyniku duplikacji genu przodka w CXorf36 i C3orf58. Pełna lista organizmów, w których znaleziono ortologi, znajduje się poniżej.
Linki zewnętrzne
- Lokalizacja ludzkiego genomu CXorf36 i strona szczegółów genu CXorf36 w przeglądarce genomu UCSC .
Dalsza lektura
- Suzuki Y, Yamashita R, Shirota M i in. (2004). „Porównanie sekwencji ludzkich i mysich genów ujawnia homologiczną strukturę blokową w regionach promotora” . Genom Res . 14 (9): 1711–8. doi : 10.1101/gr.2435604 . PMC 515316 . PMID 15342556 .
- Tarpey PS, Smith R, Pleasance E i in. (2009). „Systematyczny ekran ponownego sekwencjonowania na dużą skalę egzonów kodujących chromosom X w upośledzeniu umysłowym” . Nat. Genet . 41 (5): 535–43. doi : 10.1038/ng.367 . PMC 2872007 . PMID 19377476 .
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T i in. (2004). „Kompletne sekwencjonowanie i charakterystyka 21 243 pełnej długości ludzkich cDNA” . Nat. Genet . 36 (1): 40–5. doi : 10.1038/ng1285 . PMID 14702039 .
- Thiselton DL, McDowall J, Brandau O i in. (2002). „Zintegrowana, funkcjonalnie opatrzona adnotacjami mapa genów interwału DXS8026-ELK1 na ludzkim Xp11.3-Xp11.23: potencjalny punkt zapalny dla zaburzeń neurogenetycznych”. Genomika . 79 (4): 560–72. doi : 10.1006/geno.2002.6733 . PMID 11944989 .
- Clark HF, Gurney AL, Abaya E i in. (2003). „Inicjatywa odkrywania wydzielanych białek (SPDI), szeroko zakrojony wysiłek mający na celu identyfikację nowych ludzkich białek wydzielanych i transbłonowych: ocena bioinformatyczna” . Genom Res . 13 (10): 2265–70. doi : 10.1101/gr.1293003 . PMC 403697 . PMID 12975309 .
- Kimura K, Wakamatsu A, Suzuki Y i in. (2006). „Zróżnicowanie modulacji transkrypcji: identyfikacja i charakterystyka na dużą skalę przypuszczalnych alternatywnych promotorów ludzkich genów” . Genom Res . 16 (1): 55–65. doi : 10.1101/gr.4039406 . PMC 1356129 . PMID 16344560 .
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH i in. (2002). „Generowanie i wstępna analiza ponad 15 000 pełnej długości sekwencji cDNA człowieka i myszy” . proc. Natl. Acad. nauka USA . 99 (26): 16899–903. Bibcode : 2002PNAS...9916899M . doi : 10.1073/pnas.242603899 . PMC 139241 . PMID 12477932 .
- Venter JC, Adams MD, Myers EW i in. (2001). „Sekwencja ludzkiego genomu” . nauka . 291 (5507): 1304–51. Bibcode : 2001Sci...291.1304V . doi : 10.1126/science.1058040 . PMID 11181995 .
- Barbe L, Lundberg E, Oksvold P i in. (2008). „W kierunku konfokalnego atlasu subkomórkowego ludzkiego proteomu” . Mol. Komórka. Proteomika . 7 (3): 499–508. doi : 10.1074/mcp.M700325-MCP200 . PMID 18029348 .