Proteomika oparta na aktywności

Sonda oparta na aktywności fluorofosfonaterodaminy (FP - rodamina) do profilowania nadrodziny hydrolaz serynowych . W tej sondzie fluorofosfonian jest grupą reaktywną (RG), ponieważ wiąże się nieodwracalnie z aktywnym nukleofilem serynowym hydrolaz serynowych , a znacznikiem jest rodamina , fluorofor do wizualizacji w żelu .

Proteomika oparta na aktywności lub profilowanie białek oparte na aktywności ( ABPP ) to funkcjonalna technologia proteomiczna , która wykorzystuje sondy chemiczne reagujące z mechanistycznie powiązanymi klasami enzymów.

Opis

Podstawową jednostką ABPP jest sonda, która zazwyczaj składa się z dwóch elementów: grupy reaktywnej (RG, czasami nazywanej „głowicą”) oraz znacznika. Dodatkowo niektóre sondy mogą zawierać grupę wiążącą, która zwiększa selektywność. Grupa reaktywna zwykle zawiera specjalnie zaprojektowany elektrofil , który zostaje kowalencyjnie połączony z resztą nukleofilową w miejscu aktywnym aktywnego enzymu . Enzym, który jest hamowany lub zmodyfikowany posttranslacyjnie, nie będzie reagował z sondą opartą na aktywności. Znacznik może być albo reporterem, takim jak fluorofor , albo znacznikiem powinowactwa, takim jak biotyna , alkin lub azydek do stosowania z 1,3-dipolarną cykloaddycją Huisgena (znaną również jako chemia kliknięć ).

Zalety

Główną zaletą ABPP jest możliwość bezpośredniego monitorowania dostępności miejsca aktywnego enzymu, zamiast ograniczania się do obfitości białka lub mRNA. Dzięki klasom enzymów, takim jak hydrolazy serynowe i metaloproteazy , które często wchodzą w interakcje z endogennymi inhibitorami lub istnieją jako nieaktywne zymogeny , technika ta oferuje cenną przewagę nad tradycyjnymi technikami, które opierają się raczej na obfitości niż na aktywności.

Technologia wielowymiarowej identyfikacji białek

In- gel ABPP przy użyciu sond z różnymi fluoroforami na tej samej ścieżce, aby jednocześnie profilować różnice w aktywnościach enzymów

W ostatnich latach ABPP połączono z tandemową spektrometrią mas , umożliwiając identyfikację setek aktywnych enzymów z jednej próbki. Ta technika, znana jako ABPP-MudPIT (technologia wielowymiarowej identyfikacji białek), jest szczególnie przydatna do profilowania selektywności inhibitora, ponieważ siłę działania inhibitora można testować na setkach celów jednocześnie.

ABPP zostały po raz pierwszy opisane w latach 90. XX wieku w badaniu proteaz.

Zobacz też

Pobrano z „ https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Activity-based_proteomics&oldid=1078910242 ”