C8orf34
| C8orf34 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identyfikatory | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| , VEST-1, VEST1, chromosom 8 otwarta ramka odczytu 34 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| identyfikatory zewnętrzne | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidane | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C8orf34 jest białkiem, które u Homo sapiens jest kodowane przez gen C8orf34 . Aliasy dla C8orf34 obejmują przedsionek-1 lub VEST-1. W komórce C8orf34 jest zlokalizowany w jądrze i jąderkach, gdzie może odgrywać rolę w regulacji ekspresji genów, jak również w cyklu komórkowym .
Gen
Gen C8orf34 znajduje się na dodatniej nici chromosomu 8 w locus 8q13.2. W zespole genomu NCBI GRCh38.p12 rozciąga się od 68330373 do 68819023. Ma długość 635 kbp i zawiera 14 eksonów . Spośród siedmiu możliwych transkryptów dla C8orf34 najdłuższy ma 2452 par zasad, kodujący 538 aminokwasów .
Sąsiedzi gen
Kilka loci genów leży w pobliżu genu C8orf34 wzdłuż chromosomu 8. Chociaż wiele z nich to niefunkcjonalne pseudogeny , kilka z tych sąsiadujących genów jest funkcjonalnych i koduje białka. Najbliższym genem kodującym białko C8orf34 jest PREX2, czynnik wymiany guaninowo-nukleotydowej dla rodziny Rac białek G. Białko to bierze udział w szlakach sygnałowych insuliny. W niektórych nowotworach obserwowano mutacje i nadekspresję genu PREX2.
| Gen | Lokalizacja | Funkcjonować | Identyfikator genu NCBI |
|---|---|---|---|
| PREX2 | 67951918...68237033 | ułatwia wymianę GDP na GTP na Rac1 (GTPaza) | 80243 |
| LOC105375888 | 68082051...68095535 | niescharakteryzowany | 105375888 |
| LOC107986951 | 68849606...68858076 | niescharakteryzowany | 107986951 |
| LOC108004543 | 68973432...68976574 | niekodujący, o którym wiadomo, że ulega nieallelicznej rekombinacji homologicznej (NAHR) z innym regionem | 108004543 |
Ekspresja genu
W komórce C8orf34 ulega ekspresji głównie w jądrze. Białku C8orf34 brakuje peptydu sygnałowego , aby umożliwić mu sortowanie poza błoną jądrową lub do innych organelli. Analiza za pomocą PSORT II wykazała, że C8orf34 jest zlokalizowany w jądrze z 94,1% niezawodnością. Ta lokalizacja jądrowa sugeruje, że białko C8orf34 może pełnić funkcję związaną z ekspresją i regulacją genów w jądrze. Alternatywnie, może być zaangażowany w utrzymanie i ochronę materiału genetycznego komórki.
C8orf34 ulega ekspresji w wielu tkankach, w tym w nerkach, żołądku, grasicy, przysadce mózgowej, uchu i mózgu. W mózgu C8orf34 ulega ekspresji w zakręcie zębatym , epithalamus i rdzeniu . W mózgu myszy ortologiczny C8orf34 ulega silnej ekspresji w warstwie ziarnistej zakrętu zębatego, obszarach somatosensorycznych kory mózgowej iw ciele migdałowatym .
Regulacja ekspresji
Kilka różnych czynników transkrypcyjnych reguluje ekspresję genu C8orf34. Wiele z tych czynników transkrypcyjnych jest związanych z regulacją progresji komórki w cyklu komórkowym i długowieczności, co sugeruje, że C8orf34 pełni funkcję związaną z tymi procesami.
| Czynnik transkrypcyjny | Funkcjonować |
|---|---|
| 1 października | Zaangażowany w regulację cyklu komórkowego transkrypcji genu histonu H2B oraz w transkrypcję innych genów metabolizmu komórkowego. |
| STATYSTYKA3 | Zaangażowany w ekspresję genów, które przechodzą cykl komórkowy od fazy G1 do fazy S. Działa jako regulator odpowiedzi zapalnej poprzez regulację różnicowania naiwnych limfocytów T CD4+ w limfocyty T pomocnicze Th17 lub limfocyty T regulatorowe (Treg). |
| HSF1 | Szybko indukuje się po stresie temperaturowym i wiąże elementy promotora szoku cieplnego (HSE). Białko to odgrywa rolę w regulacji długości życia. |
| MZF1 | Wyrażany w hematopoetycznych komórkach progenitorowych, które są zaangażowane w różnicowanie linii mieloidalnej. Zawiera 13 palców cynkowych C2H2 ułożonych w dwie domeny oddzielone krótką sekwencją bogatą w glicynę i prolinę. |
Białko
Produkt białkowy genu C8orf34 ma długość 538 aminokwasów, przewidywaną masę cząsteczkową 59 k Da i punkt izoelektryczny 5,9. Na poziomie komórkowym kilka dowodów potwierdza wniosek, że C8orf34 odgrywa rolę w regulacji ekspresji genów i regulacji cyklu komórkowego .
Domeny
C8orf34 ma domenę zatytułowaną „Domena zakotwiczająca dimeryzację podjednostki regulatorowej kinazy białkowej zależnej od cAMP”, która obejmuje reszty od 94 do 133. Białka z tą domeną są podjednostkami multimerycznej kinazy białkowej . Ujemnie naładowany region w środku białka może wskazywać na miejsce koordynacji z jonem metalu, powszechną strukturą w białkach wchodzących w interakcję z DNA, w tym w białkach palca cynkowego .
Modyfikacje potranslacyjne
Białko C8orf34 podlega kilku modyfikacjom po translacji . Białko C8orf34 nie jest rozszczepiane po translacji. Istnieje osiem miejsc wzdłuż białka, które są prawdopodobnie kandydatami do glikozylacji i 27 prawdopodobnych miejsc do fosforylacji . Istnieją cztery przewidywane miejsca SUMOilacji w C8orf34. Oczekuje się, że każda z tych modyfikacji potranslacyjnych będzie miała pewien wpływ na białko. O-glikozylacja może wpływać na sortowanie białka i jego konformację. W niektórych przypadkach glikozylacja może odgrywać rolę w adhezji i procesach immunologicznych. Fosforylacja reszt aminokwasowych może służyć do aktywacji lub dezaktywacji domeny funkcjonalnej C8orf34. Miejsca SUMOilacji to reszty, które białka SUMO (mały modyfikator podobny do ubikwityny) mogą wiązać, modyfikując funkcję białka. Białka SUMO mogą modyfikować białka, aby spełniały wiele funkcji, w tym transport jądrowo-cytozolowy, regulację transkrypcji, przechodzenie przez cykl komórkowy, a nawet apoptozę .
Struktura
Przewiduje się, że drugorzędowa struktura C8orf34 składa się głównie z wolnych losowych zwojów, przy czym helisy alfa są dominującą zorganizowaną strukturą. Helisy alfa są powszechnym motywem w białkach, które regulują ekspresję genów i mogą wspierać tę funkcję w C8orf34. Aplikacja Phyre2 do przewidywania i analizy struktury wykazała, że część C8orf34 ma bliskie podobieństwo strukturalne do drożdżowej metylotransferazy H3K4, enzymu, który wpływa na ekspresję genów poprzez katalizowanie metylacji DNA.
Funkcjonować
Przewidywania oparte na oprogramowaniu i wyniki eksperymentów dają kilka możliwości dotyczących funkcji C8orf34. Wysoka częstotliwość helis alfa może wskazywać kilka rzeczy na temat funkcji C8orf34. Helisy alfa są powszechnie spotykane w motywach białek wiążących DNA, w tym motywach helisa-obrót-helisa i motywach palca cynkowego. Ponieważ C8orf34 jest zlokalizowany w jądrze, obecność helis alfa dodatkowo potwierdza możliwość, że bierze udział w regulacji i ekspresji genów. Domena dimeryzacji kinazy białkowej w obrębie C8orf34 w połączeniu z jej obecnością w jądrze może wskazywać, że jest to rodzaj kinazy histonowej .
Homologia
C8orf34 był przenoszony przez wydarzenia ewolucyjne i obserwuje się jego ekspresję jako białko ortologiczne w kilku kladach zwierząt . Nie zaobserwowano paralogów dla C8orf34 w ludzkim genomie w wyniku zdarzenia duplikacji genu .
ortologi
Ortologi C8orf34 występują u wielu gatunków. Wydaje się, że C8orf34 pojawił się najpierw u parzydełkowców , z ukwiałami trzymającymi swój najbardziej odległy ortolog. Ortolog najbardziej podobny pod względem struktury i funkcji do ludzkiego C8orf34 prawdopodobnie powstał w akordach wodnych , ponieważ wydaje się, że istnieje wyższy poziom tożsamości, począwszy od rekinów. Nie ma podobnego homologu C8orf34 występującego u stawonogów . Ten klad mógł ewoluować, aby nie potrzebować już C8orf34 do jakiejkolwiek funkcji, jaką pełnił. Alternatywnie gatunki stawonogów mogą mieć substytut C8orf34, który pełni podobną funkcję.
| Organizm | Nazwa naukowa | Przystąpienie NCBI | Tożsamość % | Długość sekwencji | Szacowany czas rozbieżności (MYA) |
|---|---|---|---|---|---|
| Człowiek | Homo sapiens | NP_443190.2 | 100,00% | 538 | 0.00 |
| Goryl | Goryl goryl goryl | XP_004047177.2 | 99,44% | 538 | 9.06 |
| Szympans | Panowie troglodyci | NP_001186058.1 | 99,26% | 538 | 6.65 |
| Pies | Canis lupus familiaris | NP_001182595.1 | 91,59% | 451 | 96,00 |
| Mysz | Mus musculus | NP_001153841.1 | 90,71% | 462 | 90.00 |
| Szynszyla | Szynszyla lanigera | XP_013373625.1 | 90,48% | 456 | 90.00 |
| Kot | Felis catus | XP_019678323.2 | 88,13% | 537 | 96,00 |
| Koń | Equus caballus | XP_023504264.1 | 86,43% | 534 | 96,00 |
| Trzynastoliniowa wiewiórka | Ictidomys tridecemlineatus | XP_021580557.1 | 85,53% | 538 | 90.00 |
| Kurczak | Gallus gallus | XP_025003758.1 | 83,73% | 620 | 312,00 |
| aligator amerykański | Aligator mississippiensis | XP_019354134.1 | 82,20% | 678 | 312,00 |
| Wróbel białoszyi | Zonotrichia albicollis | XP_026647522.1 | 79,78% | 657 | 312,00 |
| Zachodnia żaba szponiasta | Xenopus tropicalis | XP_002935369.2 | 77,23% | 621 | 352,00 |
| Żółw pudełkowy | Terrapene mexicana triunguis | XP_026503128.1 | 77,21% | 414 | 312,00 |
| Australijski rekin widmo | Callorhinchus milii | XP_007885522.1 | 70,80% | 709 | 473,00 |
| Danio pręgowany | Danio Rerio | XP_005162763.1 | 70,65% | 626 | 435,00 |
| Obudowa lampy | lingula anatina | XP_013381780.1 | 30,73% | 517 | 797,00 |
| C. teleta | Capitella Teleta | ELU06153.1 | 29,00% | 516 | 797,00 |
| Ostryga Wschodnia | Crassostrea virginica | XP_022341487.1 | 26,91% | 500 | 797,00 |
| Exaiptasia (zawilec morski) | Exaiptasia pallida | XP_020895362.1 | 26,65% | 548 | 824,00 |
Interakcje białek
z dwiema hybrydami drożdży wykazały, że C8orf34 oddziałuje z szeregiem białek wyspiarskich względem jądra . Wykazano, że białko wchodzi w interakcję z ubikwityną C , białkiem prekursorowym poliubikwityny, której funkcje prowadzą do różnych efektów w cyklu komórkowym, w zależności od reszt, z którymi się sprzęga . C8orf34 wykazał również interakcje z MTUS2 (kandydat na supresor guza związany z mikrotubulami 2). Niewiele jest dostępnych informacji na temat tego kandydata na białko, ale prawdopodobnie bierze on udział w funkcjach hamowania guza i regulacji cyklu komórkowego. C8orf34 wchodzi również w interakcję z MCM7 (składnik kompleksu utrzymania mini chromosomów 7), częścią kompleksu białkowego, który działa w inicjacji replikacji genomu eukariotycznego podczas cyklu komórkowego. Interakcje C8orf34 z tymi białkami potwierdzają wniosek, że bierze on udział w regulacji transkrypcji i progresji cyklu komórkowego.
Znaczenie kliniczne
Badania wykazały, że C8orf34 ma powiązania z kilkoma chorobami. Mutacje w obrębie C8orf34 wiążą się z ryzykiem wystąpienia biegunki i neutropenii u pacjentów otrzymujących chemioterapię. Translokację powodującą fuzję genu C8orf34 z protoonkogenem MET stwierdzono w próbkach tkanek pacjentów z rakiem brodawkowatym nerki . Japońskie zgłoszenie patentowe przytacza obecnie procedurę, która rzekomo umożliwia skanowanie w poszukiwaniu mutacji w C8orf34 jako metodę wykrywania wrodzonej choroby powodującej twardość słuchu.