Białko zawierające domenę chitynazy 1

CHID1
Dostępne konstrukcje
WPB	Wyszukiwanie ortologów:
Lista kodów identyfikacyjnych PDB
Identyfikatory
	, SI-CLP, SICLP, GL008, domena chitynazy zawierająca 1
identyfikator zewnętrzny
Lokalizacja genu ( człowiek )
Chr.
Koniec
Lokalizacja genu ( mysz )
Chr.
Koniec
Wzór ekspresji RNA
	nie dotyczy
Ontologia genów
Funkcja molekularna
Komponent komórkowy
Proces biologiczny
	Źródła: Amigo / QuickGO
ortologi
	Wikidane
Wyświetl/edytuj człowieka	Wyświetl/edytuj mysz

Białko zawierające domenę chitynazy 1 (CHID1) jest wysoce konserwatywnym białkiem o nieznanej funkcji, zlokalizowanym na krótkim (p) ramieniu chromosomu 11 w pobliżu telomeru . Białko posiada 27 intronów , co pozwala na powstanie wielu izoform tego genu. Ma kilka aliasów, z których najczęstszym jest białko podobne do chitynazy oddziałujące ze stabiliną-1 (SI-CLP). Jak wskazuje alias, wiadomo, że CHID1 oddziałuje z białkiem STAB1 . CHID1 ulega wszechobecnej ekspresji na poziomach prawie 6-krotnie przekraczających przeciętny gen i jest konserwowany bardzo daleko od organizmów, takich jak Caenorhabditis elegans i prawdopodobnie niektórych prokariotów . Wiadomo, że to białko ma miejsca wiązania węglowodanów , które mogą być zaangażowane w katabolizm węglowodanów .

Gen

CHID1 znajduje się na chromosomie 11 w miejscu p15.5. Znajduje się tuż za TSPAN4 i przed AP2A2 . CHID1 jest wszechobecnie wyrażany na wysokim poziomie. Poprzez mikromacierzy wykazano, że CHID1 jest generalnie wyrażany na 5,7-krotności średniej genu. CHID1 ma wiele znanych wariantów, które przypisuje się jego 37 eksonom . W regionie kodującym CHID1 nie ma nieodłącznych powtórzeń ani struktur szpilki do włosów. Ten gen jest członkiem nadrodziny GH18 , która dyktuje część jego struktury białkowej. Ten gen ma również kilka aliasów, z których najczęstszym jest białko podobne do chitynazy oddziałujące ze Stabilin-1 lub SI-CLP, co wskazuje na jego znaną interakcję ze STAB1 .

Wariacje

Ze względu na duży rozmiar i wiele eksonów, CHID1 ma wiele wariantów transkryptu, które zostały zidentyfikowane poprzez sekwencjonowanie mRNA. CHID1 ma 27 eksonów i 22 znane formy składania. Formy te wskazują, że w genomie może występować wiele regionów promotorowych i miejsc startu transkrypcji. Najczęściej spotykane transkrypty tłumaczą się na około 400 aminokwasów każdy.

Homologia

CHID1 wykazuje bardzo wysoki poziom ochrony. Został zidentyfikowany w wielu systemach modelowych, w tym w Drosophila melanogaster , Caenorhabditis elegans i Oryza sativa . Kiedy konserwacja jest obserwowana w dużym regionie, staje się jasne, które domeny białkowe są najważniejsze dla CHID1. Zdecydowanie dwoma najlepiej zachowanymi czynnikami są połączenia eksonów, które można dodać do połączeń eksonów, a także kilka znanych miejsc wiązania węglowodanów. Wydaje się, że innym ważnym regionem jest ostatnich 15 aminokwasów, które zachowują wysoki poziom ochrony nawet dzięki sekwencjom owadów.

Dopasowanie wielu sekwencji kilku homologów CHID1 z zaznaczonymi konserwowanymi sekwencjami i wskazanymi ważnymi cechami.

Gatunek	Nazwa zwyczajowa	Rozbieżność w milionach lat	Numer dostępowy	Podobieństwo do sekwencji ludzkiej
Goryl goryl goryl	Goryl	8.8	XP_004050445.1	100%
Macaca Mulat	Makak rezus	29.0	AFI38071.1	94%
Equus caballus	Koń	94,2	XP_003362692.1	91%
Felis catus	Kot domowy	94,2	XP_003993852.1	90%
Taeniopygia guttata	Zięba	296	XP_002199280.2	78%
Ictalurus punctatus	Sum	400.1	NP_001187344.1	70%
Apis florea	Pszczoła miodna	782,7	XP_003691984.1	61%

Paralogi

Istnieje również kilka proponowanych paralogów do CHID1. Te geny to di-N-acetylochitobiaza, białko podobne do chitynazy 3 2 i chitotriozydaza 1. Wszystkie te geny mają około 40% podobieństwa i pasują do ludzkich transkryptów CHID1 w ponad 40-50% genu. Opierając się na poziomie ochrony, wszystkie te paralogi prawdopodobnie rozdzieliły się w czasie zbliżonym do oddzielenia się od bakterii.

Drzewo filogenetyczne oparte na różnicach w różnych homologach CHID1 i jego paralogach.

Nazwa	Numer dostępowy	Długość (aminokwasy)	Podobieństwo do CHID1 u ludzi
di-N-acetylochitobiaza	NP_004379.1	385	38%
Białko podobne do chitynazy 3 2	NP_001020368.1	380	39%
Chitotriozydaza-1	NP_001243054.2	447	40%

Białko

Translacja białka CHID1 ma zazwyczaj długość około 400 aminokwasów (chociaż zmienia się to w wielu znanych formach) i ma niewiele modyfikacji potranslacyjnych. W większości form i ortologów przewiduje się, że CHID1 ma peptyd sygnałowy, który różni się długością w zależności od sekwencji. Przewidywania struktury i krystalografii rentgenowskiej CHID1 wskazują, że jego drugorzędowa struktura jest ciężka w helisach alfa , chociaż zdecydowanie zawiera pewne obecne nici beta , na co wskazuje struktura krystalografii rentgenowskiej SI-CLP. CHID1 jest również członkiem nadrodziny białek GH18 , która ma unikalną konserwatywną strukturę. Członkowie tej rodziny zawierają 8-żyłową beczkę beta/alfa. Wykazano również, że to białko oddziałuje z innymi kopiami samego siebie w homodimerze , który również wykorzystuje cząsteczki oddziałujące z jonami siarczanowymi w nieznanym celu.

Struktura beczki CHID1 znaleziona przez krystalografię rentgenowską

Wyrażenie

Analiza profilu ekspresji CHID1 w normalnych tkankach

Konsekwentnie wykazano, że ekspresja CHID1 jest wszechobecna i wyższa niż średnia we wszystkich tkankach ludzkich. Analizując region promotora CHID1 u ludzi, ekspresję tę tłumaczy się dużą liczbą czynników transkrypcyjnych , które są aktywne w wielu tkankach lub są nawet wszechobecne. U Drosophila melanogaster ekspresja tkankowa różni się znacznie między tkankami larwalnymi i dorosłymi. Chociaż ekspresja jest niezwykle rozpowszechniona u dorosłych, nie jest na tak wysokim poziomie jak u ludzi. Wykazano, że u larw CHID1 ulega ekspresji tylko w określonych tkankach i jest regulowany w górę w bardzo różnych tkankach niż u dorosłych. W tkankach larwalnych ekspresja jest najwyższa w gruczole ślinowym, ale u dorosłych zdecydowanie najwyższa ekspresja występuje w męskim gruczole dodatkowym. Chociaż ekspresja jest ogólnie wysoka u niektórych gatunków, niekoniecznie jest nienormalna. in situ transkryptów genów w mózgach myszy pokazuje, że CHID1 jest wyrażany stosunkowo normalnie. Wzorzec wysokiej i niskiej ekspresji w mózgu jest bardzo podobny do innego szeroko rozpowszechnionego genu: beta aktyny . Jest to jedna wskazówka, że CHID1 może wykazywać normalne wzorce ekspresji u ssaków, pomimo ogólnej regulacji w górę.

Funkcjonować

Chociaż CHID1 nie ma żadnej znanej funkcji, istnieje kilka proponowanych aktywności białka w oparciu o aktualną wiedzę. Białko to może uczestniczyć w procesach metabolicznych , takich jak katabolizm chityny czy metabolizm węglowodanów . Może znajdować się w różnych przedziałach komórkowych, takich jak cytoplazma lub lizosomy , wszystko w zależności od pewnych modyfikacji potranslacyjnych . W innym badaniu zaproponowano, że CHID1 może odgrywać rolę w wykrywaniu patogenów. Funkcja CHID1 może również zależeć od jego domniemanego partnera wiążącego, STAB1 , który ma uczestniczyć w sygnalizacji komórkowej i obronie przed bakteriami.

Interakcje

Zdecydowanie sugeruje się, że CHID1 oddziałuje tylko z jednym innym białkiem. Białko transbłonowe stabilina-1 zostało wykryte jako substancja oddziałująca w testach in vitro , in vivo i dwuhybrydowych na drożdżach . STAB1 jest dużym białkiem receptora transbłonowego, które może działać w wielu aspektach, takich jak zasiedlanie limfocytów lub angiogeneza . Jego ekspresja jest ponad dwukrotnie wyższa od średniego poziomu genu i oczekuje się, że będzie odgrywać rolę w obronie komórki przed bakteriami. Ta interakcja może dać wgląd w funkcję obu białek jako całości.

Znaczenie kliniczne

Ogólnie rzecz biorąc, znaczenie CHID1 jest nieznane. Wiele profili ekspresji CHID1 pokazuje, że jego ekspresja nie zmienia się w żadnych powszechnych chorobach lub stanach, jak obecnie badane. Biorąc pod uwagę brak wiedzy na temat funkcji CHID1, trudno jest dalej badać jego rolę w kondycji człowieka.

Linki zewnętrzne