Wirus pałeczkowaty Sulfolobus islandicus 2
| Klasyfikacja wirusów | |
|---|---|
| Icerudivirus SIRV2 | |
| (nierankingowe): | Wirus |
| królestwo : | Adnaviria |
| Królestwo: | Zilligvirae |
| Gromada: | Taleaviricota |
| Klasa: | Tokiviricetes |
| Zamówienie: | więzadła wirusowe |
| Rodzina: | Rudiviridae |
| Rodzaj: | Icerudiwirus |
| Gatunek: |
Icerudiwirus SIRV2
|
| Synonimy | |
|
|
Sulfolobus islandicus pałeczkowaty wirus 2 , określany również jako SIRV2, jest wirusem archeonów , którego jedynym znanym żywicielem jest archeon Sulfolobus islandicus . Wirus ten należy do rodziny Rudiviridae . Podobnie jak inne wirusy z tej rodziny, jest powszechny w środowiskach geotermalnych.
Biologia i biochemia
SIRV2 ma liniowy dwuniciowy genom DNA. Wirusowe DNA jest replikowane przez 4 polimerazy DNA gospodarza : od Dpo1 do Dpo4.
Wirus ma morfologię w kształcie pręcika o szerokości 23 nanometrów (nm) i długości 900 nm. Na obu końcach wirusa zaobserwowano trzy włókna końcowe o długości 28 nm. Włókna końcowe pośredniczą w przyczepianiu wirusa do pilusów typu 4, obficie obecnych na powierzchni komórki gospodarza.
SIRV2 jest w stanie przetrwać dodatek 6 molowego (M) mocznika , absolutnego etanolu , oktanolu-2 i 0,1% Triton X-100 w obojętnym pH i temperaturze 25 stopni Celsjusza . Testy in vitro wykazały, że SIRV2 nadal może infekować w temperaturze 70-80 stopni Celsjusza iw roztworze o pH 3.
endonukleazą jednoniciowego DNA. Udowodniono to przez wywołanie mutacji w białku SIRVgp19 Motif II z aminokwasu asparaginianu na alaninę , co spowodowało utratę aktywności nukleazy . Białko to działa w zakresie pH 7-10. chlorek magnezu jest kofaktorem tego białka w 1971 r. Stężenia chlorku sodu powyżej 100 mM hamują SIRV2gp19.
Struktura
Trójwymiarową rekonstrukcję wirionu SIRV2 w rozdzielczości ~ 4 angstremów uzyskano za pomocą mikroskopii krioelektronowej. Struktura ujawniła wcześniej nieznaną formę organizacji wirionu, w której alfa-helikalne główne białko kapsydu SIRV2 owija się wokół DNA, czyniąc je niedostępnym dla rozpuszczalnika. Stwierdzono, że wirusowe DNA jest całkowicie w formie A, co sugeruje wspólny mechanizm ochrony DNA w najbardziej niesprzyjających środowiskach z przetrwalnikami bakteryjnymi. [ potrzebne źródło ]