Litchfieldia
| Klasyfikacja naukowa | |
|---|---|
| Litchfieldia | |
| Domena: | |
| Gromada: | |
| Klasa: | |
| Zamówienie: | |
| Rodzina: | |
| Rodzaj: |
Litchfieldia Gupta i in. 2020
|
| Gatunek | |
Informacje na podstawie LPSN 2021 |
|
Litchfieldia to rodzaj Gram-dodatnich bakterii w kształcie pałeczek z rodziny Bacillaceae z rzędu Bacillales . Gatunkiem typowym dla tego rodzaju jest Litchfieldia alkalitelluris.
Litchfieldia składa się z gatunków pierwotnie należących do rodzaju Bacillus , rodzaju, który wykazywał rozległą polifilię ze względu na niejasne kryteria stosowane do przypisania nowych gatunków do rodzaju. Badania z wykorzystaniem analizy filogenetycznej i porównawczej genomiki wyjaśniły taksonomię Bacillus poprzez ograniczenie rodzaju do gatunków blisko spokrewnionych z Bacillus subtilis i Bacillus cereus , a także przeniesienie wielu gatunków do nowych, nowych rodzajów, takich jak Virgibacillus , Solibacillus , Brevibacillus i Ectobacillus .
Nazwa Litchfieldia została nazwana na cześć amerykańskiego mikrobiologa i ekologa morskiego, dr Carol D. Litchfield (1936-2012).
Charakterystyka biochemiczna i podpisy molekularne
Członkowie rodzaju Litchfieldia to bakterie tlenowe lub fakultatywnie beztlenowe . Wszystkie są komórkami tworzącymi przetrwalniki i ruchliwymi . Są katalazo-dodatnie , oksydazo -dodatnie i lekko halofilne . Mogą rosnąć w środowisku zawierającym 0-4% ( wag./obj. ) chlorku sodu (NaCl), ale najlepiej rosną w 0-3% (wag./obj.) NaCl. Wzrost występuje również w temperaturze 10–40 ° C (50–104 ° F) (optymalnie w 30–35 ° C (86–95 ° F)) i pH 7,0–10,0 (optymalnie przy pH 8,0–9,0).
Analizy sekwencji genomu gatunków Litchfieldia zidentyfikowały siedem konserwatywnych indeli sygnaturowych , które są unikalne dla rodzaju Litchifieldia w następujących białkach: transporter MFS, metalopeptydaza z rodziny M15 , amidohydrolaza , czynnik transkrypcyjny regulatora odpowiedzi , hipotetyczne białka i dehydrogenaza gamma-semialdehydu l-glutaminianu. Te sygnatury molekularne zapewniają niezawodny sposób na odróżnienie członków tego rodzaju od innych rodzajów i bakterii Bacillaceae .
Taksonomia
Litchfieldia występują łącznie 2 gatunki z ważnie opublikowanymi nazwami . Członkowie tego rodzaju grupują się razem, tworząc monofiletyczną w różnych drzewach filogenetycznych zbudowanych w oparciu o połączone sekwencje z różnych zestawów danych białkowych, a także sekwencje 16S rybosomalnego RNA. Ten wzór rozgałęzień znalazł również odzwierciedlenie w bazie danych taksonomii genomu .
Istnieje jeden nieważnie opublikowany gatunek, Bacillus cheonanensis , który również niezawodnie rozgałęzia się z innymi członkami kladu Litchfieldia , a także ma wspólne unikalne markery molekularne. Jednak przeniesienie nie zostało zaproponowane dla tego gatunku ze względu na brak informacji o szczepach kulturowych. Przyszłe analizy tego kladu należy przeprowadzić, gdy dostępne będą dodatkowe informacje o sekwencji genomu i szczepie kultury.