Ferdinandcohnia
| Ferdinandcohnia | |
|---|---|
| Klasyfikacja naukowa | |
| Domena: | |
| Gromada: | |
| Klasa: | |
| Zamówienie: | |
| Rodzina: | |
| Rodzaj: |
Ferdinandcohnia
sprostowanie Gupta i in. 2020
|
| Gatunek | |
|
|
| Synonimy | |
|
|
Ferdinandcohnia to rodzaj bakterii w kształcie pałeczek, które generalnie wykazują barwienie Gram-dodatnie w rodzinie Bacillaceae w rzędzie Bacillales . Gatunkiem typowym dla tego rodzaju jest Ferdinandcohnia humi.
Ferdinandcohnia obejmuje gatunki pierwotnie należące do rodzaju Bacillus , którego polifiletyczny charakter od dawna jest uznawany za problem przez społeczność naukową. Niejasny charakter kryteriów zastosowanych do przypisania gatunków do Bacillus zaowocował powstaniem dużego rodzaju pełnego niepowiązanych organizmów o zróżnicowanym zakresie cech biochemicznych. Przeprowadzono wiele badań filogenetycznych w celu wyjaśnienia taksonomii tego rodzaju, co doprowadziło do przeniesienia wielu gatunków do nowych rodzajów, takich jak Virgibacillus , Solibacillus , Brevibacillus i Ectobacillus . Ostatnio Bacillus został ograniczony tylko do gatunków blisko spokrewnionych z Bacillus subtilis i Bacillus cereus .
Nazwę Ferdinandcohnia wybrano na cześć niemieckiego biologa, profesora Ferdinanda Cohna (1828–1898), twórcy nowoczesnej bakteriologii i mikrobiologii.
Charakterystyka biochemiczna i sygnatury molekularne
Członkowie rodzaju Ferdinandcohnia są głównie tlenowi , ale niektóre gatunki są fakultatywnie beztlenowe . Wszystkie komórki są ruchliwe i przetrwalniki . Większość członków toleruje sól i może rosnąć w środowisku zawierającym 0-5% (wag./obj.) NaCl. Gatunki można znaleźć w różnych środowiskach, takich jak gleba, pola ryżowe, ludzkie odchody, powietrze w jaskiniach i jeziorach hipersalinowych. Ferdinandcohnia może przetrwać w temperaturze od 5°C do 47°C, jednak optymalny wzrost następuje w przedziale 30-37°C.
Analiza sekwencji genomu pozwoliła zidentyfikować osiem konserwatywnych indeli sygnaturowych (CSI), które są specyficzne dla członków tego rodzaju. Te konserwatywne indele są obecne w następujących białkach: izomeraza triozo-fosforanowa , białko wiążące ATP transportera ABC, bis(5'-nukleozylo)-tetrafosfataza PrpE, duża podjednostka dehydratazy 3-izopropylomalanu , N-acetylotransferaza z rodziny GNAT, białko z rodziny syntazy LTA , białko wiążące DNA WhiA i trifosfataza nukleozydowa YtkD, i dostarczają niezawodnych środków do molekularnego odróżnienia Ferdinandcohnia od innych rodzajów i bakterii Bacillaceae .
Taksonomia
Ferdinandcohnia występują łącznie 4 gatunki z ważnie opublikowanymi nazwami . Stwierdzono, że członkowie ci grupują się na różnych drzewach filogenetycznych utworzonych na podstawie połączonych sekwencji z różnych zbiorów danych konserwowanych białek i sekwencji genomu 16S rRNA w gałęzi monofiletycznej. Ten klad znajduje się również w drzewie zbudowanym w bazie danych taksonomii genomu (GTDB).
Ponadto stwierdzono, że 3 nieważnie opublikowane gatunki („ Bacillus nitroreducens ”, „ Bacillus sinesaloumensis ” i „ Bacillus timonensis ”) niezawodnie grupują się z przedstawicielami rodzaju Ferdinandcohnia , a także mają te same unikalne markery molekularne. Jednak przeniesienie tych gatunków do rodzaju nie zostało zaproponowane ze względu na brak informacji o szczepach kulturowych. Aby zapewnić właściwą klasyfikację tych gatunków, jak również wszelkich zidentyfikowanych w przyszłości gatunków, niezbędne jest ponowne przyjrzenie się kryteriom klasyfikacji, gdy odpowiednie dane staną się dostępne do analizy.