UPF1

UPF1
Dostępne konstrukcje WPB Wyszukiwanie ortologów: Lista kodów identyfikacyjnych PDB
Identyfikatory
	, HNORF1, RENT1, pNORF1, smg-2, helikaza RNA i ATPaza, helikaza RNA i ATPaza UPF1,
identyfikatory zewnętrzne UTF
Lokalizacja genu ( człowiek ) Chr. Zespół Początek Koniec
Lokalizacja genu ( mysz ) Chr. Zespół Początek Koniec
Wzór ekspresji RNA Błagam Człowiek Mysz (ortolog) BioGPS
Ontologia genów Funkcja molekularna Komponent komórkowy Proces biologiczny Źródła: Amigo / QuickGO
ortologi Gatunek Człowiek Mysz Entrez Ensembl UniProt RefSeq (mRNA) RefSeq (białko) Lokalizacja (UCSC) PubMed search
Wikidane
Wyświetl/edytuj człowieka Wyświetl/edytuj mysz

Regulatorem nonsensownych transkryptów 1 jest białko kodowane u ludzi przez gen UPF1 .

Funkcjonować

Gen ten koduje białko, które jest częścią wielobiałkowego kompleksu po splicingu, kompleksu połączenia eksonów , zaangażowanego zarówno w eksport jądrowy mRNA , jak i nadzór mRNA . Nadzór mRNA wykrywa wyeksportowane mRNA z obciętymi otwartymi ramkami odczytu i inicjuje rozpad mRNA za pośrednictwem nonsensów (NMD). Kiedy translacja kończy się w górę od ostatniego połączenia ekson-ekson, wyzwala to NMD do degradacji mRNA zawierających przedwczesne kodony stop. Białko to znajduje się zarówno w cytoplazmie , jak i jądrze komórki. Kiedy translacja się kończy, wchodzi w interakcję z białkiem, które jest funkcjonalnym homologiem drożdży Upf2p, aby wywołać dekapowanie mRNA. Dla tego genu odnotowano użycie wielu miejsc poliadenylacji.

Interakcje

Wykazano, że UPF1 wchodzi w interakcje z:

• DCP1A ,
• DCP2 ,
• SMG1 ,
• UPF2 ,
• UPF3A i
• UPF3B .

Dalsza lektura

•   Azzalin CM, Lingner J (2006). „Podwójne życie UPF1 w szlakach stabilności RNA i DNA” . Cykl komórkowy . 5 (14): 1496–8. doi : 10.4161/cc.5.14.3093 . PMID 16861888 .
•   Horikoshi M, Sekimizu K, Natori S (1984). „Analiza czynnika stymulującego polimerazy RNA II w kompleksie inicjacji i elongacji” . J. Biol. chemia . 259 (1): 608–11. doi : 10.1016/S0021-9258(17)43705-7 . PMID 6200476 .
•   Nagase T, Seki N, Ishikawa K i in. (1997). „Przewidywanie sekwencji kodujących niezidentyfikowanych ludzkich genów. VI. Sekwencje kodujące 80 nowych genów (KIAA0201-KIAA0280) wydedukowane na podstawie analizy klonów cDNA z linii komórkowej KG-1 i mózgu” . DNA Res . 3 (5): 321–9, 341–54. doi : 10.1093/dnares/3.5.321 . PMID 9039502 .
•    Czapliński K, Ruiz-Echevarria MJ, Paushkin SV i in. (1998). „Kompleks nadzoru współdziała z czynnikami uwalniającymi translację, aby wzmocnić terminację i degradację nieprawidłowych mRNA” . Geny Dev . 12 (11): 1665–77. doi : 10.1101/gad.12.11.1665 . PMC 316864 . PMID 9620853 .
•    Page MF, Carr B, Anders KR i in. (1999). „SMG-2 jest fosforylowanym białkiem wymaganym do nadzoru mRNA w Caenorhabditis elegans i związanym z Upf1p drożdży” . Mol. Komórka. Biol . 19 (9): 5943–51. doi : 10.1128/MCB.19.9.5943 . PMC84455 . _ PMID 10454541 .
•    Bhattacharya A, Czaplinski K, Trifillis P i in. (2000). „Charakterystyka właściwości biochemicznych produktu ludzkiego genu Upf1, który bierze udział w rozpadzie mRNA za pośrednictwem nonsensów” . RNA . 6 (9): 1226–35. doi : 10.1017/S1355838200000546 . PMC 1369996 . PMID 10999600 .
•    Mendell JT, Medghalchi SM, Lake RG i in. (2000). „Nowe ortologi Upf2p sugerują funkcjonalne powiązanie między inicjacją translacji a nonsensownymi kompleksami nadzoru” . Mol. Komórka. Biol . 20 (23): 8944–57. doi : 10.1128/MCB.20.23.8944-8957.2000 . PMC86549 . _ PMID 11073994 .
•    Serin G, Gersappe A, Czarny JD i in. (2001). „Identyfikacja i charakterystyka ludzkich ortologów do Saccharomyces cerevisiae białka Upf2 i białka Upf3 (Caenorhabditis elegans SMG-4)” . Mol. Komórka. Biol . 21 (1): 209–23. doi : 10.1128/MCB.21.1.209-223.2001 . PMC88795 . _ PMID 11113196 .
•    Lykke-Andersen J, Shu MD, Steitz JA (2001). „Ludzkie białka Upf celują w mRNA w celu rozpadu za pośrednictwem nonsensów, gdy są związane w dół od kodonu terminacyjnego” . komórka . 103 (7): 1121–31. doi : 10.1016/S0092-8674(00)00214-2 . PMID 11163187 . S2CID 18417600 .
•   Denning G, Jamieson L, Maquat LE i in. (2001). „Klonowanie nowej kinazy związanej z kinazą fosfatydyloinozytolu: charakterystyka ludzkiego białka nadzorującego RNA SMG-1” . J. Biol. chemia . 276 (25): 22709–14. doi : 10.1074/jbc.C100144200 . PMID 11331269 .
•    Yamashita A, Ohnishi T, Kashima I i in. (2001). „Ludzki SMG-1, nowa kinaza białkowa związana z 3-kinazą fosfatydyloinozytolu, wiąże się ze składnikami kompleksu nadzoru mRNA i bierze udział w regulacji rozpadu mRNA za pośrednictwem nonsensów” . Geny Dev . 15 (17): 2215–28. doi : 10.1101/gad.913001 . PMC 312771 . PMID 11544179 .
•    Lykke-Andersen J, Shu MD, Steitz JA (2001). „Komunikacja pozycji połączeń ekson-ekson do maszynerii nadzoru mRNA przez białko RNPS1”. nauka . 293 (5536): 1836–9. Bibcode : 2001Sci...293.1836L . doi : 10.1126/science.1062786 . PMID 11546874 . S2CID 389385 .
•    Carastro LM, Tan CK, Selg M i in. (2002). „Identyfikacja helikazy delta jako bydlęcego homologu HUPF1: wykazanie interakcji z trzecią podjednostką delta polimerazy DNA” . Kwasy nukleinowe Res . 30 (10): 2232–43. doi : 10.1093/nar/30.10.2232 . PMC 115286 . PMID 12000843 .
•    Mendell JT, ap Rhys CM, Dietz HC (2002). „Oddzielne role do wynajęcia1 / hUpf1 w zmienionym splicingu i rozpadzie nonsensownych transkryptów”. nauka . 298 (5592): 419–22. doi : 10.1126/science.1074428 . PMID 12228722 . S2CID 46447414 .
•    Lykke-Andersen J (2003). „Identyfikacja ludzkiego kompleksu dekapującego związanego z białkami hUpf w rozkładzie, w którym pośredniczy nonsens” . Mol. Komórka. Biol . 22 (23): 8114–21. doi : 10.1128/MCB.22.23.8114-8121.2002 . PMC 134073 . PMID 12417715 .
•    Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH i in. (2003). „Generowanie i wstępna analiza ponad 15 000 pełnej długości sekwencji cDNA człowieka i myszy” . proc. Natl. Acad. nauka USA . 99 (26): 16899–903. Bibcode : 2002PNAS...9916899M . doi : 10.1073/pnas.242603899 . PMC 139241 . PMID 12477932 .
•    Chiu SY, Serin G, Ohara O, Maquat LE (2003). „Charakterystyka ludzkiego Smg5 / 7a: białko o podobieństwach do Caenorhabditis elegans SMG5 i SMG7, które działa w defosforylacji Upf1” . RNA . 9 (1): 77–87. doi : 10.1261/rna.2137903 . PMC 1370372 . PMID 12554878 .
•    Schell T, Köcher T, Wilm M i in. (2003). „Kompleksy między ludzkim czynnikiem upf1 szlaku rozpadu mRNA, w którym pośredniczy nonsens (białko przesunięcia ramki w górę 1) a istotnymi czynnikami rozpadu mRNA, w których pośredniczy nonsens w komórkach HeLa” . Biochem. J. _ 373 (część 3): 775–83. doi : 10.1042/BJ20021920 . PMC 1223536 . PMID 12723973 .