Akwizycja niezależna od danych

W spektrometrii mas akwizycja niezależna od danych ( DIA ) jest metodą określania struktury molekularnej, w której wszystkie jony w wybranym zakresie m/z są fragmentowane i analizowane w drugim etapie tandemowej spektrometrii mas . Tandemowe widma masowe są uzyskiwane albo przez fragmentację wszystkich jonów, które wchodzą do spektrometru mas w danym czasie (tzw. szerokopasmowa DIA), albo przez sekwencyjne izolowanie i fragmentację zakresów m/z . DIA jest alternatywą dla akwizycji zależnej od danych (DDA), w której wybiera się i analizuje ustaloną liczbę jonów prekursorowych za pomocą tandemowej spektrometrii mas .

Szerokopasmowy

Jednym z pierwszych podejść DIA była metoda dysocjacji dyszy-skimmera, zwana dysocjacją wywołaną kolizją strzelby (CID). Fragmentacja może zachodzić w źródle jonów spektrometru mas poprzez zwiększenie napięcia dyszy-skimmera w jonizacji przez elektrorozpylanie .

MS E to szerokopasmowa technika DIA, która wykorzystuje naprzemienne niskoenergetyczne CID i wysokoenergetyczne CID. Niskoenergetyczny CID służy do pozyskiwania widm masowych jonów prekursorowych , podczas gdy wysokoenergetyczny CID służy do uzyskiwania informacji o jonach produkcyjnych za pomocą tandemowej spektrometrii mas.

Analiza danych

Analiza danych jest generalnie wyzwaniem dla metod DIA, ponieważ otrzymane widma jonów fragmentacyjnych są silnie zmultipleksowane. Dlatego w widmach DIA bezpośredni związek między jonem prekursorowym a jego jonami fragmentacyjnymi jest utracony, ponieważ jony fragmentacyjne w widmach DIA mogą potencjalnie pochodzić z wielu jonów prekursorowych (dowolny jon prekursorowy obecny w zakresie m/z, z którego pochodzi widmo DIA) .

Jedno podejście do analizy danych DIA polega na wykorzystaniu wyszukiwarek opartych na bazie danych, używanych w pozyskiwaniu zależnym od danych, do wyszukiwania wytworzonych zmultipleksowanych widm. Podejście to można ulepszyć, przypisując poszczególne jony fragmentacyjne do jonów prekursorowych obserwowanych w skanach jonów prekursorowych, wykorzystując profil elucji jonów fragmentacyjnych i jonów prekursorowych, a następnie przeszukując otrzymane „pseudo-spektra”.

Drugie podejście do analizy danych DIA opiera się na analizie ukierunkowanej, znanej również jako SWATH-MS (Sequential Windowed Acquisition of All Theoretical Fragment Ion Mass Spectra). Podejście to wykorzystuje ukierunkowaną ekstrakcję śladów jonów fragmentacyjnych bezpośrednio do identyfikacji i oceny ilościowej bez wyraźnej próby demultipleksowania widm jonów fragmentacyjnych DIA.

Zobacz też

Dalsza lektura

  •   Bilbao, Aivett; Varesio, Emmanuel; Lubań, Jeremy; Strambio-De-Castillia, Caterina; Hopfgartner, Gerard; Müller, Markus; Lisacek, Frédérique (2015). „Strategie przetwarzania i rozwiązania programowe do niezależnej od danych akwizycji w spektrometrii mas”. Proteomika . 15 (5–6): 964–980. doi : 10.1002/pmic.201400323 . ISSN 1615-9853 .


Pobrano z „ https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Data-independent_acquisition&oldid=993870129 ”