Enhygromyxa salina
| Enhygromyxa salina | |
|---|---|
| Klasyfikacja naukowa | |
| Domena: | |
| Gromada: | |
| Klasa: | |
| Zamówienie: | |
| Rodzina: |
Nannocystowate
|
| Rodzaj: |
Enhygromyxa
|
| Gatunek: |
E. salina
|
| Nazwa dwumianowa | |
|
Enhygromyxa salina Iukza 2003
|
|
Enhygromyxa salina to gatunek myksobakterii morskiej . Podobnie jak inni członkowie tego rzędu , E. salina jest Gram-ujemną bakterią w kształcie pałeczki , która może poruszać się ślizgając i może tworzyć agregaty komórek zwane owocnikami . E. salina jest lekko halofilna (toleruje sól) i może rosnąć w niższych temperaturach niż inne myksobakterie morskie. W gatunku zidentyfikowano kilka nowych metabolitów wtórnych , w tym niezwykłe sterole (które w ogóle rzadko są wytwarzane przez prokariota ). Gatunek został po raz pierwszy opisany w 2003 roku na podstawie sześciu szczepów wyizolowanych z próbek pobranych z wybrzeży Japonii .
Charakterystyka i morfologia
E. salina są proste, mają kształt pręta i mają tępe końce. Podobnie jak inne myksobakterie , grupy komórek mogą tworzyć okrągłe owocniki . Gatunek jest obligatoryjnym tlenowcem i chemoorganotrofem . Komórki są ruchliwe i poruszają się ślizgając . Gatunek jest mezofilny i najlepiej rozwija się w warunkach laboratoryjnych w zakresie temperatur 5-34°C, pH od obojętnego do lekko zasadowego i zasoleniu zbliżonym do wody morskiej , co czyni go lekko halofilnym . W porównaniu z innymi myksobakteriami morskimi E. salina toleruje niższe temperatury. Komórki E. salina wymagają wzrostu sodu , zgodnie z oczekiwaniami dla bakterii morskich.
Taksonomia
E. salina jest gatunkiem typowym i jedynym członkiem rodzaju Enhygromyxa , oba opisane po raz pierwszy w tym samym badaniu z 2003 roku. Na podstawie porównań sekwencji genetycznej 16S rRNA E. salina z sekwencją innych podobnych organizmów, jest ona najbliżej spokrewniona z Plesiocystis pacifica , innym gatunkiem myksobakterii morskiej, również opisanym w 2003 roku przez ten sam zespół badawczy. Nazwa rodzajowa Enhygromyxa pochodzi od greckich słów enhygro (co oznacza życie w wilgotnych warunkach) i myxa (szlam). Specyficzny epitet odnosi się do tolerancji gatunku na sól.
Metabolizm
E. salina jest chemoorganotroficzną bakterią drapieżną i może czerpać energię z rozkładających się żywych bakterii Gram-ujemnych, takich jak Escherichia coli . Jest to aerob, który wykorzystuje menachinon MK-7 w swoim łańcuchu transportu elektronów .
Myksobakterie morskie są stosunkowo rzadkie w porównaniu z myksobakteriami lądowymi. Badania adaptacji soli morskich myksobakterii wykazały, że P pacifica gromadzi egzogenne aminokwasy ze swojego środowiska jako środki osmoprotekcyjne , w przeciwieństwie do E. salina , która wyraża geny do syntezy endogennie wytwarzanej betainy , ektoiny i hydroksyektoiny.
Myksobakterie są znane ze swojej zdolności do wytwarzania różnorodnych produktów naturalnych jako metabolitów wtórnych , chociaż lądowi członkowie tej grupy są znacznie lepiej scharakteryzowani niż myksobakterie morskie. Z kultur E. salina wyizolowano kilka typów niezwykłych metabolitów wtórnych . Jedna klasa, której nadano nazwę salimyksyny, składa się z incisteroli, rzadkiej klasy produktów naturalnych o nierównym rozmieszczeniu filogenetycznym ; produkcja jakiegokolwiek rodzaju sterolu jest rzadkością dla organizmów prokariotycznych . Inną klasę produktów naturalnych wyizolowanych z E. salina nazwano enhygrolidami i są one chemicznie spokrewnione ze związkami znanymi z sinic z rodzaju Nostoc . Stwierdzono, że trzeci związek, bromek saliny, ma nowy szkielet węglowy niezwiązany ze znanymi produktami naturalnymi. Uważa się, że jest syntetyzowany przez syntazę poliketydową i enzymy halogenazy .
Genom
Genomy myksobakteryjne zazwyczaj mają wysoką zawartość GC ; w E. salina zawartość GC wynosi 66-67%, nieco mniej niż u najbliższego krewnego P. pacifica .
Genom E. salina zawiera geny o dalekim podobieństwie sekwencji do znanych genów syntazy poliketydowej , często odpowiedzialnych za nietypowe metabolity wtórne o działaniu antybiotycznym . W szczególności bioinformatycznie zidentyfikowano prawdopodobne halogenazy i geny syntazy poliketydowej III ; ten ostatni jest niezwykły, ponieważ jest znany przede wszystkim z genomów roślin. Od tego czasu bioinformatycznie zidentyfikowano kilka dodatkowych niescharakteryzowanych klastrów genów o potencjale syntetycznym.