Plesiocystis pacifica
Plesiocystis pacifica | |
---|---|
Klasyfikacja naukowa | |
Domena: | |
Gromada: | |
Klasa: |
Poliangia
|
Zamówienie: |
Nannocystale
|
Rodzina: |
Nannocystowate
|
Rodzaj: | |
Gatunek: |
P.pacifica
|
Nazwa dwumianowa | |
Plesiocystis pacifica Iikuza 2003
|
Plesiocystis pacifica to gatunek myksobakterii morskich . Podobnie jak inne przedstawiciele tego rzędu , P. pacifica jest bakterią Gram-ujemną w kształcie pałeczki , która może poruszać się ślizgając się i tworzyć skupiska komórek zwane owocnikami . Gatunek został po raz pierwszy opisany w 2003 roku na podstawie dwóch szczepów wyizolowanych z próbek pobranych z wybrzeża Pacyfiku w Japonii .
Charakterystyka i morfologia
P. pacifica są proste, w kształcie pręcików i mają tępe końce. Podobnie jak inne myksobakterie , grupy komórek mogą tworzyć okrągłe owocniki . Gatunek jest tlenowcem bezwzględnym i chemoorganotrofem . Komórki są ruchliwe i poruszają się poprzez szybowanie . Gatunek jest mezofilny i najlepiej rośnie w warunkach laboratoryjnych w zakresie temperatur 15-32°C, pH od obojętnego do lekko zasadowego i zasoleniu zbliżonym do wody morskiej (co powoduje, że jest lekko halofilne ). Komórki P. pacifica wymagają do wzrostu sodu , zgodnie z oczekiwaniami bakterii morskich.
Taksonomia
P. pacifica jest gatunkiem typowym i jedynym członkiem rodzaju Plesiocystis , oba opisane po raz pierwszy w tym samym badaniu z 2003 roku. Na podstawie porównań sekwencji genetycznej 16S rRNA P. pacifica z sekwencją innych podobnych organizmów, jest ona najściślej spokrewniona z bakteriami z rodzaju Nannocystis , w szczególności z Nannocystis exedens . Nazwa rodzaju Plesiocystis pochodzi od greckich słów plesion (sąsiad) i cystis (pęcherz), zwracając uwagę na pokrewieństwo rodzaju z Nannocystis . Specyficzny epitet odnosi się do odkrycia gatunku na wybrzeżu Pacyfiku w Japonii.
Metabolizm
P. pacifica jest chemoorganotroficzną bakterią drapieżną i może czerpać energię z rozkładu żywych bakterii Gram-ujemnych, takich jak Escherichia coli . Jest to aerob, który wykorzystuje tlen jako końcowy akceptor elektronów w łańcuchu transportu elektronów . Niezwykłe jest stosowanie w tym szlaku częściowo nasyconych menachinonów , co w przeciwnym razie jest częstszą cechą bakterii Gram-dodatnich . P. pacifica jest również niezwykły pod względem rodzajów wielonienasyconych kwasów tłuszczowych wytwarza, wśród których znajdują się formy długołańcuchowe, które w innym przypadku nie są powszechne u myksobakterii (chociaż ich ilości różnią się w zależności od warunków hodowli). Znaczenie tej obserwacji nie jest jasne, gdyż związki te występują głównie w psychrofilnych .
Myksobakterie morskie są stosunkowo rzadkie w porównaniu z myksobakteriami lądowymi , takimi jak N. exedens spokrewniony z P. pacifica . Badania adaptacji myksobakterii morskich do soli wykazały, że P. pacifica akumuluje egzogenne aminokwasy ze swojego środowiska jako środki osmoprotekcyjne , w przeciwieństwie do morskiej myksobakterii Enhygromyxa salina , która wykazuje ekspresję genów do syntezy endogennie wytwarzanych cząsteczek osmoprotektanta.
Genom
Genomy myksobakterii mają zazwyczaj wysoką zawartość GC ; w P. pacifica zawartość GC wynosi 69-70%.
Porównawcze badania genomiki zidentyfikowały myksobakterie, a zwłaszcza P. pacifica , jako posiadające niezwykłe kino , z dużą liczbą odrębnych genów kinazy serynowo/treoninowej i tyrozynowej podobnych do eukariotycznych . Kinazy te są powszechnymi białkami regulatorowymi u eukariontów, ale są stosunkowo rzadkie u prokariotów . Funkcje tych kinaz w myksobakteriach są niejasne. Podobna analiza bioinformatyczna zidentyfikowała dużą liczbę genów w Genom P. pacifica związany z produkcją steroli , co jest dość rzadkie wśród prokariotów, ale wszechobecne u eukariontów. Istnieją dowody na to, że przynajmniej część genów związanych ze sterolami u P. pacifica pochodzi z poziomego transferu genów od eukariontów.