Rybonukleaza III
| Domena rybonukleazy III | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Struktura rybonukleazy III oddziałująca z dwuniciowym RNA.
| |||||||||||
| Identyfikatory | |||||||||||
| Symbol | RNaza_III | ||||||||||
| Pfam | PF00636 | ||||||||||
| InterPro | IPR000999 | ||||||||||
| PROZYT | PDOC00448 | ||||||||||
| SCOP2 | 1jfz / ZAKRES / SUPFAM | ||||||||||
| |||||||||||
Rybonukleaza III (RNaza III lub RNaza C) (BRENDA 3.1.26.3 ) to rodzaj rybonukleazy , która rozpoznaje dsRNA i rozszczepia je w określonych docelowych miejscach, aby przekształcić je w dojrzałe RNA. Enzymy te stanowią grupę endorybonukleaz , które charakteryzują się domeną rybonukleazy, która jest oznaczona domeną RNazy III. Są to związki wszechobecne w komórce i odgrywają główną rolę w takich szlakach, jak synteza prekursorów RNA , wyciszanie RNA i mechanizm autoregulacji pnp .
Rodzaje RNazy III
Nadrodzina RNaz III jest podzielona na cztery znane klasy: 1, 2, 3 i 4. Każda klasa jest zdefiniowana przez strukturę domeny.
RNaza klasy 1 III
- Enzymy RNazy III klasy 1 mają strukturę homodimeryczną , której funkcją jest rozszczepianie dsRNA na wiele podjednostek. Jest endonukleazą zależną od Mg2 + i występuje głównie w bakteriach i bakteriofagach . W grzybach Glomeromycotan wykryto RNazę III klasy 1 , co przypuszczano, że jest wynikiem poziomego transferu genów z cyjanobakterii . Wśród RNaz III w tej klasie znajdują się rnc z E. coli . Zazwyczaj enzymy klasy I posiadają pojedynczą domenę RNazy III (RIIID), po której następuje domena wiążąca dsRNA (dsRBD). Przetwarzają prekursory rybosomalnego RNA (rRNA), małego jądrowego RNA (snRNA) i małego jąderkowego RNA (snoRNA). Podstawowa funkcja cięcia dsRNA RNazy III klasy 1 jest zachowana w większości organizmów, w których jest ona obecna. Jednakże u wielu gatunków funkcja ta uległa zmianie i przyjęła inną lub dodatkową rolę biologiczną.
- Rnc (UniProtKB P0A7Y0 ) – E.Coli - ta RNaza III bierze udział w przetwarzaniu transkryptów wirusowych i niektórych mRNA poprzez cięcie wielu obszarów dsRNA. Na to rozszczepienie może wpływać białka rybosomalnego .
- Wariancje RNazy III klasy 1, zwanej Mini-III , są enzymami homodimerycznymi i składają się wyłącznie z domen RNazy III.
RNaza klasy 2 III
- Klasę II definiuje się przez obecność domeny N-końcowej (NTD), RIIID i dsRBD. Klasa II występuje u niektórych gatunków grzybów. Przetwarzają prekursory rRNA, snRNA i snoRNA.
- Nukleazy drożdżowe z domeną RNazy III klasy 2 :
- RNT1 (UniProtKB Q02555 ) - S. cerevisiae - ta RNaza III bierze udział w transkrypcji i przetwarzaniu rDNA, tworzeniu końca 3' snRNA U2 poprzez rozszczepienie pętli końcowej, ściany komórkowej reakcja na stres i degradacja oraz regulacja genów punktów kontrolnych morfogenezy.
RNaza klasy 3 III
- RNazy III klasy 3 obejmują rodzinę enzymów Drosha , o których wiadomo, że biorą udział w dojrzewaniu prekursorów mikroRNA (miRNA) .
RNaza klasy 4 III
- RNazy III klasy 4 obejmują rodzinę enzymów Dicer , o których wiadomo, że działają w interferencji RNA (RNAi). RNazy klasy 4 III są składnikami S-RNazy. Jest składnikiem systemu samozgodności u Rosaceae, Solanaceae i Plantaginaceae. Są rekrutowani, aby radzić sobie z różnymi scenariuszami stresu środowiskowego.
- Enzymy Dicer przetwarzają substraty dsRNA na małe fragmenty RNA o indywidualnej wielkości w zakresie 21-27 nukleotydów. Dicer ma N-końcową domenę helikazy/ATPazy, po której następuje inna domena o nieznanej funkcji. Zawiera także centralnie położoną domenę PAZ i konfigurację C-końcową, która obejmuje jedną domenę katalityczną dsRBD i dwie domeny katalityczne RNazy III. Interakcje Dicer zachodzą z innymi białkami, w tym TRBP, PACT i Ago2. RNA wytwarzane przez Dicer działają jako wskazówki dla sekwencji określonego wyciszania pokrewnych genów poprzez RNAi i powiązane szlaki.
Białka ludzkie zawierające domenę RNazy III
Zobacz też
Linki zewnętrzne
- RNaza+III w Narodowej Bibliotece Medycyny Stanów Zjednoczonych Nagłówki tematów medycznych (MeSH)
- WE 3.1.26.3
Kategorie: