alkalikoki
| Klasyfikacja naukowa | |
|---|---|
| Alkalicoccus | |
| Domena: | |
| Gromada: | |
| Klasa: | |
| Zamówienie: | |
| Rodzina: | |
| Rodzaj: |
Alkalicoccus Zhao i in. 2017, poprawione. Gupta i in. 2020
|
| Gatunek | |
|
Informacje na podstawie LPSN 2021 |
|
Alkalicoccus to rodzaj Gram-dodatnich bakterii w kształcie pałeczek z rodziny Bacillaceae z rzędu Bacillales . Typowym gatunkiem tego rodzaju jest Alkalicoccus saliphilus.
Członkowie Alkalicoccus byli wcześniej gatunkami (z wyjątkiem gatunku typowego, Alkalicoccus saliphilus ) należącymi do Bacillus , rodzaju, który został uznany za wykazujący rozległą heterogeniczność polifiliczną i filogenetyczną ze względu na niejasne kryteria (takie jak zdolność do tworzenia przetrwalników w obecności tlen) poprzednio używany do przypisania gatunków do tego kladu. Opublikowano wiele badań wykorzystujących porównawcze analizy filogenetyczne w celu wyjaśnienia ewolucyjnych związków między Bacillus gatunków, w wyniku czego powstało wiele nowych rodzajów, takich jak Alkalihalobacillus , Brevibacillus , Solibacillus , Alicyclobacillus , Virgibacillus i Evansella . Ponadto rodzaj Bacillus został ograniczony do gatunków blisko spokrewnionych z Bacillus subtilis i Bacillus cereus .
Nazwa Alkalicoccus pochodzi od przedrostka „-alkali” (z arabskiego przedimka al , który tłumaczy się na „the” i arabskiego rzeczownika galiy , odnoszącego się do popiołów solanki) oraz przyrostka „-coccus” (od łacińskiego coccus , odnosząc się do kuli). Razem Alkalicoccus przekłada się na coccus żyjącego w podstawowym środowisku.
Charakterystyka biochemiczna i sygnatury molekularne
Członkowie tego rodzaju są tlenowi lub fakultatywnie beztlenowi i występują głównie w słonych jeziorach. Niektórzy członkowie mogą wytwarzać przetrwalniki i są ruchliwi. Większość gatunków jest umiarkowanie halofilna i toleruje zasady, a do wzrostu wymaga NaCl (2–8% wag./obj.). Zakres temperatur wzrostu wynosi 8–45 °C, przy optymalnej temperaturze wzrostu na ogół w zakresie 30–37 °C.”
Analizy sekwencji genomu gatunków Alkalicoccus zidentyfikowały dziewięć konserwatywnych indeli sygnaturowych (CSI), które są wyłączne dla tego rodzaju w następujących białkach: bis (5'-nukleozylo) -tetrafosfataza PrpE , podjednostka przenoszenia elektronów dehydrogenazy dihydroorotanowej, białko zawierające domenę DUF368, penicylina -białko wiążące , polimeraza DNA/egzonukleaza 3'-5' PolX, alfa-glukozydaza , białko rozgałęziające 1,4-alfa-glukan GlgB, oksydoreduktaza z rodziny SDR i tRNA1(Val)[adenina(37)-N6]-metylotransferaza. Te sygnatury molekularne zapewniają wiarygodną metodę identyfikacji i różnicowania Alkalicoccus od innych rodzajów i bakterii Bacillaceae .
Taksonomia
Alkalicoccus , według stanu na maj 2021 r., Zawiera łącznie 6 gatunków z ważnie opublikowanymi nazwami. Ten rodzaj został zidentyfikowany jako monofiletyczny klad i filogenetycznie niezwiązany z innymi gatunkami Bacillus w badaniach badających związki taksonomiczne w obrębie Bacillus . Ten wzór rozgałęzień obserwuje się również w bazie danych taksonomii genomu (GTDB).
Stwierdzono również, że jeden nieprawidłowo opublikowany gatunek, „ Bacillus daqingensis ”, grupuje się z innymi przedstawicielami Alkalicoccus w drzewach filogenetycznych, a także ma te same markery molekularne w postaci konserwatywnych indeli sygnaturowych (CSI). Jednak jego przeniesienie nie zostało oficjalnie zaproponowane ze względu na brak informacji o szczepie kultury. Konieczna jest dalsza rewizja tego rodzaju, ponieważ odkryto i przypisano dodatkowe genomy i nowe gatunki.