YIF1A
| Identyfikatory | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| YIF1A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| , 54TM, FinGER7, YIF1, YIF1P, czynnik interakcji Yip1 homolog A, białko transportujące błonę | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Identyfikatory zewnętrzne | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidane | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Białko YIF1A to białka z rodziny domen Yip1 , które u ludzi są kodowane przez gen YIF1A .
Gen
YIF1A (homolog A czynnika interakcji Yip1) jest również znany jako YIF1, YIF1P, FinGER7 i 54TM. Ma 4591 par zasad z 8 eksonami i znajduje się na nici ujemnej chromosomu 11, w pozycji 11q13.2 u ludzi.
Promotorzy
Istnieją cztery przewidywane promotory YIIF1A. Przewidywany region promotora o najwyższym poziomie pewności to GXP_50494 i ma długość 1252 par zasad; rozciąga się poza pierwszy ekson YIF1A. Promotor ten znajduje się na nici ujemnej chromosomu 11.
Czynniki transkrypcyjne
Promotor wariantu transkryptu YIF1A 1 zawiera liczne miejsca wiązania czynników transkrypcyjnych. Przewiduje się, że czynniki transkrypcyjne wiążące się z regionem promotora obejmują następujące czynniki.
- Białko ostrej białaczki szpikowej 1, RUNX1 (czynnik transkrypcyjny 1 związany z runtem)
- Białko palca cynkowego 263, ZKSCAN12 (białko palca cynkowego z domenami KRAB i SCAN 12)
- czynnik transkrypcyjny E2F 1
- EGR1, wczesna reakcja wzrostu 1
- Czynnik wiążący GATA 1
- Czynnik transkrypcyjny podobny do CP2 1 (LBP-9)
- Białko wiążące X-box RFX1
- Elementy odpowiedzi na estrogeny (ER alfa), miejsca IR3
- Laktotransferyna i deltalaktoferyna, białko hamujące wzrost 12
- Białko odpowiedzi wczesnego wzrostu indukowane TGFB 1 (KLF10)
Wyrażenie
Ekspresja YIF1A jest najwyższa w dwunastnicy i wątrobie . Jest również wyrażany na umiarkowanych poziomach w tkankach, w tym okrężnicy, jajniku, trzustce, śledzionie i przełyku, oraz wyrażany na niższych poziomach w wielu innych tkankach. Dane NCBI GeoProfile dostarczają wykres ekspresji tkankowej dla YIF1A u ludzi; wskazuje to również, że ekspresja YIF1A jest umiarkowanie do umiarkowanie niska we wszystkich innych tkankach.
mRNA
YIF1A ma izoformy 1 i 2, z egzonami odpowiednio 8 i 7. Oba transkrypty przechodzą naprzemienne składanie i są tłumaczone na białka o odpowiednio 293 i 241 aminokwasach.
Białka wiążące RNA
Nieulegający translacji region 5' przewiduje miejsca wiązania przez RBXM, EIF4B i FUS . Nieulegający translacji region 3' przewiduje miejsca wiązania przez ELAVL1 , który jest bogaty w elementy AU i reguluje stabilność mRNA.
Białko
Najdłuższa izoforma białka YIF1A ma długość 293 aminokwasów. Ma obserwowaną masę cząsteczkową około 32,0 kDa z przewidywanym punktem izoelektrycznym około 8,98.
Kompozycja
YIF1 jest bardzo normalnym białkiem pod względem ilości zawartych w nim aminokwasów. Skład każdej reszty aminokwasowej jest podobny do jej średniego względnego składu wśród ludzkich białek. Nie ma klastrów, przebiegów ani wzorców ładunków. Istnieje powtarzalna struktura dla białka YIF1A w [201-204 i 288-291] TFHL.
Domena i motywy
YIF1A ma konserwatywną domenę, pfam03878 (AA 57 → 287). W domenie znajduje się 5 domen transbłonowych, 3 domeny niecytozolowe i 3 domeny cytozolowe. Postawiono hipotezę, że istnieje możliwa rola w transporcie między retikulum endoplazmatycznym a aparatem Golgiego .
Struktura
Struktura YIF1A składa się z około 59% alfa-helis, z helisą TM i nieuporządkowanymi regionami tworzącymi resztę struktury; nie przewidziano nici beta.
Lokalizacja
Przewidywana lokalizacja YIF1A znajduje się w retikulum endoplazmatycznym, z wewnątrzkomórkowym końcem N i zewnątrzkomórkowym końcem C.
Modyfikacje potranslacyjne
YIF1A ulega rozszczepieniu metioniną i N-końcowej acetylacji , co jest jedną z najczęstszych modyfikacji potranslacyjnych białek eukariotycznych. Jest również fosforylowany przez nieokreślone kinazy w kilku miejscach. Trzy miejsca glikacji są przewidywane w reszcie lizyny (lys 104,161 i 211). YIF1A ulega modyfikacji O-ß-GlcNAc w 5 miejscach, z których 1 to miejsca Yin-Yang.
Białko oddziałujące
W oparciu o mikroskopię fluorescencyjną , zwalidowane dwie hybrydy i koimmunoprecypitację anty-tag, białkami, które najprawdopodobniej wchodzą w interakcje z YIF1A, są GPR37 , SEC23IP, REEP2 i YIPF5 . Badania sugerują, że interakcja między VAPB i YIF1A kontroluje dostarczanie błony do dendrytów. Uczestniczy również w odpowiedzi na niepofałdowane białko ER (UPR) poprzez indukcję ERN1/IRE1. Dodatkowo białko YIF1A oddziałuje z białkiem M SARS-Cov-2 .
Homologia
YIF1A ma pojedynczy Paralog o nazwie YIF1B, który znajduje się na ludzkim chromosomie 19. YIF1A ma 238 zidentyfikowanych ortologów . Ortolog obejmuje kręgowce, takie jak ssaki, płazy i gady . Ma również bezkręgowców , takie jak Insecta, Anthozoa i Ascidiacea . Nie znaleziono ortologów u protistów, bakterii ani archeonów.
Poniższa tabela zawiera przykład ortologu YIF1A.
| Rodzaj i gatunek | Numer dostępowy | Data rozbieżności (MYA) | Długość sekwencji (AA) | Tożsamość sekwencji |
|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens (człowiek) | NP_065203 | 0 | 293 | 100 |
| Aotus nancymaae (nocna małpa Ma) | XP_012318344 | 43 | 317 | 94 |
| Mus musculus (mysz) | NP_080829 | 90 | 293 | 93 |
| Sus scrofa (dzik) | XP_013849519 | 96 | 311 | 92 |
| Delphinapterus leucas (biały wieloryb) | XP_022447094 | 96 | 306 | 91 |
| Phascolarctos cinereus (Koala) | XP_020823757 | 159 | 293 | 88 |
| Ornithorhynchus anatinus (dziobak) | XP_028915982 | 177 | 293 | 88 |
| Chelonia mydas (żółw zielony) | XP_007056281 | 312 | 240 | 78 |
| Chrysemys picta bellii (malowany żółw) | XP_005305497 | 312 | 293 | 73 |
| Microcaecilia unicolor (Amph.) | XP_029470520 | 352 | 306 | 72 |
| Rhinatrema bivittatum (dwuliniowy kątnik) | XP_029470520 | 352 | 307 | 71 |
| Latimeria chalumnae (Gombessa) | XP_014345204 | 413 | 296 | 71 |
| Salmo trutta (brązowy trou) | XP_029585843 | 435 | 309 | 70 |
| Echeneis naucrates (żywy rekin wysysacz) | XP_029368074 | 435 | 308 | 66 |
| Danio rerio (danio pręgowany) | NP_956225 | 435 | 307 | 65 |
| Zebra Maylandia ( zebra mbuna) | XP_004545672 | 435 | 308 | 63 |
| Saccharomyces cerevisiae S288C ( drożdże piekarskie ) | NP_014136 | 1017 | 314 | 33 |
| Physcomitrium patens (mech) | XP_024362517 | 1275 | 282 | 30 |
Dalsza lektura
- Maruyama K, Sugano S (styczeń 1994). „Oligo-capping: prosta metoda zastąpienia struktury czapeczki eukariotycznych mRNA oligorybonukleotydami”. gen . 138 (1–2): 171–4. doi : 10.1016/0378-1119(94)90802-8 . PMID 8125298 .
- Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, Suyama A, Sugano S (październik 1997). „Konstrukcja i charakterystyka biblioteki cDNA wzbogaconej o pełnej długości i wzbogaconej o koniec 5'”. gen . 200 (1–2): 149–56. doi : 10.1016/S0378-1119(97)00411-3 . PMID 9373149 .
- Gisler SM, Stagljar I, Traebert M, Bacic D, Biber J, Murer H (marzec 2001). „Oddziaływanie kotransportera Na/Pi typu IIa z białkami PDZ” . Journal of Biological Chemistry . 276 (12): 9206–13. doi : 10.1074/jbc.M008745200 . PMID 11099500 .
- Calero M, Winand NJ, Collins RN (marzec 2002). „Identyfikacja nowych białek Yip4p i Yip5p jako czynników oddziałujących z Rab GTPazą” . Listy FEBS . 515 (1–3): 89–98. doi : 10.1016/S0014-5793(02)02442-0 . PMID 11943201 . S2CID 34319925 .
- Breuza L, Halbeisen R, Jenö P, Otte S, Barlowe C, Hong W, Hauri HP (listopad 2004). „Proteomika błon retikulum endoplazmatycznego przedziału pośredniego Golgiego (ERGIC) z komórek HepG2 traktowanych brefeldyną A identyfikuje ERGIC-32, nowe białko cykliczne, które oddziałuje z ludzkim Erv46” . Journal of Biological Chemistry . 279 (45): 47242–53. doi : 10.1074/jbc.M406644200 . PMID 15308636 .
- Jin C, Zhang Y, Zhu H, Ahmed K, Fu C, Yao X (sierpień 2005). „Human Yip1A określa lokalizację Yif1 w aparacie Golgiego”. Komunikaty dotyczące badań biochemicznych i biofizycznych . 334 (1): 16–22. doi : 10.1016/j.bbrc.2005.06.051 . PMID 15990086 .