Rodzina RNA PrrB/RsmZ
| Rodzina RNA PrrB/RsmZ | |
|---|---|
 Przewidywana struktura drugorzędowa i konserwacja sekwencji PrrB_RsmZ
| |
| identyfikatorów | |
| Symbol | PrrrB_RsmZ |
| Rfam | RF00166 |
| Inne dane | |
| typ RNA | gen ; sRNA |
| Domeny | Bakteria |
| IŚĆ | GO:0006401 GO:0006109 |
| WIĘC | SO: 0000655 |
| Struktury PDB | PDBe |
Rodzina RNA PrrB/RsmZ to grupa pokrewnych niekodujących cząsteczek RNA występujących w bakteriach. RNA PrrB jest w stanie fenotypowo uzupełniać mutanty gacS i gacA i sam jest regulowany przez dwuskładnikowy system transdukcji sygnału GacS-GacA. Inaktywacja genu prrB w Pseudomonas fluorescens F113 spowodowała znaczną redukcję 2,4-diacetylofloroglucynolu (Phl) i cyjanowodoru (HCN), podczas gdy obserwowano zwiększoną produkcję metabolitów, gdy prrB był nadeksprymowany. Sekwencja genu prrB zawiera szereg niedoskonałych powtórzeń sekwencji konsensusowej 5′-AGGA-3′, a analiza sekwencji przewidywała złożoną strukturę drugorzędową zawierającą wiele domniemanych pętli macierzystych z sekwencjami konsensusowymi umiejscowionymi głównie w regionach jednoniciowych w końce pętelek. Ta struktura jest podobna do regulatorowych RNA CsrB i RsmB ( rodzina CsrB/RsmB RNA ), co sugeruje, że ten RNA oddziałuje również z białkiem podobnym do CsrA.
Badania nad Legionella pneumophila wykazały, że ncRNA RsmY i RsmZ wraz z białkami LetA i CsrA biorą udział w kaskadzie regulacyjnej. Wydaje się również, że te ncRNA są regulowane przez sigma-factor RpoS .
Zobacz też
Dalsza lektura
- Duss, O; Michel, E; Diarra dit Konté, N; Schubert, M.; Allain, FH (kwiecień 2014). „Molekularne podstawy szerokiego zakresu powinowactwa występującego w rozpoznawaniu białka Csr / Rsm-RNA” . Badania kwasów nukleinowych . 42 (8): 5332–5346. doi : 10.1093/nar/gku141 . PMC 4005645 . PMID 24561806 .