Chryseobacterium
Chryseobacterium | |
---|---|
Chryseobacterium oleae DSM25575 hodowane na stałych podłożach LB | |
Klasyfikacja naukowa | |
Domena: | |
Gromada: | |
Klasa: | |
Zamówienie: | |
Rodzina: | |
Rodzaj: |
Chryseobacterium
Vandamme i in . 1994
|
Gatunek | |
Patrz tekst. |
|
Synonimy | |
|
Chryseobacterium to rodzaj bakterii Gram-ujemnych . Gatunki Chryseobacterium to chemoorganotroficzne bakterie Gram-ujemne w kształcie pałeczek. Chryseobacterium tworzą kolonie o typowym żółto-pomarańczowym kolorze dzięki pigmentowi typu flexirubina. Rodzaj zawiera ponad 100 opisanych gatunków z różnych siedlisk, w tym źródeł słodkowodnych, gleby, ryb morskich i żywicieli ludzkich.
Historia
Rodzaj Chryseobacterium został pierwotnie stworzony w 1994 roku przez Vandamme i in . dla sześciu taksonów bakterii, które w tamtym czasie były sklasyfikowane jako członkowie rodzaju Flavobacterium : F. balustinum , F. indologenes , F. gleum , F. meningosepticum , F. indoltheticum i F. scophthalmum . W 2005 r. utworzono dodatkowy rodzaj, Elizabethkingia , dla dwóch gatunków należących do rodzaju Chryseobacterium ; mianowicie C. meningosepticum i C. miricola. W 2002 roku Bernardet i in. opublikowali standardy i wytyczne dotyczące opisu nowych taksonów z rodziny Flavobacteriaceae . Do 2006 roku rodzaj Chryseobacterium powiększył się do 10 gatunków, do 2014 roku ponad 60 gatunków, a obecnie ponad 100.
Ekologia
Chryseobacterium spp. zostały odzyskane z gleby, korzeni roślin, kwiatów, rozkładającego się materiału roślinnego i soku klonowego. Chryseobacterium związane z roślinami są zdolne do hamowania grzybów chorobotwórczych dla roślin. Chryseobacterium spp. zostały również odzyskane ze słodkowodnych potoków, jezior, ich osadów, systemów chłodzenia wody, wody pitnej, napojów kwasu mlekowego, rozlewni piwa, szlamu z bioreaktora, zanieczyszczonej gleby, osadów morskich i wiecznej zmarzliny . Chryseobacterium spp. są związane z wieloma zwierzętami - wykryto je w jelicie środkowym komarów, w jelitach karaluchów, odchodach krocionogów i guano pingwinów, homogenatach jelit słodkowodnych widłonogów, ptasich piórach, mleku krowim, surowym mięsie i kurczakach. Chryseobacterium spp. zostały odzyskane ze śluzu pozornie zdrowych ryb, jednak czasami są uważane za organizm psujący. W surowym mleku w Izraelu wykryto trzy nowe odporne na zimno gatunki Chryseobacterium , C. oranimense C. haifense i C. bovis .
Patogeneza
Najbardziej patogenny Flavobacterium spp., Chryseobacterium meningosepticum , który powodował liczne infekcje, został przeklasyfikowany do rodzaju Elizabethkingia . Chryseobacterium indologenes , choć występuje w przyrodzie wszechobecnie, głównie w glebie i wodzie, jest rzadkim patogenem człowieka. Jednak w rzadkich przypadkach może powodować poważne infekcje, szczególnie wśród osób z obniżoną odpornością. W większości przypadków zakażenia są nabyte w szpitalu, często związane z immunosupresją lub założonymi na stałe cewnikami. Opisywano go jako czynnik sprawczy bakteriemii , zapalenia otrzewnej , zapalenia płuc , ropniaka , odmiedniczkowego zapalenia nerek , zapalenia pęcherza moczowego , zapalenia opon mózgowych i zakażeń związanych z centralnym cewnikiem żylnym. Liczba zgłaszanych C. indologenes wzrasta. Większość zgłoszonych infekcji pochodziła z Tajwanu, a tylko około 10% miało miejsce poza Azją. Kilka raportów nadeszło z Australii, Indii, Europy i USA. C. indologenes jest również chorobotwórcza dla kleszczy miękkich, podczas gdy inne Chryseobacterium spp. zostały odzyskane z chorych żółwi, żab i ryb, w szczególności C. scophthalmum, C. joostei, C. piscicola, C. chaponense, C. viscerum i C. oncorhynchi, C. aahli, C. hominis, C. shigense, jak również C. indologenes , który jest związany z chorobami człowieka.
Zgłoszono, że niektóre gatunki Chryseobacterium mają niezwykłe właściwości trawienia macierzy, zdolne do degradacji najtrudniejszych matryc kolagenowych, takich jak pióra lub egzoszkielety. We właściwościach tych prawdopodobnie pośredniczy działanie specyficznych chitynaz i metaloproteaz podobnych do kolagenazy . Wykazano , że niektóre gatunki, takie jak Chryseobacterium nematophagum, są w stanie infekować, zabijać i ostatecznie konsumować wszystkie tkanki nicieni, w tym zwykle wysoce nierozpuszczalny egzoszkielet naskórka. Aktywność chitynazy, żelatynazy i metaloproteazy kolagenazy została powiązana z Chryseobacterium wywieraną przez układy wydzielnicze typu IX. Rzeczywiście, niektóre z tych enzymów posiadają C-końcowe sygnały sekrecyjne typu IX. Chryseobacterium nie mają białek ani struktur kolagenu ani chityny. Gatunki Chryseobacterium należą do rodzaju Bacteriodetes , którego członków coraz częściej opisuje się jako mających niezwykle powiązany układ ruchowy i wydzielniczy.
W genomie Chryseobacterium piperi str. CTM i przedstawiają bardzo zróżnicowaną grupę toksyn podobnych do BoNT. Jedna z przewidywanych C. piperi indukowała martwiczą śmierć komórek w ludzkich komórkach nerki, ale nie stwierdzono, aby rozszczepiała wspólne substraty SNARE BoNT.
Odporność na antybiotyki
Chryseobacterium spp. są z natury oporne na szerokie spektrum antybiotyków , w tym tetracykliny , erytromycynę , linezolid , polimyksyny , aminoglikozydy , chloramfenikol i wiele beta- laktamów , a jednocześnie są średnio wrażliwe na wankomycynę i klindamycynę i różnią się wrażliwością na trimetoprim z sulfametoksazolem .
Gatunek
Gatunki obejmują:
- Chryseobacterium aahli Loch i Faisal 2014
- Chryseobacterium angstadtii Kirk et al . 2013
- Chryseobacterium antarcticum (Yi i wsp . 2005) Kämpfer i wsp . 2009
- Chryseobacterium anthropi Kämpfer et al . 2009
- „ Chryseobacterium antybiotykum ” Dahal i in . 2021
- Chryseobacterium aquaticum Kim i in . 2008
- Chryseobacterium aquifrigidense Park i in . 2008
- Chryseobacterium arachidiradicis Kämpfer et al . 2015
- Chryseobacterium arachidis Kämpfer et al . 2014
- Chryseobacterium artrosphaerae Kämpfer et al . 2010
- Chryseobacterium artocarpi Venil et al . 2014
- Chryseobacterium aurantiacum Luo et al . 2018
- Chryseobacterium aureum Lee i in . 2019
- Chryseobacterium balustinum (Harrison 1929) Vandamme i in . 1994
- Chryseobacterium bernardetii Holmes et al . 2013
- Chryseobacterium binzhouense Meng i in . 2020
- Chryseobacterium bovis Hantsis-Zacharov i in . 2008
- Chryseobacterium buanense (Joung i wsp . 2010) García-López i wsp . 2020
- Chryseobacterium caeni Quan i in . 2007
- Chryseobacterium camelliae Kook i in . 2014
- Chryseobacterium candidae Indu i in . 2020
- Chryseobacterium carnipullorum Charimba et al . 2013
- Chryseobacterium carnis Holmes i in . 2013
- Chryseobacterium chaponense Kämpfer et al . 2011
- „ Chryseobacterium chengduensis ” Wen i in . 2016
- „ Chryseobacterium cheonjiense ” Chaudhary i in . 2021
- „ Chryseobacterium chungangensis ” Huq 2018
- Chryseobacterium contaminans Kämpfer et al . 2014
- Chryseobacterium cucumeris Jeong et al . 2017
- Chryseobacterium culicis Kämpfer et al . 2010
- Chryseobacterium daecheongense Kim et al . 2005
- Chryseobacterium daeguense Yoon i in . 2007
- Chryseobacterium defluvii Kämpfer et al . 2003
- Chryseobacterium echinoideorum Lin i in . 2015
- Chryseobacterium elymi Cho i in . 2011
- Chryseobacterium endophyticum Lin i in . 2017
- Chryseobacterium flavum Zhou i in . 2007
- Chryseobacterium formosense Young et al . 2005
- „ Chryseobacterium formosus ” Akter i in . 2015
- Chryseobacterium frigidisoli Bajerski et al . 2013
- Chryseobacterium frigidum Kim i in . 2016
- Chryseobacterium gallinarum Kämpfer et al . 2014
- Chryseobacterium gambrini Herzog et al . 2008
- Chryseobacterium geocarposphaerae Kämpfer et al . 2014
- Chryseobacterium ginsengisoli Nguyen i in . 2013
- „ Chryseobacterium ginsengiterrae ” Noh i in . 2017
- Chryseobacterium ginsengiterrae Hahnke i in . 2017
- Chryseobacterium ginsenosidimutans Im i in . 2011
- Chryseobacterium glaciei Pal i in . 2018
- Chryseobacterium gleum (Holmes i wsp . 1984) Vandamme i wsp . 1994
- Chryseobacterium gregarium Behrendt et al . 2008
- Chryseobacterium gwangjuense Park i in . 2013
- Chryseobacterium hagamense Cho i in . 2011
- Chryseobacterium haifense Hantsis-Zacharov i Halpern 2007
- Chryseobacterium halperniae Hahnke i in . 2017
- Chryseobacterium hispalense Montero-Calasanz et al . 2013
- Chryseobacterium hispanicum Gallego i in . 2006
- Chryseobacterium hominis Vaneechoutte et al . 2007
- Chryseobacterium humi Pires i in . 2010
- Chryseobacterium hubaricum Szoboszlay et al . 2008
- Chryseobacterium indologenes (Yabuuchi i wsp . 1983) Vandamme i wsp . 1994
- Chryseobacterium indoltheticum (Campbell i Williams 1951) Vandamme i in . 1994
- Chryseobacterium jejuense Weon et al . 2008
- Chryseobacterium jeonii (Yi i wsp . 2005) Kämpfer i wsp . 2009
- Chryseobacterium joostei Hugo et al . 2003
- Chryseobacterium koreense (Kim i in . 2004) Kämpfer i in . 2009
- Chryseobacterium kwangjuense Sang i in . 2013
- Chryseobacterium lactis Holmes i in . 2013
- Chryseobacterium lacus Zhang i in . 2020
- Chryseobacterium lathyri Cho i in . 2011
- Chryseobacterium limigenitum Kämpfer et al . 2015
- Chryseobacterium lineare Zhao i in . 2017
- Chryseobacterium luteum Behrendt i in . 2007
- „ Chryseobacterium manosquense ” Boxberger et al . 2020
- Chryseobacterium marinum (Lee i in . 2007) Kämpfer i in . 2009
- „ Candidatus Chryseobacterium massiliense” poprawione. Greub i in . 2004
- Chryseobacterium molle Herzog et al . 2008
- Chryseobacterium montanum Guo i in . 2016
- „ Chryseobacterium mucoviscidosis ” Tetz i Tetz 2018
- Chryseobacterium mulctrae Yoon i in . 2019
- Chryseobacterium nakagawai Holmes i in . 2013
- „ Chryseobacterium nematophagum ” Page i in . 2019
- Chryseobacterium nepalense Chaudhary i Kim 2017
- Chryseobacterium oleae Montero-Calasanz et al . 2014
- Chryseobacterium oncorhynchi Zamora i in . 2012
- Chryseobacterium oranimense Hantsis-Zacharov i in . 2008
- Chryseobacterium pallidum Herzog et al . 2008
- Chryseobacterium palustre Pires i in . 2010
- „ Chryseobacterium panacis ” Singh et al . 2016
- Chryseobacterium pennipullorum Oosthuizen et al . 2019
- „ Chryseobacterium phocaeense ” Abou Abdallah et al . 2019
- Chryseobacterium phosphatilyticum Jeong et al . 2019
- Chryseobacterium piperi Strahan i in . 2011
- Chryseobacterium piscicola Ilardi et al . 2009
- Chryseobacterium piscium de Beer et al . 2006
- Chryseobacterium polytrichastri Chen et al . 2015
- Chryseobacterium populi Bortniak et al . 2019
- Chryseobacterium profundimaris Xu i in . 2015
- „ Chryseobacterium proteolyticum ” Yamaguchi i Yokoe 2000
- Chryseobacterium psychrotolerans (Ge i in . 2015) Hahnke i in . 2017
- Chryseobacterium reticulitermitis Zhao i in . 2017
- Chryseobacterium rhizoplanae Kämpfer et al . 2015
- Chryseobacterium rhizosphaerae Cho i in . 2011
- Chryseobacterium rigui Park i in . 2013
- Chryseobacterium salipaludis Divyasree et al . 2018
- Chryseobacterium salivictor Kim i Yu 2020
- Chryseobacterium scophthalmum (Mudarris i wsp . 1994) Vandamme i wsp . 1994
- Chryseobacterium sediminis Kämpfer et al . 2015
- „ Chryseobacterium senegalense ” Lo i in . 2016
- Chryseobacterium shandongense Yang i in . 2015
- Chryseobacterium shgense Shimomura et al . 2005
- „ Chryseobacterium siluri ” Oh i in . 2020
- Chryseobacterium solani Du et al . 2015
- Chryseobacterium soldanellicola Park i in . 2006
- Chryseobacterium soli Weon i in . 2008
- Chryseobacterium soncola Benmalek i in . 2010
- Chryseobacterium taeanense Park i in . 2006
- Chryseobacterium taichungense Shen et al . 2005
- Chryseobacterium taihuense Wu i in . 2013
- Chryseobacterium taiwanense Tai i in . 2006
- Chryseobacterium takakiae Zhao et al . 2015
- Chryseobacterium taklimakanense (Peng i in . 2009) Holmes i in . 2013
- Chryseobacterium tenax (O'Sullivan i wsp . 2006) Hahnke i wsp . 2017
- „ Candidatus Chryseobacterium timonense” poprawione. Drancourt i in . 2004
- „ Chryseobacterium timonianum ” Abou Abdallah et al . 2017
- Chryseobacterium treverense Yassin et al . 2010
- Chryseobacterium tructae Zamora i in . 2013
- Chryseobacterium ureilyticum Herzog et al . 2008
- Chryseobacterium vaccae Lee et al . 2020
- Chryseobacterium vietnamense Li i Zhu 2012
- Chryseobacterium viscerum Zamora i in . 2012
- Chryseobacterium vrystaatense de Beer et al . 2005
- Chryseobacterium wanjuense Weon et al . 2006
- Chryseobacterium xinjiangense Zhao i in . 2011
- Chryseobacterium xixisoli (Feng i wsp . 2014) Hahnke i wsp . 2017
- „ Chryseobacterium yeoncheonense ” Hoang i in . 2013
- Chryseobacterium yonginense Joung i Joh 2011
- Chryseobacterium zeae Kämpfer et al . 2014
- „ Chryseobacterium zhengzhouense ” Wang i in . 2016