Białko powtórzeń tetratricopeptydu 39B
| Identyfikatory | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| TTC39B | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| , C9orf52, domena powtórzeń tetratrikopeptydu 39B | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Identyfikatory zewnętrzne | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidane | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Białko powtórzeń tetratricopeptydu 39B jest białkiem , które u ludzi jest kodowane przez gen TTC39B . TTC39B jest również znany jako C9orf52 lub FLJ33868. Główną cechą powtórzenia tetratrikopeptydowego 39B jest domena o nieznanej funkcji 3808 (DUF3808), obejmująca większość białka.
Gen
Gen TTC39B znajduje się na krótkim ramieniu dziewiątego chromosomu w pozycji 9p22.3. Genomowy DNA ma długość 136 517 zasad, składa się z 39 intronów i 20 egzonów i znajduje się na nici minus. mRNA ma długość 3276 zasad. TTC39B jest otoczony przez LOC100419056, kanał chlorkowy, wrażliwy na napięcie 3 pseudogen .
Funkcjonować
Oczekuje się, że TTC39B będzie pełnić funkcję wiązania molekularnego, jak również odgrywać rolę w regulacji lipidów; fenotyp , jak również funkcja in vivo nie są znane.
Homologia i ewolucja
Paralogi
Istnieją dwa znane paralogi dla TTC39B: TTC39A i TTC39C. TTC39A ma dwie izoformy składania, a TTC39C ma trzy izoformy składania.
TTC39A badano pod kątem powiązania z chorobami takimi jak nowotwory piersi i oczekuje się, że będzie wiązać molekularnie i lokalizuje się w różnych przedziałach ( przestrzeń pozakomórkowa , błona , jądro ).
Oczekuje się, że TTC39C będzie lokalizował się w cytoplazmie . Nie odkryto żadnego fenotypu, a funkcja genu in vivo jest nieznana.
Ortologi
| Rodzaj i gatunek | Nazwa zwyczajowa | Procentowa tożsamość RNA | Rozbieżność |
|---|---|---|---|
| Pan paniskus | Bonobo | 99% | 6,3 MYA |
| Panowie troglodyci | Szympans | 99% | 6,3 MYA |
| Goryl goryl goryl | Goryl | 99% | 8,8 MYA |
| Nomascus leucogenys | Gibon | 98% | 20,4 MYA |
| papio anubis | Pawian | 97% | 29,0 MYA |
| Pongo pygmaeus | Orangutan | 97% | 15,7 mln lat temu |
| Callithrix jacchus | Pazurczatka | 96% | 42,6 MYA |
| Saimiri boliviensis boliviensis | Małpa wiewiórka | 94% | 42,6 MYA |
| Canis lupus familiaris | Pies | 91% | 94,2 mln lat temu |
| Otolemur garnettii | Bushbaby | 90% | 74,0 MYA |
| Felis catus | Kot | 89% | 94,2 mln lat temu |
| Bos byk | Krowa | 88% | 94,2 mln lat temu |
| Cricetulus griseus | Chomik | 87% | 92,3 MYA |
| Ovis Baran | Owce | 85% | 94,2 mln lat temu |
| Rattus norvegicus | Szczur | 85% | 92,3 MYA |
Odległe homologi
| Rodzaj i gatunek | Nazwa zwyczajowa | Procentowa tożsamość RNA | Rozbieżność |
|---|---|---|---|
| Sarcophilus harrisii | Diabeł tasmański | 78% | 162,6 MYA |
| Gallus gallus | Kurczak | 75% | 296,0 MYA |
| Taeniopygia guttata | Zięba zebry | 75% | 296,0 MYA |
| Anolis carolinensis | Jaszczurka | 75% | 296,0 MYA |
| Xenopus laevis | Żaba | 74% | 371,2 mln lat temu |
Filogeneza
TTC39B jest konserwowany w organizmach od człowieka do płazińców i nie jest konserwowany w drożdżach i grzybach.
Białko
Gen TTC39B ma pięć różnych wariantów transkryptu, z których każdy koduje inne białko. Ten artykuł skupia się na powtórzeniu tetratrikopeptydu, izoformie 1 białka 39B, najdłuższym ze wszystkich białek. Po translacji białko TTC39B składa się z 682 aminokwasów i ma masę cząsteczkową 76 955,64 kDa. Punkt izoelektryczny białka wynosi 7,16 pH.
Ochrona
Zamknij ortologi:
| Rodzaj i gatunek | Nazwa zwyczajowa | Tożsamość procentowa białka | Rozbieżność |
|---|---|---|---|
| Panowie troglodyci | Szympans | 99% | 6,3 MYA |
| Pan paniskus | Bonobo | 99% | 6,3 MYA |
| Nomascus leucogenys | Gibon | 98% | 20,4 MYA |
| papio anubis | Pawian | 98% | 29,0 MYA |
| Callithrix jacchus | Pazurczatka | 97% | 42,6 MYA |
| Saimiri boliviensis boliviensis | Małpa wiewiórka | 96% | 42,6 MYA |
| Heterocephalus glaber | Nagi kretoszczur | 92% | 92,3 MYA |
| Canis lupus familiaris | Pies | 91% | 94,2 mln lat temu |
| Cricetulus griseus | Chomik | 90% | 92,3 MYA |
| Ovis Baran | Owce | 89% | 94,2 mln lat temu |
| Cavia porcellus | świnka morska | 86% | 92,3 MYA |
Odległe ortologi:
| Rodzaj i gatunek | Nazwa zwyczajowa | Tożsamość procentowa białka | Rozbieżność |
|---|---|---|---|
| Sarcophilus harrisii | Diabeł tasmański | 73% | 162,6 MYA |
| Taeniopygia guttata | Zięba zebry | 72% | 296,0 MYA |
| Pteropus alecto | Nietoperz | 55% | 94,2 mln lat temu |
| Bos byk | Krowa | 54% | 94,2 mln lat temu |
| Rattus norvegicus | Szczur | 54% | 92,3 MYA |
| Gallus gallus | Kurczak | 54% | 296,0 MYA |
| Danio Rerio | Danio pręgowany | 54% | 400,1 MYA |
| Crassostrea gigas | Ostryga | 50% | 782,7 MYA |
| Camponotus floridanus | Mrówka | 43% | 782,7 MYA |
| Nasonia vitripennis | Osa | 42% | 782,7 MYA |
| Ciona jelitowa | Urochordata | 40% | 722,5 miliona dolarów |
| Clonorchis sinensis | Przywra wątrobowa | 35% | 792,4 MYA |
Domeny i motywy
Domena o nieznanej funkcji 3808 (DUF3808) jest konserwowana od grzybów do ludzi i obecnie ma nieznaną funkcję. Znajduje się od aminokwasu 142 do 568 (długość 427 aminokwasów). Białka z tej rodziny zawierają również domenę TPR_2 na swoim C-końcu , która również ma nieznaną funkcję.
Inną konserwatywną domeną w białku TTC39B jest powtórzenie tetratrikopeptydowe TPR_12. Znajduje się od aminokwasu 600 do 658 (długość 59 aminokwasów). Domeny TPR znajdują się w wielu białkach, które ułatwiają określone interakcje z białkiem partnerskim. Trójwymiarowe dane strukturalne wykazały, że region TPR tworzy dwie antyrównoległe helisy alfa . Ułożone jeden na drugim motywy TPR tworzą prawoskrętną strukturę helikalną z amfipatycznym kanał, który mógłby ewentualnie pomieścić komplementarny region docelowego białka. Większość białek zawierających TPR jest związanych z kompleksami wielobiałkowymi i istnieje wiele dowodów wskazujących, że motywy TPR są ważne dla funkcjonowania kompleksów opiekuńczych, cyklu komórkowego, transkrypcji i transportu białek. W białku TTC39B znajdują się jeszcze dwie domeny TPR: TPR1, która obejmuje aminokwasy od 393 do 426 (o długości 34 aminokwasów) i TPR2, która obejmuje aminokwasy od 626 do 659 (również o długości 34 aminokwasów).
TTC39B zawiera trzy regiony transbłonowe, wszystkie zlokalizowane w regionie DUF3808. Ponieważ istnieją trzy regiony transbłonowe, N-koniec i C-koniec białka będą znajdować się po przeciwnych stronach błony plazmatycznej.
Modyfikacje potranslacyjne
| Aminokwas | Pozycja |
|---|---|
| Seryna (S) | 28, 32, 42, 51, 61, 62, 72, 91, 93, 94, 96, 101, 102, 107, 120, 123, 124, 125, 126, 127, 134, 148, 165, 173, 194, 215,217,218,221,224,229,270,279,305,313,329,344,347,350,365,393,421,454,461,464,477,500,509,524,5 26, 548, 551, 557, 573, 578, 580, 614, 634, 638, 660, 663, 680, 681 |
| Treonina (T) | 89, 100, 110, 121, 128, 152, 174, 183, 202, 211, 250, 269, 356, 362, 370, 467, 487, 493, 512, 563, 628, 651 |
| Tyrozyna (Y) | 167, 172, 206, 210, 239, 271, 274, 295, 363, 398, 434, 451, 452, 453, 468, 523, 542, 608, 620, 623, 636, 656, 659 |
Prawdopodobieństwo miejsc sumoilacji (pogrubione):
| NIE. | Pozycja | Grupa | Wynik |
|---|---|---|---|
| 1 | 619 | ESEKL L K YD HYLVP | 0,91 |
| 2 | 262 | NMINF I K GG LKIRT | 0,77 |
| 3 | 302 | EFEGG V K LG SGAFN | 0,76 |
| 4 | 133 | STKVD L K SG LEECA | 0,73 |
Istnieje jedno możliwe miejsce N-glikozylacji w aminokwasie 391, jednak ponieważ białko TTC39B nie zawiera peptydu sygnałowego, jest mało prawdopodobne, aby taka glikozylacja rzeczywiście miała miejsce.
Struktura drugorzędowa
Według analizy drugorzędowej struktury białka, TTC39B najprawdopodobniej ulega ekspresji w retikulum endoplazmatycznym , mitochondriach i aparacie Golgiego .
Struktura trzeciorzędowa i czwartorzędowa
Białko TTC39B fałduje się w super helisę alfa-alfa. 40% jego struktury pasuje do d1w3ba, domeny superhelikalnej o-połączonej transferazy GlcNAc. O-GlcNAc łączy status metaboliczny z regulacją wielu różnych komórkowych szlaków sygnałowych, działając jako czujnik składników odżywczych.
Wyrażenie
Promotor i miejsce startu transkrypcji
Promotor dla TTC39B zaczyna się od pary zasad 15 307 109 i kończy na parze zasad 15 307 858 . Ma długość 750 par zasad. Miejsce startu transkrypcji dla izoformy 1 białka TTC39B znajduje się od par zasad 15 307 340 do 15 307 389 i ma długość 50 bp.
Profil ekspresji
TTC39B ulega dobrej ekspresji w mięśniach, narządach wewnętrznych, narządach wydzielniczych, narządach rozrodczych, układzie odpornościowym i układzie nerwowym. TTC39B ulega ekspresji w wielu tkankach: jądrach , płucach , wysepkach Langerhansa , trzustce , nerkach , połączonych guzach zarodkowych , raku piersi itp.
Warianty transkrypcji
Istnieje pięć różnych wariantów transkryptu genu TTC39B. Izoforma 1 jest najdłuższym transkryptem i koduje najdłuższą izoformę. Izoforma 2 wykorzystuje alternatywne miejsce składania w ramce w centralnym regionie kodującym w porównaniu z wariantem 1, co skutkuje krótszym białkiem. Izoforma 3 i 4 mają wiele różnic w centralnym regionie kodującym, ale zachowują ramkę odczytu w porównaniu z izoformą 1. Izoforma 5 różni się 5' UTR i ma wiele różnic w regionie kodującym w porównaniu z wariantem 1. Różnice te powodują inicjację translacji w -ramka w dół AUG i powoduje, że izoforma 5 ma krótszy N-koniec w porównaniu z izoformą 1.
Białka oddziałujące
Wiążące czynniki transkrypcyjne
Miejsca wiązania czynnika transkrypcyjnego:
| Rodzina Matrixa | Szczegółowe informacje o rodzinie | Z | Do | Pasmo | Podobieństwo | Sekwencja (wielkie litery: sekwencja podstawowa) |
|---|---|---|---|---|---|---|
| V$PLAG | Gen gruczolaka pleomorficznego | 51 | 73 | (+) | 1.000 | taGGGGgaagtaggaggagttcca |
| V $ TALE | homeodomain TALE rozpoznająca motywy TG | 157 | 173 | (+) | 1.000 | ggtggtgtGTCAgaggc |
| V$ZF02 | Czynniki transkrypcyjne palca cynkowego C2H2 2 | 294 | 316 | (-) | 1.000 | cagcgCCCCacctggggtccgtg |
| V$MIZ1 | Białko palca Zn oddziałujące z Myc 1 | 417 | 427 | (-) | 1.000 | cacgcCCTCtg |
| O$TF2B | II polimerazy RNA II B | 517 | 523 | (-) | 1.000 | ccgCGCC |
Białka komórkowe
TTC39B oddziałuje z ubikwityną C (UBC), prekursorem poliubikwityny. Koniugacja monomerów lub polimerów ubikwityny prowadzi do różnych efektów w komórce. Ubikwitynacja jest związana z degradacją białek , naprawą DNA , regulacją cyklu komórkowego , modyfikacją kinazy , endocytozą i regulacją innych szlaków sygnalizacji komórkowej.
Znaczenie kliniczne
Stowarzyszenie choroby
W locus na chromosomie 9p22, który okazał się być związany z lipoproteiną o dużej gęstości (HDL-C), TTC39B był jedynym z kilku genów w tym locus, który miał eQTL w wątrobie, z allelem związanym ze zmniejszoną ekspresją korelującą ze zwiększonym HDL -C. Powalenie mysiego ortologa TTC39B za pomocą wektora wirusowego (50% powalenie) skutkowało znacznie wyższymi poziomami HDL-C w osoczu po 4 i 7 dniach. Dane wskazują, że TTC39B jako geny przyczynowe do regulacji lipidów.