Skyline (oprogramowanie)

Sylwetka na tle nieba
Deweloperzy	Brendan X. MacLean i in.
Pierwsze wydanie	17 lutego 2009 ; 14 lat temu
Wersja stabilna	21.2
Napisane w	C#
System operacyjny	Okna
Typ	bioinformatyki / spektrometrii mas
Licencja	Licencja Apache 2.0
Strona internetowa	Strona główna Skyline

Skyline to oprogramowanie typu open source do ukierunkowanej analizy danych proteomicznych i metabolomicznych . Działa w systemie Microsoft Windows i obsługuje formaty surowych danych od wielu dostawców spektrometrii mas. Zawiera graficzny interfejs użytkownika do wyświetlania danych chromatograficznych dla poszczególnych analitów peptydowych lub małocząsteczkowych.

Skyline obsługuje wiele przepływów pracy, w tym monitorowanie wybranych reakcji (SRM) / monitorowanie wielu reakcji (MRM), monitorowanie reakcji równoległych (PRM), akwizycję niezależną od danych (DIA/SWATH) i akwizycję zależną od danych docelowych .

Zobacz też

^ MacLean B, Tomazela DM i in. (2010). „Skyline: edytor dokumentów typu open source do tworzenia i analizowania ukierunkowanych eksperymentów proteomicznych” . Bioinformatyka . 26 (7): 966-8. doi : 10.1093/bioinformatyka/btq054 . PMC 2844992 . PMID 20147306 .
Bibliografia _ (2017). „Ekosystem Skyline: informatyka dla ilościowej proteomiki spektrometrii mas” . Recenzje spektrometrii mas . 39 (3): 229–244. doi : 10.1002/mas.21540 . PMC 5799042 . PMID 28691345 .
Bibliografia _ (2020). „Skyline for Small Molecules: Unifying Software Package for Quantitative Metabolomics” . Dziennik badań proteomu . 19 (4): 1447–1458. doi : 10.1021/acs.jproteome.9b00640 . PMC 7127945 . PMID 31984744 .
Bibliografia _ (2015). „Międzylaboratoryjne badanie na dużą skalę w celu opracowania, analitycznej walidacji i zastosowania wysoce multipleksowanych, ilościowych testów peptydowych do pomiaru białek istotnych dla raka w osoczu” . Mol Cell Proteomics . 14 (9): 2357–74. doi : 10.1074/mcp.M114.047050 . PMC 4563721 . PMID 25693799 .
Bibliografia _ (2012). „Ilościowe oznaczenie modyfikacji białek bez znaczników za pomocą pseudowyselekcjonowanego monitorowania reakcji za pomocą wewnętrznych peptydów odniesienia” . Dziennik badań proteomu . 11 (6): 3467–79. doi : 10.1021/pr201240a . PMC 3368409 . PMID 22559222 .
Bibliografia _ (2015). „Multipleksowane, zaplanowane, równoległe monitorowanie reakcji o wysokiej rozdzielczości na instrumencie QqTOF z pełnym skanowaniem ze zintegrowanymi przepływami pracy spektrometrii mas zależnej od danych i ukierunkowanej” . Chemia analityczna . 87 (20): 10222–9. doi : 10.1021/acs.analchem.5b02983 . PMC 5677521 . PMID 26398777 .
Bibliografia _ (2016). „Wieloośrodkowe badanie porównuje narzędzia programowe do oznaczania ilościowego proteomu bez etykiet” . Biotechnologia przyrody . 34 (11): 1130–1136. doi : 10.1038/nbt.3685 . PMC 5120688 . PMID 27701404 .
Bibliografia _ (2012). „Niezależne od platformy i wolne od znaczników oznaczanie ilościowe danych proteomicznych przy użyciu chromatogramów jonowych z ekstrakcją MS1 w panoramie: zastosowanie do acetylacji i fosforylacji białek” . Mol Cell Proteomics . 11 (5): 202–214. doi : 10.1074/mcp.M112.017707 . PMC 3418851 . PMID 22454539 .

Linki zewnętrzne

Strona główna Skyline

[pmid20147306-1] MacLean B, Tomazela DM i in. (2010). „Skyline: edytor dokumentów typu open source do tworzenia i analizowania ukierunkowanych eksperymentów proteomicznych” . Bioinformatyka . 26 (7): 966-8. doi : 10.1093/bioinformatyka/btq054 . PMC 2844992 . PMID 20147306 .

[pmid28691345-2] Bibliografia _ (2017). „Ekosystem Skyline: informatyka dla ilościowej proteomiki spektrometrii mas” . Recenzje spektrometrii mas . 39 (3): 229–244. doi : 10.1002/mas.21540 . PMC 5799042 . PMID 28691345 .

[pmid31984744-3] Bibliografia _ (2020). „Skyline for Small Molecules: Unifying Software Package for Quantitative Metabolomics” . Dziennik badań proteomu . 19 (4): 1447–1458. doi : 10.1021/acs.jproteome.9b00640 . PMC 7127945 . PMID 31984744 .

[pmid25693799-4] Bibliografia _ (2015). „Międzylaboratoryjne badanie na dużą skalę w celu opracowania, analitycznej walidacji i zastosowania wysoce multipleksowanych, ilościowych testów peptydowych do pomiaru białek istotnych dla raka w osoczu” . Mol Cell Proteomics . 14 (9): 2357–74. doi : 10.1074/mcp.M114.047050 . PMC 4563721 . PMID 25693799 .

[pmid22559222-5] Bibliografia _ (2012). „Ilościowe oznaczenie modyfikacji białek bez znaczników za pomocą pseudowyselekcjonowanego monitorowania reakcji za pomocą wewnętrznych peptydów odniesienia” . Dziennik badań proteomu . 11 (6): 3467–79. doi : 10.1021/pr201240a . PMC 3368409 . PMID 22559222 .

[pmid26398777-6] Bibliografia _ (2015). „Multipleksowane, zaplanowane, równoległe monitorowanie reakcji o wysokiej rozdzielczości na instrumencie QqTOF z pełnym skanowaniem ze zintegrowanymi przepływami pracy spektrometrii mas zależnej od danych i ukierunkowanej” . Chemia analityczna . 87 (20): 10222–9. doi : 10.1021/acs.analchem.5b02983 . PMC 5677521 . PMID 26398777 .

[pmid27701404-7] Bibliografia _ (2016). „Wieloośrodkowe badanie porównuje narzędzia programowe do oznaczania ilościowego proteomu bez etykiet” . Biotechnologia przyrody . 34 (11): 1130–1136. doi : 10.1038/nbt.3685 . PMC 5120688 . PMID 27701404 .

[pmid22454539-8] Bibliografia _ (2012). „Niezależne od platformy i wolne od znaczników oznaczanie ilościowe danych proteomicznych przy użyciu chromatogramów jonowych z ekstrakcją MS1 w panoramie: zastosowanie do acetylacji i fosforylacji białek” . Mol Cell Proteomics . 11 (5): 202–214. doi : 10.1074/mcp.M112.017707 . PMC 3418851 . PMID 22454539 .