Spliceosomalny RNA U6
| Spliceosomalny RNA U6 | |
|---|---|
 Przewidywana struktura drugorzędowa i konserwacja sekwencji U6
| |
| identyfikatorów | |
| Symbol | U6 |
| Rfam | RF00026 |
| Inne dane | |
| typ RNA | gen ; snRNA ; splatanie |
| Domeny | Eukariota |
| IŚĆ | GO:0000351 GO:0000353 GO:0030621 GO:0005688 GO:0046540 |
| WIĘC | SO: 0000396 |
| Struktury PDB | PDBe |
U6 snRNA jest niekodującym małym jądrowym RNA (snRNA) składnikiem U6 snRNP ( mała jądrowa rybonukleoproteina ), kompleksu RNA-białko, który łączy się z innymi snRNP, niezmodyfikowanym pre-mRNA i różnymi innymi białkami, tworząc spliceosom , duży Kompleks molekularny RNA-białko, który katalizuje wycinanie intronów z pre-mRNA . Splicing, czyli usuwanie intronów , jest głównym aspektem modyfikacji potranskrypcyjnej i zachodzi tylko w jądrze eukariontów . _
Sekwencja RNA U6 jest najbardziej konserwatywna u wszystkich gatunków ze wszystkich pięciu snRNA zaangażowanych w spliceosom, co sugeruje, że funkcja snRNA U6 pozostała zarówno kluczowa, jak i niezmieniona w trakcie ewolucji.
W genomach kręgowców często znajduje się wiele kopii genu U6 snRNA lub pseudogenów pochodzących z U6 . To rozpowszechnienie „zapasów” genu U6 snRNA u kręgowców dodatkowo implikuje jego ewolucyjne znaczenie dla żywotności organizmu.
Gen U6 snRNA został wyizolowany z wielu organizmów, w tym z C. elegans . Wśród nich drożdże piekarnicze ( Saccharomyces cerevisiae ) są powszechnie stosowanym organizmem modelowym w badaniu snRNA.
Struktura i mechanizm katalityczny U6 snRNA przypomina domenę V intronów grupy II. Uważa się, że tworzenie potrójnej helisy w U6 snRNA jest ważne w aktywności splicingu, gdzie jej rolą jest doprowadzenie miejsca katalitycznego do miejsca splicingu.
Rola
Specyficzność par zasad U6 snRNA pozwala U6 snRNP ściśle wiązać się z U4 snRNA i luźno z U5 snRNA potrójnego snRNA w początkowej fazie reakcji splicingu. W miarę postępu reakcji snRNA U6 jest rozpakowywane z U4 i wiąże się z snRNA U2. Na każdym etapie tej reakcji drugorzędowa struktura U6 snRNA ulega rozległym zmianom konformacyjnym.
Asocjacja U6 snRNA z końcem 5' intronu poprzez parowanie zasad podczas reakcji splicingu zachodzi przed utworzeniem pośredniego lasso (lub lasso ) i jest wymagana do przebiegu procesu splicingu. Połączenie U6 snRNP z U2 snRNP poprzez parowanie zasad tworzy kompleks U6-U2, strukturę zawierającą miejsce aktywne spliceosomu .
Struktura drugorzędowa
Podczas gdy domniemane konsensusowe parowanie zasad struktury drugorzędowej jest ograniczone do krótkiej pętli 5' łodygi , zaproponowano znacznie bardziej rozbudowane struktury dla określonych organizmów, takich jak drożdże. Oprócz pętli łodygi 5 'wszystkie potwierdzone snRNA U6 mogą tworzyć proponowaną wewnątrzcząsteczkową pętlę łodygi 3'.
Wiadomo, że U6 snRNA tworzy rozległe interakcje par zasad z U4 snRNA . Wykazano, że ta interakcja wyklucza się wzajemnie z interakcją wewnątrzcząsteczkowej pętli macierzystej 3 '.
Powiązane białka
Stwierdzono, że wolny U6 snRNA jest związany z białkami Prp24 i LSms . Uważa się, że Prp24 tworzy pośredni kompleks z U6 snRNA, aby ułatwić rozległe parowanie zasad między snRNA U4 i U6, a Lsms może pomóc w wiązaniu Prp24. Określono przybliżoną lokalizację tych domen wiążących białka, a białka później zwizualizowano za pomocą mikroskopii elektronowej. Badanie to sugeruje, że w wolnej postaci U6, Prp24 wiąże się z telestemem, a bogaty w urydynę ogon 3' snRNA U6 jest przewleczony przez pierścień Lsms. Innym ważnym białkiem związanym z NTC związanym z U6 jest Cwc2, które poprzez interakcję z ważnymi katalitycznymi elementami RNA indukuje tworzenie funkcjonalnego rdzenia katalitycznego w spliceosomie. Cwc2 i U6 osiągają utworzenie tego kompleksu poprzez interakcję z ISL i regionami zlokalizowanymi w pobliżu miejsca splicingowego 5'.
Zobacz też
Dalsza lektura
- Zwieb C (styczeń 1997). „Baza danych uRNA” . Badania kwasów nukleinowych . 25 (1): 102–3. doi : 10.1093/nar/25.1.102 . PMC 146409 . PMID 9016512 .