Parabakteroidy

Klasyfikacja naukowa
Parabacteroides
Domena:	Bakteria
Gromada:	Bacteroidota
Klasa:	Bakteroidia
Zamówienie:	Bacteroides
Rodzina:	„ garbnikowate ”
Rodzaj:	Parabakteroidy Sakamoto i Benno 2006
Typ gatunku
Parabacteroides distasonis
Gatunek
P. acidifaciens P. bouchesdurhonensis P. chartae P. chinchillae P. chongii P. distasonis P. faecavium P. faecis P. goldsteinii P. gordonii P. hominis P. intestinavium P. intestinigallinarum P. intestinipullorum P. johnsonii P. massiliensis P. merdae P. paca ensis P. pekinense P. provencensis P. timonensis

P. distasonis , gatunek Parabacteroides w ludzkim mikrobiomie jelitowym.

Parabacteroides jest Gram-ujemnym , beztlenowym , nietworzącym przetrwalników rodzajem z rodziny Tannerellaceae .

Po raz pierwszy wyizolowany z próbki kału w 1933 roku szczep typu Parabacteroides distasonis został pierwotnie sklasyfikowany pod nazwą Bacteroides distasonis. Szczep został ponownie sklasyfikowany w celu utworzenia nowego rodzaju Parabacteroides w 2006 r. Parabacteroides obejmuje obecnie 21 gatunków zróżnicowanych filogenetycznie, ekologicznie i metabolicznie, z których 11 jest ważnych opublikowanych w taksonomicznej bazie danych Lista nazw prokariotycznych ze stałą nomenklaturą (LPSN).

W obrębie rodzaju Parabacteroides gatunki P. distasonis i P. goldsteinii są kojarzone z korzystnym wpływem na zdrowie człowieka, związanym z ich integralną rolą w mikroflorze jelit wzdłuż przewodu pokarmowego.

Taksonomia

Numer identyfikacyjny taksonu użyty dla prokariotycznego rodzaju Parabacteroides to 516255. Takson macierzysty pochodzi z rodziny bakteryjnej Tannerellaceae , zidentyfikowanej numerem 29533 w internetowej bazie danych LPSN .

Genomika

Genomy Parabacteroides są bardzo zmienne, zarówno między gatunkami, jak iw obrębie jednego szczepu. Na przykład genomy wyizolowane ze szczepu typu P. distasonis mają wielkość od około 4,5 do 5,2 Mb ( megazasad ) i kodują ponad 2000 białek funkcjonalnych , co oznacza znaczną zmienność w obrębie gatunku.

Gatunek

Rodzaj Parabacteroides obejmuje następujące gatunki, z których 11 jest ważnie opublikowanych na Liście nazw prokariotycznych w nomenklaturze (LPSN):

Prawidłowo nazwany przez LPSN

Nieprawidłowo nazwany przez LPSN

P. acidifaciens Wang i in. 2019 P. chartae Tan i in. 2012 P. chinchillae Kitahara i in. 2013 P.chongii Kim i in. 2019 P. distasonis (Eggerth i Gagnon 1933) Sakamoto i Benno 2006 P. faecis Sakamoto i in. 2015 P. goldsteinii (Song i in. 2006) Sakamoto i Benno 2006 P. gordonii Sakamoto i in. 2009 P. hominis Liu i in. 2022 P. johnsonii Sakamoto i in. 2007 P. merdae (Johnson i wsp. 1986) Sakamoto i Benno 2006

P. bouchesdurhonensis Dione i in. 2018 P. faecavium Gilroy et. w 2021 r P. intestinavium Gilroy et al. 2021 P. intestinigallinarum Gilroy et al. 2021 P. intestinipullorum Gilroy et al. 2021 P. massiliensis Bellali i in. 2019 P. pacaensis Benabdelkader i in. 2020 P. pekinense Li i in. 2022 P.provencensis Benabdelkader et al. 2020 P. timonensis Bilen i in. 2019

Rola w mikrośrodowisku jelit człowieka

Część rzędu bakterii Bacteroidales obecnych w jelitach człowieka , Parabacteroides są powszechnie spotykane w mikrośrodowisku jelitowym. Gatunki Parabacteroides stanowią istotny składnik mikroflory wzdłuż przewodu pokarmowego , korzystając z komensalnego związku z organizmem człowieka. Mikroflora jelitowa jest również korzystna dla ludzkiego gospodarza , modulując podstawowe procesy związane z metabolizmem w mikrośrodowisku jelitowym.

W szczególności P. distasonis i P. goldsteinii tworzą biofilmy w mikroflorze jelitowej , umożliwiając tym gatunkom przetrwanie w trudnych warunkach i utrzymanie dużych populacji w środowiskach o ekstremalnym pH. Ostatnie badania wyjaśniają nowe zastosowania Parabacteroides jako probiotyków , wspierających zrównoważony skład mikroflory jako korzyści dla zdrowia układu pokarmowego człowieka. Zarówno P. distasonis, jak i P. goldsteinii wykazują działanie przeciw otyłości poprzez produkcję wtórnych kwasów żółciowych i bursztynian w mikrośrodowisku jelitowym. Badania nad gatunkiem Parabacteroides P. distasonis ujawniają korzyści metaboliczne tego mechanizmu, w tym kontrolę przyrostu masy ciała, zmniejszenie hiperglikemii oraz poprawę stłuszczenia wątroby i innych chorób metabolicznych.

Dalsza lektura

•    Krogh, Thøger Jensen; Agergaard, Charlotte Nielsen; Møller-Jensen, Jakob; Justesen, Ulrik Stenz (20 sierpnia 2015). „Szkic sekwencji genomu Parabacteroides goldsteinii z domniemanymi nowymi metalo-β-laktamazami wyizolowanymi z hodowli krwi pacjenta będącego człowiekiem” . Ogłoszenia dotyczące genomu . 3 (4): e00937-15. doi : 10.1128/genomeA.00937-15 . PMC 4543511 . PMID 26294633 .
•   Sakamoto, M.; Benno, Y (lipiec 2006). „Przeklasyfikowanie Bacteroides distasonis, Bacteroides goldsteinii i Bacteroides merdae na Parabacteroides distasonis gen. nov., grzebień nov., Parabacteroides goldsteinii grzebień. nov. i Parabacteroides merdae grzebień. nov” . International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 56 (część 7): 1599–605. doi : 10.1099/ijs.0.64192-0 . PMID 16825636 .
• Bilen, Melhem; Cadoret, Fryderyk; Daud, Ziad; Fournier, Pierre-Edouard; Raoult, Didier (grudzień 2016). „Parabacteroides timonensis sp. nov., zidentyfikowane w ludzkim kale” . Dziennik mikrobiomu ludzkiego . 2 : 1–2. doi : 10.1016/j.humic.2016.10.002 .
•   Versalovic, James (2011). Podręcznik mikrobiologii klinicznej (wyd. 10). Waszyngton, DC: ASM Press. ISBN 978-1-555-81463-2 .
•   Gofna, Uri (2013). Boczny transfer genów w ewolucji . Nowy Jork, NY: Springer. ISBN 978-1-461-47780-8 .