NCI-60
Panel linii komórek rakowych NCI-60 to grupa 60 ludzkich linii komórek rakowych wykorzystywanych przez National Cancer Institute (NCI) do badań przesiewowych związków w celu wykrycia potencjalnej aktywności przeciwnowotworowej.
Zamiar
Procedura przesiewowa nosi nazwę NCI-60 Human Tumor Cell Lines Screen i jest jedną z usług Discovery & Development Services Programu Terapii Rozwojowej (DTP) NCI . Wskaźniki przesiewowe dla każdej linii komórkowej określają działanie cytostatyczne i cytotoksyczne badanych substancji.
Ze względu na różnorodność linii komórkowych możliwe jest porównywanie badanych związków pod kątem ich schematów działania, wysoka korelacja potencjalnie odpowiadająca podobnym mechanizmom działania. Zautomatyzowane porównanie z bazą danych zawierającą ponad 88 000 czystych związków i ponad 34 000 surowych ekstraktów (stan na 6 stycznia 2017 r.) zapewnia narzędzie COMPARE, które pokazuje listę substancji uszeregowanych według współczynników korelacji Pearsona dla danej badanej substancji .
Ten sam panel jest używany w Programie Celów Molekularnych do charakteryzowania celów molekularnych. Pomiary obejmują poziomy białek, pomiary RNA, status mutacji i poziomy aktywności enzymów .
Linie komórkowe
Panel zawiera linie komórkowe reprezentujące białaczkę , czerniaka , niedrobnokomórkowego raka płuc oraz nowotwory mózgu , jajnika , piersi , okrężnicy , nerki i prostaty .
Ocenia się 13 dodatkowych linii komórkowych do wykorzystania w programie badań przesiewowych, wśród nich dwie linie pochodzące z dotychczas niereprezentowanego drobnokomórkowego raka płuca .
Wszystkie linie komórkowe z wyjątkiem jednej (stan na 6 stycznia 2017 r.) są dostępne dla innych laboratoriów, w tym dodatkowe linie komórkowe.
Błędna identyfikacja i błędna klasyfikacja
Począwszy od przełomu tysiącleci, stwierdzono, że kilka linii komórkowych zostało błędnie zidentyfikowanych lub błędnie sklasyfikowanych w czasie badania lub wcześniej:
MDA-MB-435 , pierwotnie sklasyfikowana jako linia komórkowa raka sutka, została zidentyfikowana jako linia komórkowa czerniaka. Przy dalszym badaniu okazało się, że obecny MDA-MB-435 pochodzi od tego samego osobnika co linia komórkowa M14 . Badanie klonów wyjaśniło, że pomieszanie z M14 miało miejsce bardzo wcześnie w historii MDA-MB-435, przed ustanowieniem Programu Terapii Rozwojowej.
NCI/ADR-RES , pierwotnie sklasyfikowana jako linia komórkowa raka sutka, została zidentyfikowana jako linia komórkowa raka jajnika. Wydaje się, że NCI/ADR-RES pochodzi w pewnym momencie z linii komórkowej OVCAR-8 . Pierwotnie linia komórkowa została nazwana MCF-7/ADR-RES ; zmieniono jego nazwę wraz ze zmianą klasyfikacji.
, że dwie linie komórkowe raka mózgu, SNB-19 i U251 , pochodzą od tej samej osoby. To sprawia, że pomyłka jest prawdopodobna.
, że 61. linia komórkowa, MDA-N , pochodzi z błędnie sklasyfikowanej linii komórkowej MDA-MB-435. Jest więc również błędnie sklasyfikowany, ponieważ tak naprawdę jest linią komórkową czerniaka, ale od 6 stycznia 2018 r. Oficjalna strona internetowa nadal wymienia ją jako linię komórkową raka piersi. Ta linia komórkowa nie jest dostępna od 6 stycznia 2018 r.
Międzynarodowy Komitet Uwierzytelniania Linii Komórkowych prowadzi listę zakażonych linii komórkowych . Obejmuje linie komórkowe opisane powyżej, chociaż zwykle daty i artykuły zgłaszane są znacznie później niż pierwsze daty i artykuły budzące szczególne obawy dotyczące odpowiedniej linii komórkowej.
Dalsze stosowanie błędnej klasyfikacji
Od 2014 r. Setki badań naukowych nadal wykorzystują MDA-MB-435 jako model raka piersi, nawet po oficjalnym ogłoszeniu linii komórkowej czerniaka w 2007 r., a nawet w najwyżej ocenianych międzynarodowych recenzowanych czasopismach. Podobnie jest w przypadku innych błędnie zidentyfikowanych linii komórkowych.
Lista linii komórkowych NCI-60
| Linia komórkowa | Klasyfikacja nowotworów | (Potencjalnie) błędnie zidentyfikowany | Oryginalna klasyfikacja | Niedostępne | Czas podwojenia (godziny) | Gęstość inokulacji | Identyfikator Cellosaurus i link | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CCRF-CEM | Białaczka | 26,7 | 40000 | CCRF-CEM (RRID:CVCL_0207) | ||||||||||||
| HL-60(TB) | Białaczka | 28.6 | 40000 | HL-60(TB) (IDID:CVCL_A794) | ||||||||||||
| K-562 | Białaczka | 19.6 | 5000 | K-562 (RRID:CVCL_0004) | ||||||||||||
| MOLT-4 | Białaczka | 27,9 | 30000 | MOLT-4 (RRID:CVCL_0013) | ||||||||||||
| RPMI-8226 | Białaczka | 33,5 | 20000 | RPMI-8226 (RRID:CVCL_0014) | ||||||||||||
| SR-786 | Białaczka | 28,7 | 20000 | SR (RRID:CVCL_1711) | ||||||||||||
| A549 | Płuca niedrobnokomórkowe | 22,9 | 7500 | A-549 (RRID:CVCL_0023) | ||||||||||||
| EKVX | Płuca niedrobnokomórkowe | 43,6 | 20000 | EKVX (RRID:CVCL_1195) | ||||||||||||
| HOP-62 | Płuca niedrobnokomórkowe | 39 | 10000 | HOP-62 (identyfikator RR: CVCL_1285) | ||||||||||||
| HOP-92 | Płuca niedrobnokomórkowe | 79,5 | 20000 | HOP-92 (identyfikator RR: CVCL_1286) | ||||||||||||
| NCI-H226 | Płuca niedrobnokomórkowe | 61 | 20000 | NCI-H226 (IDID:CVCL_1544) | ||||||||||||
| NCI-H23 | Płuca niedrobnokomórkowe | 33,4 | 20000 | NCI-H23 (identyfikator RR: CVCL_1547) | ||||||||||||
| NCI-H322M | Płuca niedrobnokomórkowe | 35,3 | 20000 | NCI-H322M (IDID:CVCL_1557) | ||||||||||||
| NCI-H460 | Płuca niedrobnokomórkowe | 17.8 | 7500 | NCI-H460 (IDID:CVCL_0459) | ||||||||||||
| NCI-H522 | Płuca niedrobnokomórkowe | 38.2 | 20000 | NCI-H522 (IDID:CVCL_1567) | ||||||||||||
| KOLO 205 | Okrężnica | 23,8 | 15000 | COLO 205 (identyfikator RR: CVCL_0218) | ||||||||||||
| HCC-2998 | Okrężnica | 31,5 | 15000 | HCC2998 (identyfikator RR: CVCL_1266) | ||||||||||||
| HCT116 | Okrężnica | 17.4 | 5000 | HCT 116 (IDID:CVCL_0291) | ||||||||||||
| HCT-15 | Okrężnica | 20.6 | 10000 | HCT 15 (RRID:CVCL_0292) | ||||||||||||
| HT-29 | Okrężnica | 19,5 | 5000 | HT-29 (IDID:CVCL_0320) | ||||||||||||
| KM12 | Okrężnica | 23,7 | 15000 | KM12 (RRID:CVCL_1331) | ||||||||||||
| SW-620 | Okrężnica | 20.4 | 10000 | SW620 (IDID:CVCL_0547) | ||||||||||||
| SF-268 | OUN | 33.1 | 15000 | SF268 (IDID:CVCL_1689) | ||||||||||||
| SF-295 | OUN | 29,5 | 10000 | SF295 (IDID:CVCL_1690) | ||||||||||||
| SF-539 | OUN | 35,4 | 15000 | SF539 (IDID:CVCL_1691) | ||||||||||||
| SNB-19 | OUN | Tak | OUN | 34,6 | 15000 | SNB-19 (RRID:CVCL_0535) | ||||||||||
| SNB-75 | OUN | 62,8 | 20000 | SNB-75 (RRID:CVCL_1706) | ||||||||||||
| U251 | OUN | Tak | OUN | 23,8 | 7500 | U-251MG (RRID:CVCL_0021) | ||||||||||
| LOX IMVI | Czerniak | 20,5 | 7500 | LOX-IMVI (RRID:CVCL_1381) | ||||||||||||
| MALME-3M | Czerniak | 46,2 | 20000 | Malme-3M (RRID:CVCL_1438) | ||||||||||||
| M14 | Czerniak | 26.3 | 15000 | M14 (RRID:CVCL_1395) | ||||||||||||
| MDA-MB-435 | Czerniak | Tak | Pierś | 25,8 | 15000 | MDA-MB-435 (RRID:CVCL_0417) | ||||||||||
| SK-MEL-2 | Czerniak | 45,5 | 20000 | SK-MEL-2 (RRID:CVCL_0069) | ||||||||||||
| SK-MEL-28 | Czerniak | 35.1 | 10000 | SK-MEL-28 (RRID:CVCL_0526) | ||||||||||||
| SK-MEL-5 | Czerniak | 25.2 | 10000 | SK-MEL-5 (RRID:CVCL_0527) | ||||||||||||
| UACC-257 | Czerniak | 38,5 | 20000 | UACC-257 (RRID:CVCL_1779) | ||||||||||||
| UACC-62 | Czerniak | 31.3 | 10000 | UACC-62 (RRID:CVCL_1780) | ||||||||||||
| IGROW-1 | jajnik | 31 | 10000 | IGROV-1 (RRID:CVCL_1304) | ||||||||||||
| OVCAR-3 | jajnik | 34,7 | 10000 | OVCAR-3 (RRID:CVCL_0465) | ||||||||||||
| OVCAR-4 | jajnik | 41,4 | 15000 | OVCAR-4 (RRID:CVCL_1627) | ||||||||||||
| OVCAR-5 | jajnik | 48,8 | 20000 | OVCAR-5 (RRID:CVCL_1628) | ||||||||||||
| OVCAR-8 | jajnik | 26.1 | 10000 | OVCAR-8 (RRID:CVCL_1629) | ||||||||||||
| NCI/ADR-RES (pierwotnie MCF-7/ADR-RES) | jajnik | Tak | Pierś | 34 | 15000 | NCI-ADR-RES (RRID:CVCL_1452) | ||||||||||
| SK-OV-3 | jajnik | 48,7 | 20000 | SK-OV-3 (RRID:CVCL_0532) | ||||||||||||
| 786-O | Nerkowy | 22.4 | 10000 | 786-O (IDID:CVCL_1051) | ||||||||||||
| A498 | Nerkowy | 66,8 | 25000 | A-498 (RRID:CVCL_1056) | ||||||||||||
| ACHN | Nerkowy | 27,5 | 10000 | ACHN (RID:CVCL_1067) | ||||||||||||
| CAKI-1 | Nerkowy | 39 | 10000 | Caki-1 (RRID:CVCL_0234) | ||||||||||||
| RXF 393 | Nerkowy | 62,9 | 15000 | RXF 393L (IDID:CVCL_1673) | ||||||||||||
| SN12C | Nerkowy | 29,5 | 15000 | SN12C (RRID:CVCL_1705) | ||||||||||||
| TK-10 | Nerkowy | 51,3 | 15000 | TK-10 (RRID:CVCL_1773) | ||||||||||||
| UO-31 | Nerkowy | 41,7 | 15000 | UO-31 (RRID:CVCL_1911) | ||||||||||||
| PC-3 | Prostata | 27.1 | 7500 | PC-3 (RRID:CVCL_0035) | ||||||||||||
| DU-145 | Prostata | 32.3 | 10000 | DU145 (RRID:CVCL_0105) | ||||||||||||
| MCF7 | Pierś | 25.4 | 10000 | MCF-7 (RRID:CVCL_0031) | ||||||||||||
| MDA-MB-231 | Pierś | 41,9 | 20000 | MDA-MB-231 (RRID:CVCL_0062) | ||||||||||||
| MDA-MB-468 | Pierś | 62 | 2000 | MDA-MB-468 (RRID:CVCL_0419) | HS 578T | Pierś | 53,8 | 20000 | Hs 578T (RRID:CVCL_0332) | |||||||
| MDA-N | Czerniak | Tak | Pierś | niedostępne | 22,5 | 15000 | MDA-N (RRID:CVCL_1910) | |||||||||
| BT-549 | Pierś | 53,9 | 20000 | BT-549 (IDID:CVCL_1092) | ||||||||||||
| T-47D | Pierś | 45,5 | 20000 | T-47D (RRID:CVCL_0553) |
Lista dodatkowych linii komórkowych
| Linia komórkowa | Klasyfikacja nowotworów | Gatunek | Gęstość inokulacji | Identyfikator Cellosaurus i link |
|---|---|---|---|---|
| LXFL 529 | Płuca niedrobnokomórkowe | człowiek | 10000 | LXFL 529L (IDID:CVCL_D085) |
| DMS 114 | Płuco drobnokomórkowe | człowiek | 20000 | DMS 114 (RRID:CVCL_1174) |
| SHP-77 | Płuco drobnokomórkowe | człowiek | 40000 | SHP-77 (RRID:CVCL_1693) |
| DLD-1 | Okrężnica | człowiek | 50000 | DLD-1 (RRID:CVCL_0248) |
| KM20L2 | Okrężnica | człowiek | 10000 | KM20L2 (identyfikator RR: CVCL_D889) |
| SNB-78 | OUN | człowiek | 20000 | SNB-78 (RRID:CVCL_B321) |
| XF498 | OUN | człowiek | 20000 | XF 498 (RRID:CVCL_8928) |
| RPMI-7951 | Czerniak | człowiek | 20000 | RPMI-7951 (IDID:CVCL_1666) |
| M19-MEL | Czerniak | człowiek | 10000 | M19-MEL (RRID:CVCL_B415) |
| RXF-631 | Nerkowy | człowiek | 10000 | RXF 631L (IDID:CVCL_A780) |
| SN12K1 | Nerkowy | człowiek | 10000 | SN12K1 (IDID:CVCL_D106) |
| P388 | Białaczka | mysz | 50000 | P388 (RRID:CVCL_7222) |
| P388/ADR | Białaczka | mysz | 50000 | P388/ADR (RID:CVCL_IZ75) |