U2 mały jądrowy czynnik pomocniczy RNA 1

U2AF1
Dostępne konstrukcje WPB Wyszukiwanie Human UniProt: Lista kodów identyfikacyjnych PDB
Identyfikatory
	, FP793, RN, RNU2AF35, U2AFBP, U2 czynnik pomocniczy małego jądrowego RNA 1
Identyfikatory zewnętrzne
Lokalizacja genu ( człowiek ) Chr. Zespół Początek Koniec
Wzór ekspresji RNA Błagam Człowiek Mysz (ortolog) BioGPS
Ontologia genów Funkcja molekularna Komponent komórkowy Proces biologiczny Źródła: Amigo / QuickGO
ortologi Gatunek Człowiek Mysz Entrez Ensembl UniProt RefSeq (mRNA) RefSeq (białko) Lokalizacja (UCSC) PubMed search
Wikidane
Wyświetl/edytuj Człowiek

Podjednostka czynnika splicingowego U2AF 35 kDa jest białkiem , które u ludzi jest kodowane przez gen U2AF1 .

Funkcjonować

rodziny genów czynnika splicingowego SR . U2AF1 jest podjednostką kompleksu czynnika pomocniczego U2 wraz z większą podjednostką, U2AF2 . U2AF1 jest białkiem innym niż snRNP wymaganym do wiązania U2 snRNP z miejscem rozgałęzienia pre-mRNA. Gen ten koduje małą (~35 kDa) podjednostkę, która odgrywa kluczową rolę w splicingu RNA poprzez rozpoznawanie i wiązanie się z nukleotydami AG w miejscu splicingu 3', aby ułatwić składanie spliceosomu. Zidentyfikowano alternatywne warianty transkryptu kodujące różne izoformy . Mutacje somatyczne w U2AF1 stwierdzono w wielu ludzkich nowotworach, z charakterystycznym wzorcem tych mutacji na palcach cynkowych implikujących funkcjonalną rolę w selekcji. W raku płuc mutacje te wpływają na alternatywny splicing kilku transkryptów, w tym onkogenne fuzje ROS1. Warunkowa delecja U2af1 w układzie krwiotwórczym myszy prowadzi do wczesnej śmiertelności, co sugeruje, że jest ona ważna dla utrzymania i funkcjonowania hematopoetycznych komórek macierzystych { https://doi.org/10.1038/s41375-020-01116-x }.

Interakcje

Wykazano, że pomocniczy czynnik 1 małego jądrowego RNA U2 wchodzi w interakcje z:

• ASF/SF2 ,
• NXF1 ,
• RP9 ,
• SMNDC1 ,
• U2AF2 i
• ZRANB2 .

Dalsza lektura

•    Zhang M, Zamore PD, Carmo-Fonseca M, Lamond AI, Green MR (1992). „Klonowanie i lokalizacja wewnątrzkomórkowa małej podjednostki czynnika pomocniczego małej jądrowej rybonukleoproteiny U2” . proc. Natl. Acad. nauka USA . 89 (18): 8769–8773. Bibcode : 1992PNAS...89.8769Z . doi : 10.1073/pnas.89.18.8769 . PMC50002 . _ PMID 1388271 .
•    Zamore PD, Zielony MR (1991). „Charakterystyka biochemiczna czynnika pomocniczego U2 snRNP: niezbędny czynnik splicingowy pre-mRNA o nowej dystrybucji wewnątrzjądrowej” . EMBO J. 10 (1): 207–14. doi : 10.1002/j.1460-2075.1991.tb07937.x . PMC 452631 . PMID 1824937 .
•    Wu JY, Maniatis T (1994). „Specyficzne interakcje między białkami biorącymi udział w wyborze miejsca splicingu i regulowanym splicingu alternatywnym”. komórka . 75 (6): 1061–1070. doi : 10.1016/0092-8674(93)90316-I . PMID 8261509 . S2CID 22951690 .
•   Zuo P, Maniatis T (1996). „Czynnik splicingowy U2AF35 pośredniczy w krytycznych interakcjach białko-białko w składaniu konstytutywnym i zależnym od wzmacniacza” . Geny Dev . 10 (11): 1356–1368. doi : 10.1101/gad.10.11.1356 . PMID 8647433 .
•    Hong W, Bennett M, Xiao Y, Feld Kramer R, Wang C, Reed R (1997). „Związek U2 snRNP z kompleksem spliceosomalnym E” . Kwasy nukleinowe Res . 25 (2): 354–361. doi : 10.1093/nar/25.2.354 . PMC 146436 . PMID 9016565 .
•    Tronchere H, Wang J, Fu XD (1997). „Białko związane z czynnikiem splicingowym U2AF35, które oddziałuje z białkami U2AF65 i SR w splicingu pre-mRNA” . Natura . 388 (6640): 397–400. Bibcode : 1997Natur.388..397T . doi : 10.1038/41137 . PMID 9237760 . S2CID 4386808 .
•    Wang HY, Lin W, Dyck JA, Yeakley JM, Songyang Z, Cantley LC, Fu XD (1998). „SRPK2: różnie eksprymowana kinaza specyficzna dla białka SR zaangażowana w pośredniczenie w interakcji i lokalizacji czynników splicingowych pre-mRNA w komórkach ssaków” . J. Cell Biol . 140 (4): 737–750. doi : 10.1083/jcb.140.4.737 . PMC 2141757 . PMID 9472028 .
•    Rudner DZ, Kanaar R, Breger KS, Rio DC (1998). „Interakcja między podjednostkami heterodimerycznego czynnika splicingowego U2AF jest niezbędna in vivo” . Mol. Komórka. Biol . 18 (4): 1765–73. doi : 10.1128/MCB.18.4.1765 . PMC 121406 . PMID 9528748 .
•   Lallena MJ, Martínez C, Valcárcel J, Correas I (1998). „Funkcjonalne powiązanie białka jądrowego 4.1 z czynnikami splicingu pre-mRNA”. J. Cell Sci . 111 (14): 1963–71. doi : 10.1242/jcs.111.14.1963 . PMID 9645944 .
•    Gozani O, Potashkin J , Reed R (1998). „Potencjalna rola interakcji U2AF-SAP 155 w rekrutacji U2 snRNP do oddziału” . Mol. Komórka. Biol . 18 (8): 4752–60. doi : 10.1128/mcb.18.8.4752 . PMC 109061 . PMID 9671485 .
•    Neubauer G, King A, Rappsilber J, Calvio C, Watson M, Ajuh P, Sleeman J, Lamond A, Mann M (1998). „Spektrometria mas i przeszukiwanie bazy danych EST umożliwia scharakteryzowanie wielobiałkowego kompleksu spliceosomów”. Nat. Genet . 20 (1): 46–50. doi : 10.1038/1700 . PMID 9731529 . S2CID 585778 .
•    Xiao SH, Manley JL (1999). „Fosforylacja-defosforylacja różnie wpływa na aktywność czynnika splicingowego ASF / SF2” . EMBO J. 17 (21): 6359–6367. doi : 10.1093/emboj/17.21.6359 . PMC 1170960 . PMID 9799243 .
•    de Vries H, Rüegsegger U, Hübner W, Friedlein A, Langen H, Keller W (2000). „Ludzki czynnik cięcia pre-mRNA II (m) zawiera homologi białek drożdży i łączy dwa inne czynniki cięcia” . EMBO J. 19 (21): 5895–5904. doi : 10.1093/emboj/19.21.5895 . PMC 305781 . PMID 11060040 .
•   Gama-Carvalho M, Carvalho MP, Kehlenbach A, Valcarcel J, Carmo-Fonseca M (2001). „Przemieszczanie się nukleocytoplazmatyczne heterodimerycznego czynnika splicingowego U2AF” . J. Biol. chemia . 276 (16): 13104–13112. doi : 10.1074/jbc.M008759200 . PMID 11118443 .
•    Adams DJ, van der Weyden L, Mayeda A, Stamm S, Morris BJ, Rasko JE (2001). „ZNF265 - nowe białko spliceosomalne zdolne do indukowania alternatywnego splicingu” . J. Cell Biol . 154 (1): 25–32. doi : 10.1083/jcb.200010059 . PMC 2196870 . PMID 11448987 .
•    Will CL, Schneider C, MacMillan AM, Katopodis NF, Neubauer G, Wilm M, Lührmann R, Query CC (2001). „Nowe białko snRNP U2 i U11 / U12, które wiąże się z miejscem rozgałęzienia pre-mRNA” . EMBO J. 20 (16): 4536–4546. doi : 10.1093/emboj/20.16.4536 . PMC 125580 . PMID 11500380 .
•    Nesic D, Krämer A (2001). „Domeny w ludzkich czynnikach splicingowych SF3a60 i SF3a66 wymagane do wiązania z SF3a120, składania 17S U2 snRNP i tworzenia prespliceosomu” . Mol. Komórka. Biol . 21 (19): 6406–6417. doi : 10.1128/MCB.21.19.6406-6417.2001 . PMC 99788 . PMID 11533230 .
•    Esfahani MS, Lee LJ, Jeon YJ, Flynn R, Stehr H, Hui A, Ishisoko N, Kildebeck E, Newman AM, Bratman SV, Porteus MH, Chang HY, Alizadeh AA, Diehn M (2019). „Funkcjonalne znaczenie mutacji U2AF1 S34F w gruczolakorakach płuc” . Komunikacja natury . 10 (1): 5712. Bibcode : 2019NatCo..10.5712E . doi : 10.1038/s41467-019-13392-y . PMC 6911043 . PMID 31836708 .

Linki zewnętrzne

• Przegląd wszystkich informacji strukturalnych dostępnych w PDB dla UniProt : Q01081 (podjednostka współczynnika splicingu U2AF 35 kDa) w PDBe-KB .