StarBase (biologiczna baza danych)
 | |
| Treść | |
|---|---|
| Opis | microRNA - mapy interakcji mRNA z danych Argonaute CLIP-Seq i Degradome-Seq. |
| Kontakt | |
| Centrum Badań | Uniwersytet Sun Yat-sen |
| Laboratorium | Kluczowe Laboratorium Inżynierii Genowej Ministerstwa Edukacji Narodowej |
| Autorski | Jian-Hua Yang |
| Cytowanie podstawowe | Yang & al. (2011) |
| Data wydania | 2010 |
| Dostęp | |
| Strona internetowa | http://starbase.sysu.edu.cn/ |
StarBase to baza danych do dekodowania interakcji miRNA - mRNA , miRNA-lncRNA, miRNA -sncRNA, miRNA-circRNA, miRNA- pseudogen , protein-lncRNA, protein-ncRNA, interakcji protein-mRNA oraz sieci ceRNA z CLIP-Seq ( HITS-CLIP , PAR-CLIP , iCLIP , CLASH) i sekwencjonowanie degradomu dane. StarBase zapewnia narzędzia internetowe miRFunction i ceRNAFunction do przewidywania funkcji ncRNA (miRNA, lncRNA, pseudogenów) i genów kodujących białka z sieci regulacyjnych miRNA i ceRNA. StarBase opracowało również Pan-Cancer Analysis Platform do rozszyfrowania Pan-Cancer Analysis Networks lncRNA, miRNA, ceRNA i białek wiążących RNA (RBP) poprzez eksplorację profili klinicznych i ekspresyjnych 14 rodzajów raka (w tym ponad 6 tysięcy próbek) z The Portal danych atlasu genomu raka (TCGA).
Zobacz też
- ^ a b Yang, Jian-Hua; Li Jun-Hao; Shao Penga; Zhou Hui; Chen Yue-Qin; Qu Liang-Hu (styczeń 2011). „starBase: baza danych do eksploracji map interakcji mikroRNA-mRNA z danych Argonaute CLIP-Seq i Degradome-Seq” . Kwasy nukleinowe Res . Anglia. 39 (problem z bazą danych): D202-9. doi : 10.1093/nar/gkq1056 . PMC 3013664 . PMID 21037263 .
- Bibliografia _
- ^ a b „Interakcje miRNA-lncRNA LncRNABase: dekodowanie map interakcji miRNA-lncRNA” . starbase.sysu.edu.cn . Zarchiwizowane od oryginału w dniu 2013-09-22.
- ^ „Interakcje RBP-LncRNA, starBase: dekodowanie map interakcji RNA-LncRNA” . starbase.sysu.edu.cn . Zarchiwizowane od oryginału w dniu 2013-09-22.
- Bibliografia _ _ Zarchiwizowane od oryginału w dniu 2013-09-22 . Źródło 2013-12-08 .
- Bibliografia _ Liu, S; Zhou, H.; Ku, LR; Yang, JH (1 grudnia 2013). „starBase v2.0: dekodowanie sieci interakcji miRNA-ceRNA, miRNA-ncRNA i białko-RNA z wielkoskalowych danych CLIP-Seq” . Badania kwasów nukleinowych . 42 (1): D92-7. doi : 10.1093/nar/gkt1248 . PMC 3964941 . PMID 24297251 .
- Bibliografia _ _ starbase.sysu.edu.cn . Zarchiwizowane od oryginału w dniu 15 marca 2014 r . Źródło 13 stycznia 2022 r .
Linki zewnętrzne