R.EcoRII
Endonukleaza restrykcyjna (REase) EcoRII (wymawiane „eco R two”) to enzym układu modyfikacji restrykcyjnej (RM), naturalnie występujący w Escherichia coli , bakterii Gram-ujemnej . Jego masa cząsteczkowa wynosi 45,2 kDa i składa się z 402 aminokwasów .
Sposób działania
EcoRII jest bakteryjną REazą typu IIE , która oddziałuje z dwiema lub trzema kopiami pseudopalindromowej sekwencji rozpoznającej DNA 5' - CC W GG - 3' (W = A lub T ), przy czym jedna jest rzeczywistym celem rozszczepienia, druga(-e) służąc jako aktywator(y) allosteryczny (e). EcoRII tnie docelową DNA CCWGG, tworząc lepkie końce .
Schemat cięcia
| Miejsce uznania | Obetnij wyniki |
5' NN CCWGG NN 3' NN GGWCC NN |
5' NN CCWGG NN 3' NN GGWCC NN |
Struktura
| Endonukleaza restrykcyjna EcoRII, N-końcowa | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 struktura krystaliczna endonukleazy restrykcyjnej mutant r88a
| |||||||||
| Identyfikatory | |||||||||
| Symbol | EcoRII-N | ||||||||
| Pfam | PF09217 | ||||||||
| Klan Pfamów | CL0405 | ||||||||
| InterPro | IPR015300 | ||||||||
| SCOP2 | 1na6 / ZAKRES / SUPFAM | ||||||||
| |||||||||
| EcoRII C-końcowa | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
struktura krystaliczna endonukleazy restrykcyjnej mutanta ecorii r88a
| |||||||||
| Identyfikatory | |||||||||
| Symbol | EcoRII-C | ||||||||
| Pfam | PF09019 | ||||||||
| Klan Pfamów | CL0236 | ||||||||
| InterPro | IPR015109 | ||||||||
| |||||||||
Strukturę apokrystaliczną mutanta EcoRII R88A ( ) ustalono przy rozdzielczości 2,1 Å . Monomer EcoRII ma dwie domeny , N-końcową i C-końcową , połączone pętlą zawiasową .
Domena wiążąca efektor
N-końcowa domena wiążąca efektor ma archetypowy fałd pseudobeczkowaty wiążący DNA ( SCOP 101936 ) z wyraźną szczeliną . Superpozycja strukturalna wykazała, że jest ona ewolucyjnie powiązana z:
- Domena wiążąca DNA B3 ( SCOP 117343 ) z czynników transkrypcyjnych w roślinach wyższych ()
- Domena C-końcowa endonukleazy restrykcyjnej BfiI ()
Domena katalityczna
C-końcowa domena katalityczna ma typowy fałd przypominający endonukleazę restrykcyjną ( SCOP 52979 ) i należy do dużej (ponad 30 członków) nadrodziny endonukleaz restrykcyjnych ( SCOP 52980 ).
Mechanizm automatycznego hamowania/aktywacji
Dopasowanie sekwencji w oparciu o strukturę i mutageneza ukierunkowana zidentyfikowały domniemane miejsca aktywne PD..D/EXK dimeru domeny katalitycznej EcoRII, które w strukturze apo są przestrzennie blokowane przez domeny N-końcowe.
Zobacz też
- EcoRI , kolejny enzym nukleaza z Escherichia coli .
- EcoRV , kolejny enzym nukleaza z Escherichia coli .
- Domena wiążąca DNA B3 z roślin wyższych jest ewolucyjnie spokrewniona z EcoRII
- FokI , kolejny enzym nukleaza z Flavobacterium okeanokoites
Linki zewnętrzne
- EcoRII w bazie danych enzymów restrykcyjnych REBASE
