Geobacillus stearothermophilus
| Geobacillus stearothermophilus | |
|---|---|
| Klasyfikacja naukowa | |
| Domena: | |
| Gromada: | |
| Klasa: | |
| Zamówienie: | |
| Rodzina: | |
| Rodzaj: | |
| Gatunek: |
G. stearothermophilus
|
| Nazwa dwumianowa | |
|
Geobacillus stearothermophilus |
|
Geobacillus stearothermophilus (wcześniej Bacillus stearothermophilus ) to Gram-dodatnia bakteria w kształcie pałeczki należąca do typu Bacillota . Bakteria jest termofilem i jest szeroko rozpowszechniona w glebie, gorących źródłach, osadach oceanicznych i jest przyczyną psucia się produktów spożywczych. Rośnie w zakresie temperatur od 30 do 75°C. Niektóre szczepy są zdolne do tlenowego utleniania tlenku węgla. Jest powszechnie używany jako organizm prowokujący do sterylizacji i okresowej kontroli cykli sterylizacji. Wskaźnik biologiczny zawiera zarodniki organizmu na bibule filtracyjnej wewnątrz fiolki. Po sterylizacji zakrętka jest zamykana, ampułka pożywki wewnątrz fiolki jest miażdżona i cała fiolka jest inkubowana . Zmiana koloru i/lub zmętnienia wskazuje na wynik procesu sterylizacji; brak zmian wskazuje, że warunki sterylizacji zostały osiągnięte, w przeciwnym razie wzrost zarodników wskazuje, że proces sterylizacji nie został spełniony. Ostatnio do weryfikacji sterylizacji używa się oznakowanego fluorescencyjnie szczepu Rapid Readout™, ponieważ widoczna niebieska fluorescencja pojawia się po około jednej dziesiątej czasu potrzebnego do zmiany koloru wskaźnika pH, a niedrogi czujnik światła może wykryć rosnącą kolonie.
Wskaźniki biologiczne są używane w połączeniu ze wskaźnikami chemicznymi i wskaźnikami procesowymi do walidacji procesów sterylizacji.
Po raz pierwszy został opisany w 1920 roku jako Bacillus stearothermophilus , ale wraz z Bacillus thermoglucosidasius został przeklasyfikowany jako członek rodzaju Geobacillus w 2001 roku.
Zastosowania w biologii molekularnej
Polimeraza DNA
| Identyfikatory | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| polimerazy DNA I | |||||||
| Organizm | |||||||
| Symbol | PolA | ||||||
| WPB | 2XY5 | ||||||
| UniProt | E1C9K5 | ||||||
| |||||||
| identyfikatory | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| GsI-IIC odwrotnej transkryptazy intronowej grupy II | |||||||
| Organizm | |||||||
| Symbol | TRT | ||||||
| WPB | 6AR1 | ||||||
| UniProt | E2GM63 | ||||||
| |||||||
Ostatnio polimeraza DNA pochodząca z tych bakterii, polimeraza Bst , stała się ważna w zastosowaniach biologii molekularnej.
Bst ma aktywność podobną do helikazy , dzięki czemu jest zdolna do rozwijania nici DNA. Jego optymalna temperatura funkcjonalna wynosi od 60 do 65°C, a denaturacja następuje w temperaturze powyżej 70°C. Te cechy czynią go użytecznym w amplifikacji izotermicznej za pośrednictwem pętli (LAMP) . LAMP jest podobna do reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR) , ale nie wymaga etapu wysokiej temperatury (96 ° C) wymaganego do denaturacji DNA.
Odwrotna transkryptaza
W 2013 r. Stwierdzono, że termostabilna odwrotna transkryptaza intronowa grupy II (TGIRT), GsI-IIC-MRF, z G. stearothermophilus zachowuje aktywność do 70 ° C i wykazuje wysoką procesywność i niski poziom błędów. Te właściwości sprawiają, że enzym ten jest przydatny do odwrotnej transkrypcji długich i/lub wysoce ustrukturyzowanych cząsteczek RNA . Metoda określania drugorzędowej struktury RNA , DMS-MaPseq, wykorzystuje ten enzym, ponieważ dokładnie przekształca normalny RNA w DNA, ale wprowadza mutacje w niesparowanych zasadach, które zostały zmetylowane przez siarczan dimetylu , a mutacje można zidentyfikować poprzez sekwencjonowanie .
Linki zewnętrzne