Monoazydek propidyny

Monoazydek propidyny
Nazwy
	nazwa IUPAC 3-amino-8-azydo-5-{3-[dietylo(metylo)amonio]propylo}-6-fenylofenantrydyna
Identyfikatory
Model 3D ( JSmol )	Interaktywny obraz;
ChemSpider	2299748;
PubChem CID	3035529;
	InChI InChI=1S/C27H31N6/c1-4-33(3,5-2)17-9-16-32-26-18-21(28)12-14-24(26)23-15-13-22( 30-31-29)19-25(23)27(32)20-10-7-6-8-11-20/h6-8,10-15,18-19,28H,4-5,9, 16-17H2,1-3H3/q+1/p+1 Klucz: DXHWIAMGTKXUEA-UHFFFAOYSA-O ; InChI=1/C27H31N6/c1-4-33(3,5-2)17-9-16-32-26-18-21(28)12-14-24(26)23-15-13-22( 30-31-29)19-25(23)27(32)20-10-7-6-8-11-20/h6-8,10-15,18-19,28H,4-5,9, 16-17H2,1-3H3/q+1/p+1 Klucz: DXHWIAMGTKXUEA-IKLDFBCSAS ;
	UŚMIECHA SIĘ [N-]=[N+]=N\c3ccc2c1ccc(N)cc1[n+](c(c2c3)c4cccccc4)CCC[N+](CC)(CC)C;
Nieruchomości
Wzór chemiczny	C27H32N62 + _ _ _ _ _
Masa cząsteczkowa	440,582 g/mol
	O ile nie zaznaczono inaczej, dane dotyczą materiałów w ich stanie normalnym (w temperaturze 25 °C [77 °F], 100 kPa). Referencje w Infoboksie

Monoazydek propidyny ( PMA ) jest fotoreaktywnym barwnikiem wiążącym DNA , który preferencyjnie wiąże się z dsDNA . Służy do wykrywania żywych mikroorganizmów metodą qPCR . Światło widzialne (lampy halogenowe dużej mocy lub specjalne LED ) indukuje fotoreakcję substancji chemicznej, która doprowadzi do wiązania kowalencyjnego z PMA i dsDNA. Mechanizm modyfikacji DNA przez PMA można zobaczyć w tym protokole. Proces ten powoduje, że DNA staje się nierozpuszczalne i powoduje jego utratę podczas późniejszej ekstrakcji genomowego DNA. Teoretycznie martwe mikroorganizmy tracą zdolność do utrzymywania nienaruszonych błon, co pozostawia „nagie” DNA w cytozolu gotowe do reakcji z PMA. DNA organizmów żywych nie jest narażone na działanie PMA, ponieważ mają one nienaruszoną błonę komórkową. Po obróbce środkiem chemicznym w metodzie qPCR można zastosować jedynie DNA żywych bakterii, co pozwala na uzyskanie jedynie zamplifikowanego DNA organizmów żywych. Jest to pomocne w określeniu, które patogeny są aktywne w określonych próbkach. Głównym zastosowaniem PMA jest Żywotność PCR, ale tę samą zasadę można zastosować w cytometrii przepływowej lub mikroskopii fluorescencyjnej .

Jednakże zdolność PMA do różnicowania żywych i nieżywotnych komórek jest różna dla różnych bakterii. Przykładem jest różna przepuszczalność PMA dla błon komórkowych gram-dodatnich i gram-ujemnych. Dlatego zastosowanie PMA w społecznościach mieszanych jest nadal ograniczone.

PMA został opracowany w Biotium, Inc. jako ulepszenie monoazydku etydyny (EMA). PMA zapewnia lepsze rozróżnienie pomiędzy żywymi i martwymi bakteriami, ponieważ jest skuteczniej wykluczana z żywych komórek niż EMA.