Centrum Sekwencjonowania Genomu Ludzkiego

College of Medicine Centrum Sekwencjonowania Genomu Człowieka Baylor ( BCM-HGSC ) zostało założone przez Richarda A. Gibbsa w 1996 r., kiedy Baylor College of Medicine został wybrany jako jedno z sześciu miejsc na świecie, które miały zakończyć ostatnią fazę międzynarodowego projektu genomu ludzkiego . Gibbs jest obecnym dyrektorem BCM-HGSC.

Zajmuje ponad 3300 m2 ^, zatrudnia ponad 180 pracowników i jest jednym z trzech ośrodków genomu finansowanych przez National Institutes of Health , które były zaangażowane w ukończenie pierwszej sekwencji ludzkiego genomu. BCM-HGSC wniósł około 10 procent całego projektu poprzez sekwencjonowanie chromosomów 3, 12 i X. BCM-HGSC współpracował z naukowcami z Lawrence Berkeley National Laboratory i Celera Genomics Departamentu Energii Stanów Zjednoczonych w celu sekwencjonowania pierwszych gatunków owoców latać , Drosophila melanogaster . Zespół BCM-HGSC ukończył również prace nad drugim gatunkiem muszki owocówki ( Drosophila pseudoobscura ), pszczoły miodnej ( Apis mellifera ) i poprowadził międzynarodowe konsorcjum do sekwencjonowania szczura brunatnego norweskiego .

Następnie BCM-HGSC zsekwencjonował i opisał genom krowy ( Bos taurus ), jeżowca , makaka rezus , walaby tammar , Dictyostelium discoideum oraz wielu bakterii powodujących poważne infekcje ( Rickettsia typhi , Enterococcus faecium , Mannheimia haemolytica , i Fusobacterium nucleatum ). BCM-HGSC był głównym uczestnikiem programu Mammalian Gene Collection, mającego na celu sekwencjonowanie wszystkich ludzkich cDNA , jak również International Haplotype Mapping Project ( HapMap ).

Inne badania w ramach BCM-HGSC obejmują nowe technologie molekularne do mapowania i sekwencjonowania, nowe chemie do znakowania DNA, oprzyrządowanie do manipulacji DNA , nowe programy komputerowe do analizy danych genomowych, geny wyrażane w białaczkach dziecięcych , różnice genomowe prowadzące do zmian ewolucyjnych , roli zmienności genetycznej żywiciela w przebiegu chorób zakaźnych oraz molekularnych podstawach określonych chorób genetycznych. Przeprowadzono tutaj sekwencjonowanie dla Drosophila Genetic Reference Panel (DGRP). DGRP to wspólny wysiłek rozpoczęty przez Trudy Mackay, aby ustanowić wspólny standard badań Drosophila melanogaster . HGSC prowadzi aktywny bioinformatyczny z projektami badawczymi z udziałem biologów i informatyków. Badane problemy koncentrują się na opracowaniu narzędzi do generowania, manipulowania i analizowania danych dotyczących genomu.

BCM-HGSC jest również zaangażowana w konsorcjum Human Heredity and Health in Africa (H3Africa) . Ta współpraca zaowocowała dużym badaniem prowadzonym przez Neila Hancharda , w którym przeprowadzono sekwencjonowanie całego genomu 426 osób z 50 grup etnolingwistycznych w całej Afryce. W ramach tego badania odkryto ponad 3 miliony wcześniej nieopisanych wariantów.

^ „Miejsca badawcze projektu genomu ludzkiego” . web.ornl.gov . Źródło 2021-02-14 .
^ Berger, Eric (28.10.2007). „Wybory życiowe Australijczyka umieściły Houston na mapie genomu” . kronika . Źródło 2021-02-14 .
^ „O BCM-HGSC” . BCM-HGSC . 2016-03-04 . Źródło 2021-02-14 .
^ Adams, Mark D.; Celniker, Susan E.; Holt, Robert A.; Evans, Cheryl A.; Gocayne, Jeannine D.; Amanatides, Peter G.; Scherer, Steven E.; Li, Peter W.; Hoskins, Roger A.; Galle, Richard F.; George, Reed A. (2000-03-24). „Sekwencja genomu Drosophila melanogaster” . nauka . 287 (5461): 2185–2195. Bibcode : 2000Sci...287.2185. . doi : 10.1126/science.287.5461.2185 . ISSN 0036-8075 . PMID 10731132 .
Bibliografia _ Liu, Yue; Bettencourt, Brian R.; Hradecki, Paweł; Letowski, Stan; Nielsen, Rasmus; Thornton, Kevin; Hubisz, Melissa J.; Chen, Rui; Meisel, Richard P.; Couronne, Olivier (styczeń 2005). „Porównawcze sekwencjonowanie genomu Drosophila pseudoobscura: ewolucja chromosomów, genów i elementów cis” . Badania genomu . 15 (1): 1–18. doi : 10.1101/gr.3059305 . ISSN 1088-9051 . PMC 540289 . PMID 15632085 .
^ Solignac, Michel; Zhang, Lan; Mougel, Florencja; Li, Bingshan; Vautrin, Dominik; Monnerot, Monique; Cornuet, Jean-Marie; Worley, Kim C.; Weinstock, George M.; Gibbs, Richard A. (2007-03-19). „Genom Apis mellifera: dialog między mapowaniem powiązań a składaniem sekwencji” . Biologia genomu . 8 (3): 403. doi : 10.1186/gb-2007-8-3-403 . ISSN 1474-760X . PMC 1868943 . PMID 17381825 .
Bibliografia _ Weinstock, George M.; Metzker, Michael L.; Muzny, Donna M.; Sodergren, Erica J.; Scherer, Steven; Scott, Graham; Steffen, Dawid; Worley, Kim C.; Burch, Paula E.; Okwuonu, Geoffrey (2004-04-01). „Sekwencja genomu szczura Brown Norway daje wgląd w ewolucję ssaków” . Natura . 428 (6982): 493–521. Bibcode : 2004Natur.428..493G . doi : 10.1038/natura02426 . ISSN 1476-4687 . PMID 15057822 .
Bibliografia _ _ genecollections.nci.nih.gov . Źródło 2021-02-14 .
^ Choudhury, Ananyo; Aron, Shaun; Botigue, Laura R.; Sengupta, Dhriti; Botha, Gerrit; Bensellak, Taoufik; Wells, Gordon; Kumuthini, Judyta; Shriner, Daniel; Fakim, Yasmina J.; Ghoorah, Anisah W. (październik 2020). „Głębokie afrykańskie genomy informują o migracji i zdrowiu ludzi” . Natura . 586 (7831): 741–748. doi : 10.1038/s41586-020-2859-7 . ISSN 1476-4687 . PMC 7759466 . PMID 33116287 .

[1] „Miejsca badawcze projektu genomu ludzkiego” . web.ornl.gov . Źródło 2021-02-14 .

[2] Berger, Eric (28.10.2007). „Wybory życiowe Australijczyka umieściły Houston na mapie genomu” . kronika . Źródło 2021-02-14 .

[3] „O BCM-HGSC” . BCM-HGSC . 2016-03-04 . Źródło 2021-02-14 .

[4] Adams, Mark D.; Celniker, Susan E.; Holt, Robert A.; Evans, Cheryl A.; Gocayne, Jeannine D.; Amanatides, Peter G.; Scherer, Steven E.; Li, Peter W.; Hoskins, Roger A.; Galle, Richard F.; George, Reed A. (2000-03-24). „Sekwencja genomu Drosophila melanogaster” . nauka . 287 (5461): 2185–2195. Bibcode : 2000Sci...287.2185. . doi : 10.1126/science.287.5461.2185 . ISSN 0036-8075 . PMID 10731132 .

[5] Bibliografia _ Liu, Yue; Bettencourt, Brian R.; Hradecki, Paweł; Letowski, Stan; Nielsen, Rasmus; Thornton, Kevin; Hubisz, Melissa J.; Chen, Rui; Meisel, Richard P.; Couronne, Olivier (styczeń 2005). „Porównawcze sekwencjonowanie genomu Drosophila pseudoobscura: ewolucja chromosomów, genów i elementów cis” . Badania genomu . 15 (1): 1–18. doi : 10.1101/gr.3059305 . ISSN 1088-9051 . PMC 540289 . PMID 15632085 .

[6] Solignac, Michel; Zhang, Lan; Mougel, Florencja; Li, Bingshan; Vautrin, Dominik; Monnerot, Monique; Cornuet, Jean-Marie; Worley, Kim C.; Weinstock, George M.; Gibbs, Richard A. (2007-03-19). „Genom Apis mellifera: dialog między mapowaniem powiązań a składaniem sekwencji” . Biologia genomu . 8 (3): 403. doi : 10.1186/gb-2007-8-3-403 . ISSN 1474-760X . PMC 1868943 . PMID 17381825 .

[7] Bibliografia _ Weinstock, George M.; Metzker, Michael L.; Muzny, Donna M.; Sodergren, Erica J.; Scherer, Steven; Scott, Graham; Steffen, Dawid; Worley, Kim C.; Burch, Paula E.; Okwuonu, Geoffrey (2004-04-01). „Sekwencja genomu szczura Brown Norway daje wgląd w ewolucję ssaków” . Natura . 428 (6982): 493–521. Bibcode : 2004Natur.428..493G . doi : 10.1038/natura02426 . ISSN 1476-4687 . PMID 15057822 .

[8] Bibliografia _ _ genecollections.nci.nih.gov . Źródło 2021-02-14 .

[9] Choudhury, Ananyo; Aron, Shaun; Botigue, Laura R.; Sengupta, Dhriti; Botha, Gerrit; Bensellak, Taoufik; Wells, Gordon; Kumuthini, Judyta; Shriner, Daniel; Fakim, Yasmina J.; Ghoorah, Anisah W. (październik 2020). „Głębokie afrykańskie genomy informują o migracji i zdrowiu ludzi” . Natura . 586 (7831): 741–748. doi : 10.1038/s41586-020-2859-7 . ISSN 1476-4687 . PMC 7759466 . PMID 33116287 .