RNA MicA
| SraD RNA | |
|---|---|
 Przewidywana struktura drugorzędowa i konserwacja sekwencji SraD
| |
| identyfikatorów | |
| Symbol | SraD |
| Alt. Symbolika | SRAD |
| Rfam | RF00078 |
| Inne dane | |
| typ RNA | gen ; sRNA |
| Domeny | Bakteria |
| WIĘC | SO: 0000655 |
| Struktury PDB | PDBe |
MicA RNA (znany również jako SraD ) to mały niekodujący RNA , który został odkryty w E. coli podczas badań przesiewowych na dużą skalę. Ekspresja SraD jest bardzo obfita w fazie stacjonarnej , ale niskie poziomy można również wykryć w wykładniczo rosnących komórkach.
Funkcjonować
Ten RNA wiąże białko Hfq i reguluje poziomy ekspresji genów za pomocą mechanizmu antysensownego . Wiadomo, że celuje w gen OmpA w E. coli i zatyka miejsce wiązania rybosomu. W warunkach stresu otoczki indukowana jest transkrypcja micA. MicA, RybB RNA i MicL RNA jest kontrolowana przez sigma factor sigma (E). W E.coli SraD oddziałuje również w cis i trans z gatunkami mRNA, luxS , ompA i phoP . Ta obserwacja opisuje MicA jako pierwszy znany sRNA, który przeprowadza regulację antysensowną w obu konfiguracjach strukturalnych. Wiadomo, że MicA oddziałuje z mRNA kodującym homolog syntazy wykrywającej kworum, LuxS w E. coli, a oba RNA są przetwarzane przez dwuniciową endonukleazę RNA, RNazę III. Opierając się na jego zachowaniu, przypuszczalnie ma to miejsce w przypadku bliskich krewnych i może służyć jako długie, nieuchwytne połączenie między stresem obwiedniowym a wykrywaniem kworum.
Dwuskładnikowy system PhoPQ jest tłumiony przez MicA. RNA przypuszczalnie łączy się w pary z rybosomalnym miejscem wiązania mRNA phoP, hamując w ten sposób translację. To łączy micA z procesami komórkowymi, takimi jak transport Mg(2+) , wirulencja , modyfikacje LPS i oporność na peptydy przeciwdrobnoustrojowe.
U S. typhimurium wykazano, że MicA bierze udział w tworzeniu biofilmu . Zaobserwowano, że luxS jest zależny od MicA w przypadkach, gdy region kodujący genu jest usunięty, jednak nadal nie wiadomo, w jakim stopniu MicA jest zaangażowany w ten mechanizm.
Mutageneza ukierunkowana na miejsce została wykorzystana do skonstruowania zmutowanych form form MicA w celu zbadania determinantów RNA ważnych dla jego stabilności i funkcji. Każda badana „domena” (domena liniowa 5′, region strukturalny z dwiema pętlami macierzystymi, sekwencja bogata w A / U i ogon poli(U) 3′) została zmieniona bez wpływu na ogólną strukturę drugorzędową MicA, jednak każda Stwierdzono, że „domena” ma inny wpływ na stabilność i zdolność MicA do regulowania wielu celów.
Dalsza lektura
- Karavolos MH, Bulmer DM, Spencer H, Rampioni G, Schmalen I, Baker S i in. (marzec 2011). „Salmonella Typhi wyczuwa hormony stresu neuroendokrynnego gospodarza i uwalnia toksynę, hemolizynę E” . Raporty EMBO . 12 (3): 252–8. doi : 10.1038/embor.2011.4 . PMC 3059909 . PMID 21331094 .
- Moores A, Chipper-Keating S, Sun L, McVicker G, Wales L, Gashi K, Blomfield IC (styczeń 2014). „RfaH hamuje małe hamowanie MicA RNA ekspresji fimB w Escherichia coli K-12” . Journal of Bacteriology . 196 (1): 148–56. doi : 10.1128/JB.00912-13 . PMC 3911127 . PMID 24163336 .