izokaudomer

Izokaudomery to pary enzymów restrykcyjnych , które mają nieco inne rozpoznawane sekwencje , ale po rozszczepieniu DNA generują identyczne wystające sekwencje końcowe . Sekwencje te można zligować ze sobą, ale wtedy tworzą asymetryczną sekwencję, której nie można przeciąć enzymem restrykcyjnym.

Przykłady

Na przykład enzymy Mbo I i BamH I są izokaudomerami:

Mbo IN*GATC N N CTAG*N BamH I G*GATC C C CTAG*G

N oznacza dowolny z czterech nukleotydów . Niezależnie od tego, który nukleotyd jest obecny podczas cięcia MboI, po cięciu którymkolwiek enzymem, wszystkie końce mają centralny tetranukleotyd - GATC . Pozwala to fragmentom wytworzonym za pomocą jednego enzymu na hybrydyzację z fragmentami wygenerowanymi za pomocą drugiego enzymu. Można to wykorzystać do eliminacji miejsc restrykcyjnych z otrzymanego fragmentu DNA. Na przykład:

 
  Nie I  GC*GGCC GC  CG CCGG*CG  ​​Bsp120 I  G*GGCC C  C CCGG*G 

W powyższym przykładzie oba enzymy wytwarzają tetranukleotydy CCGG, które mogą łączyć się ze sobą. Jednak wynikowa sekwencja DNA będzie:

 
  GC  GGCCC  CGCCGG  G 

gdzie nukleotydy pokazane kursywą pochodzą z miejsca cięcia NotI, a te pogrubione z miejsca cięcia Bsp120I. Należy zauważyć, że uzyskana sekwencja nie jest rozpoznawana przez żaden z dwóch enzymów.

Inne przykłady izokaudomerów obejmują:

BamHI/BclI/BglII/BstYI/DpnII NcoI/BspHI/FatI/PciI NdeI/AseI/BfaI/Csp6I/MseI XbaI/AvrII/NheI/Spel/StyI XhoI/PspXI/SalI