Phytobacter
|
|
| Phytobacter | |
|---|---|
| Kolonie P. diazotrophicus na agarze MacConkeya. | |
| Klasyfikacja naukowa | |
| Domena: | |
| Gromada: | |
| Klasa: | |
| Zamówienie: | |
| Rodzina: | |
| Rodzaj: |
Phytobacter
Zhang i in. 2008
|
| Typ gatunku | |
|
Phytobacter diazotrophicus |
|
| Gatunek | |
|
|
|
Phytobacter to rodzaj bakterii Gram-ujemnych wyłaniający się z grupy izolatów wcześniej przypisanych do różnych rodzajów rodziny Enterobacteriaceae . Rodzaj ten został po raz pierwszy ustalony na podstawie izolatów wiążących azot z dzikiego ryżu w Chinach, ale obejmuje również szereg izolatów uzyskanych podczas wielostanowej epidemii posocznicy w Brazylii w 2013 r., a retrospektywnie kilka szczepów klinicznych wyizolowanych w latach 70. Erwinia herbicola — Enterobacter agglomerans — kompleks (EWG). Brakuje standardowych paneli do oceny biochemicznej Phytobacter spp. z ich bazy danych, co często prowadzi do błędnej identyfikacji z innymi Enterobacterales , zwłaszcza Pantoea agglomerans . Kliniczne izolaty gatunku zostały zidentyfikowane jako ważne źródło β-laktamazy i karbapenemu o rozszerzonym spektrum -geny oporności, w których zwykle pośredniczą ruchome elementy genetyczne. Odnotowano również silną ochronę wrażliwych bakterii koinfekujących. Bakterie należące do tego rodzaju nie są zabarwione, chemoorganotroficzne i zdolne do wiązania azotu. Są fermentujące laktozę , cytochromooksydazo- ujemne i katalazo-dodatnie. Glukoza jest fermentowana z wytworzeniem gazu. Kolonie rosnące na agarze MacConkeya (MAC) są okrągłe, wypukłe i gładkie, z niepełnymi brzegami i zwykle uniesionym środkiem. Phytobacter należą trzy gatunki , który nadal należy do kladu Kosakonia w ostatnio recenzowanej rodzinie Enterobacteriaceae. Ostatnio zaproponowano włączenie czwartego gatunku, Phytobacter massiliensis , poprzez połączenie rodzajów Metakosakonia i Phytobacter .
Historia
Po raz pierwszy opisana jako Bacillus agglomerans w 1888 r. przez MW Beijerinck, a później przeklasyfikowana przez Ewinga i Fife jako Enterobacter agglomerans , EWG ma historię wielu zmian nazw i aktualizacji taksonomii, które wynikają z ewolucji narzędzi taksonomii. W 1984 roku Brenner i współpracownicy, używając testu hybrydyzacji DNA-DNA, podzielili EEC na trzynaście grup pokrewieństwa DNA (biotypów), ponumerowanych od I do XIII. W 1989 roku Françoise Gavini i współpracownicy zaproponowali zmianę nazwy Enterobacter agglomerans (wcześniej zaliczanej do biotypów I i XIII) na Pantoea agglomerans, podczas gdy rodzaj Phytobacter wyłonił się z charakterystyki Biotypu XII.
Gatunek
- Phytobacter diazotrophicus jest najczęściej spotykanym gatunkiem Phytobacter wyizolowanym ze środowiska i ludzi i jest oportunistycznym patogenem związanym z zanieczyszczonymi cewnikami lub całkowitym żywieniem pozajelitowym .
- Phytobacter ursingii można biochemicznie odróżnić od Phytobacter diazotrophicus na podstawie jego zdolności do metabolizowania d-seryny i l-sorbozy . Pomimo obecności wiązania azotu sugeruje pochodzenie środowiskowe, jak dotąd opisano tylko kliniczne izolaty tego gatunku.
- Phytobacter palmae to gatunek o wysokiej zdolności wiązania azotu, który po raz pierwszy zidentyfikowano w Singapurze w tkankach liści palmy olejowej ( Elaeis guineensis ).
- Phytobacter massiliensis , którego typ szczep JC163 T został wyizolowany z flory kałowej zdrowego senegalskiego pacjenta i nie posiada genów wiązania azotu.