OMPdb

OMPdb
Treść
Opis	Białka błony zewnętrznej β-beczki .
Organizmy	Bakterie Gram-ujemne
Kontakt
Centrum Badań	Uniwersytet Ateński
Laboratorium	Zakład Biologii Komórki i Biofizyki
Autorski	Konstantinos D Tsirigos, Pantelis G. Bagos i Stavros J. Hamodrakas
Cytowanie podstawowe	Tsirigos i in. (2011)
Data wydania	2011
Dostęp
Strona internetowa	http://www.ompdb.org

OMPdb to dedykowana baza danych zawierająca białka błony zewnętrznej beczki beta (β-baryłki) z bakterii Gram-ujemnych . Takie białka są odpowiedzialne za szeroki zakres ważnych funkcji, takich jak bierne pobieranie składników odżywczych, aktywny transport dużych cząsteczek, wydzielanie białek , a także adhezja do komórek gospodarza , poprzez którą bakterie eksponują swoją wirulencję .

Ich znaczenie biologiczne wraz z nieodpowiednimi adnotacjami i klasyfikacją w publicznych bazach danych wymaga intensywnych badań i dokładnego gromadzenia danych dotyczących białek β-baryłkowych.

Informacje zawarte w OMPdb składają się z danych sekwencyjnych , a także adnotacji dotyczących cech strukturalnych (takich jak segmenty transbłonowe ), odniesień do literatury i linków do innych publicznych baz danych, cech, które są unikalne na skalę światową. Oferujemy również informacje dotyczące istnienia struktury 3D danego białka, jeśli jest ona zdeponowana w bazie danych PDB. Listę wpisów białek z rozwiązaną strukturą 3D można również znaleźć na każdej stronie wpisu rodziny, jeśli ma to zastosowanie.

Wraz z bazą danych opracowano także zbiór profilowych Ukrytych Modeli Markowa , pochodzących głównie z bazy PFAM , które okazały się charakterystyczne dla białek błony zewnętrznej typu β-beczułki. Zestaw ten, w połączeniu z niedawno zaprezentowanym PRED-TMBB2 , posłuży jako potężne narzędzie w zakresie dyskryminacji i klasyfikacji nowych białek β-beczek oraz analiz całych proteomów.

Interfejs sieciowy OMPdb oferuje użytkownikowi możliwość nie tylko przeglądania dostępnych danych, ale także składania zaawansowanych zapytań o wyszukiwanie tekstowe w ramach wpisów białek bazy danych lub wyszukiwania białek i domen. Najbardziej aktualną wersję bazy danych można pobrać w różnych formatach (płaski tekst, XML lub surowe sekwencje FASTA ).

Na stronie pobierania użytkownik może pobrać kompletny zestaw danych białek β-beczek, który jest kompilowany po regularnych aktualizacjach bazy danych PDBTM , bazy danych OPM oraz listy białek błonowych o znanej strukturze 3D z laboratorium Stephena White'a na UC Irvine .

W dniach 11-12 sierpnia 2014 r. OMPdb uczestniczyło w rekolekcjach Protein Bioinformatics and Community Resources w Centrum Konferencyjnym Wellcome Trust , które zgromadziły głównych badaczy kilku wyspecjalizowanych zasobów białkowych, jak również tych z baz danych białek z dużych ośrodków bioinformatycznych. Podczas tego spotkania omówiono niektóre wspólne kluczowe wyzwania związane z tworzeniem i utrzymaniem takich zasobów, a także różne podejścia do ich rozwiązywania. Ważnym rezultatem było utworzenie Specjalistycznej Sieci Zasobów Białkowych, której celem jest poprawa koordynacji działań jej zasobów członkowskich.

^ ^a ^b Tsirigos, Konstantinos D; Bagos Pantelis G; Hamodrakas Stavros J (styczeń 2011). „OMPdb: baza danych białek błony zewnętrznej {beta} beczki z bakterii Gram-ujemnych” . Kwasy nukleinowe Res . Anglia. 39 (problem z bazą danych): D324-31. doi : 10.1093/nar/gkq863 . PMC 3013764 . PMID 20952406 .
^ Finn, Robert D.; Coggill, Penelopa; Eberhardt, Ruth Y.; Eddy, Sean R.; Mistry, Jaina; Mitchell, Alex L.; Potter, Simon C.; Punta, Marco; Qureshi, Matloob (2016-01-04). „Baza danych rodzin białek Pfam: w kierunku bardziej zrównoważonej przyszłości” . Badania kwasów nukleinowych . 44 (D1): D279–285. doi : 10.1093/nar/gkv1344 . ISSN 1362-4962 . PMC 4702930 . PMID 26673716 .
^ Tsirigos, Konstantinos D.; Elofsson, Arne; Bagos, Pantelis G. (2016-09-01). „PRED-TMBB2: ulepszone przewidywanie topologii i wykrywanie białek błony zewnętrznej beczki beta” . Bioinformatyka . 32 (17): i665-i671. doi : 10.1093/bioinformatyka/btw444 . ISSN 1367-4811 . PMID 27587687 .
^ Kozma, Daniel; Simon, István; Tusnády, Gábor E. (2013-01-01). „PDBTM: Protein Data Bank białek transbłonowych po 8 latach” . Badania kwasów nukleinowych . 41 (problem z bazą danych): D524–529. doi : 10.1093/nar/gks1169 . ISSN 1362-4962 . PMC 3531219 . PMID 23203988 .
^ Łomize, Michaił A.; Pogożewa, Irina D.; Joo, Hyeon; Mosberg, Henryk I.; Lomize, Andrei L. (2012-01-01). „Baza danych OPM i serwer WWW PPM: zasoby do pozycjonowania białek w błonach” . Badania kwasów nukleinowych . 40 (problem z bazą danych): D370–376. doi : 10.1093/nar/gkr703 . ISSN 1362-4962 . PMC 3245162 . PMID 21890895 .
^ Holliday, Gemma L.; Bairoch, Amos; Bagos, Pantelis G.; Chatonnet, Arnaud; Craik, David J.; Finn, Robert D.; Henrissat, Bernard; Landsman, Dawid; Manning, Gerard (2015-06-01). „Kluczowe wyzwania dla tworzenia i utrzymania specjalistycznych zasobów białkowych” . Białka . 83 (6): 1005–1013. doi : 10.1002/prot.24803 . ISSN 1097-0134 . PMC 4446195 . PMID 25820941 .
^ Babbitt, Patricia C.; Bagos, Pantelis G.; Bairoch, Amos; Bateman, Alex; Chatonnet, Arnaud; Chen, Mark Jinan; Craik, David J.; Finn, Robert D.; Gloriam, David (2015-01-01). „Tworzenie specjalistycznej sieci zasobów białkowych: sprawozdanie ze spotkania dotyczącego bioinformatyki białek i rekolekcji zasobów społecznościowych” . Baza danych: The Journal of Biological Databases and Curation . 2015 : bav063. doi : 10.1093/baza danych/bav063 . ISSN 1758-0463 . PMC 4499208 . PMID 26284514 .

Linki zewnętrzne

http://www.ompdb.org/

[pmid20952406-1] Tsirigos, Konstantinos D; Bagos Pantelis G; Hamodrakas Stavros J (styczeń 2011). „OMPdb: baza danych białek błony zewnętrznej {beta} beczki z bakterii Gram-ujemnych” . Kwasy nukleinowe Res . Anglia. 39 (problem z bazą danych): D324-31. doi : 10.1093/nar/gkq863 . PMC 3013764 . PMID 20952406 .

[2] Finn, Robert D.; Coggill, Penelopa; Eberhardt, Ruth Y.; Eddy, Sean R.; Mistry, Jaina; Mitchell, Alex L.; Potter, Simon C.; Punta, Marco; Qureshi, Matloob (2016-01-04). „Baza danych rodzin białek Pfam: w kierunku bardziej zrównoważonej przyszłości” . Badania kwasów nukleinowych . 44 (D1): D279–285. doi : 10.1093/nar/gkv1344 . ISSN 1362-4962 . PMC 4702930 . PMID 26673716 .

[3] Tsirigos, Konstantinos D.; Elofsson, Arne; Bagos, Pantelis G. (2016-09-01). „PRED-TMBB2: ulepszone przewidywanie topologii i wykrywanie białek błony zewnętrznej beczki beta” . Bioinformatyka . 32 (17): i665-i671. doi : 10.1093/bioinformatyka/btw444 . ISSN 1367-4811 . PMID 27587687 .

[4] Kozma, Daniel; Simon, István; Tusnády, Gábor E. (2013-01-01). „PDBTM: Protein Data Bank białek transbłonowych po 8 latach” . Badania kwasów nukleinowych . 41 (problem z bazą danych): D524–529. doi : 10.1093/nar/gks1169 . ISSN 1362-4962 . PMC 3531219 . PMID 23203988 .

[5] Łomize, Michaił A.; Pogożewa, Irina D.; Joo, Hyeon; Mosberg, Henryk I.; Lomize, Andrei L. (2012-01-01). „Baza danych OPM i serwer WWW PPM: zasoby do pozycjonowania białek w błonach” . Badania kwasów nukleinowych . 40 (problem z bazą danych): D370–376. doi : 10.1093/nar/gkr703 . ISSN 1362-4962 . PMC 3245162 . PMID 21890895 .

[6] Holliday, Gemma L.; Bairoch, Amos; Bagos, Pantelis G.; Chatonnet, Arnaud; Craik, David J.; Finn, Robert D.; Henrissat, Bernard; Landsman, Dawid; Manning, Gerard (2015-06-01). „Kluczowe wyzwania dla tworzenia i utrzymania specjalistycznych zasobów białkowych” . Białka . 83 (6): 1005–1013. doi : 10.1002/prot.24803 . ISSN 1097-0134 . PMC 4446195 . PMID 25820941 .

[7] Babbitt, Patricia C.; Bagos, Pantelis G.; Bairoch, Amos; Bateman, Alex; Chatonnet, Arnaud; Chen, Mark Jinan; Craik, David J.; Finn, Robert D.; Gloriam, David (2015-01-01). „Tworzenie specjalistycznej sieci zasobów białkowych: sprawozdanie ze spotkania dotyczącego bioinformatyki białek i rekolekcji zasobów społecznościowych” . Baza danych: The Journal of Biological Databases and Curation . 2015 : bav063. doi : 10.1093/baza danych/bav063 . ISSN 1758-0463 . PMC 4499208 . PMID 26284514 .