NXF1

NXF1
Dostępne konstrukcje WPB Wyszukiwanie ortologów: Lista kodów identyfikacyjnych PDB
Identyfikatory
	, MEX67, TAP, współczynnik eksportu jądrowego RNA 1
Identyfikatory zewnętrzne
Lokalizacja genu ( człowiek ) Chr. Zespół Początek Koniec
Lokalizacja genu ( mysz ) Chr. Zespół Początek Koniec
Wzór ekspresji RNA Błagam Człowiek Mysz (ortolog) BioGPS
Ontologia genów Funkcja molekularna Komponent komórkowy Proces biologiczny Źródła: Amigo / QuickGO
ortologi Gatunek Człowiek Mysz Entrez Ensembl UniProt RefSeq (mRNA) RefSeq (białko) Lokalizacja (UCSC) PubMed search
Wikidane
Wyświetl/edytuj człowieka Wyświetl/edytuj mysz

Jądrowy czynnik eksportu RNA 1 , znany również jako NXF1 lub TAP , jest białkiem kodowanym u ludzi przez gen NXF1 .

Funkcjonować

Ten gen jest jednym z członków rodziny genów czynnika eksportu jądrowego RNA. Wspólne cechy domeny tej rodziny to niekanoniczna domena wiążąca RNA typu RNP (RBD), 4 powtórzenia bogate w leucynę (LRR), domena podobna do czynnika transportu jądrowego 2 (NTF2), która umożliwia heterodimeryzację z białkiem eksportowym związanym z NTF2- 1 ( NXT1 ) i domena związana z ubikwityną , która pośredniczy w interakcjach z nukleoporynami . Alternatywny splicing skutkuje wariantami transkrypcji. Domeny LRR i podobne do NTF2 są wymagane do eksportu. Zakodowane białko tego genu przemieszcza się między jądrem a cytoplazmie i wiąże się in vivo z poli(A)+ RNA. Jest homologiem kręgowców białka drożdży Mex67p. Zakodowane białko pokonuje blokadę eksportu mRNA spowodowaną obecnością wysycających ilości RNA CTE (konstytutywny element transportowy) retrowirusów typu D. Wariant allelu homologicznego genu Nxf1 u myszy hamuje klasę mutacji spowodowanych integracją endogennego retrowirusa (wewnątrzzbiornikowej cząstki A) do intronu.

Interakcje

Wykazano, że NXF1 wchodzi w interakcje z TNPO2 , MAGOH , czynnikiem pomocniczym 1 małego jądrowego RNA U2 , DHX9 , HuD i NUP214 .

Stuknij białko

W biologii molekularnej inna nazwa białka NXF1 to TAP. W szczególności ten wpis koncentruje się na C-końcowej , która zawiera również UBA (domena białkowa) .

Kompleks
TAP_C między domeną tap uba a
identyfikatorami peptydów nukleoporyny fxfg
Symbol	TAP_C
Pfam	PF03943
Klan Pfam	CL0214
InterPro	IPR005637
SCOP2	1go5 / ZAKRES / SUPFAM
Dostępne struktury białek: Pfam   konstrukcje / ECOD   WPB RCSB WPB ; PDBe ; WPBj Suma WPB podsumowanie struktury

Ten wpis zawiera rodzinę NXF wahadłowych receptorów transportowych do jądrowego eksportu mRNA, które obejmują:

• czynnik eksportu mRNA kręgowców TAP lub czynnik eksportu jądrowego RNA 1 (NXF1).
• Caenorhabditis elegans jądrowy czynnik eksportu RNA 1 (nxf-1).
• czynnik eksportu mRNA drożdży MEX67. Członkowie rodziny NXF mają budowę modułową . Sekwencja lokalizacji jądrowej i niekanoniczny motyw rozpoznawania RNA (RRM) (patrz PROSITEDOC ), po których następują cztery powtórzenia LRR, są zlokalizowane w jego N-końcowej połowie. C-końcowa połowa zawiera domenę NTF2 (patrz [href=" http://expasy.org/prosite/PDOC50177 PROSITEDOC]), po której następuje druga domena, TAP-C. Domena TAP-C jest ważna dla wiązania się z FG pory jądrowe zawierające powtórzenia białka (FG-nukleoporyny) i jest wystarczająca do pośredniczenia w transporcie jądrowym.

Domena Tap-C składa się z czterech helis alfa upakowanych względem siebie. Układ helis 1, 2 i 3 jest podobny do tego obserwowanego w fałdzie UBA . i jest połączony z następnym modułem elastycznym 12-resztowym łącznikiem bogatym w Pro.

Funkcjonować

Eksport jądrowy mRNA odbywa się za pośrednictwem białka Tap.

Struktura

Tap może tworzyć multimeryczny kompleks ze sobą iz innymi członkami rodziny NXF. Dobrze scharakteryzowano trzy domeny funkcjonalne Tap: domena wiążąca RNA, domena podobna do czynnika transportu jądrowego 2 (NTF2) i domena związana z ubikwityną (UBA).

Linki zewnętrzne

• PDBe-KB zawiera przegląd wszystkich informacji o strukturze dostępnych w PDB dla czynnika eksportu ludzkiego jądrowego RNA 1 (NXF1)