CCDC188

Identyfikatory
CCDC188
	, domena typu coiled-coil zawierająca 188
identyfikatorów zewnętrznych
Lokalizacja genu ( człowiek )
Chr.
Koniec
Wzór ekspresji RNA
	nie dotyczy
ortologi
	Wikidane
Wyświetl/edytuj człowieka	Wyświetl/edytuj mysz

CCDC188 lub białko zawierające domenę typu coiled-coil jest białkiem , które u ludzi jest kodowane przez gen CCDC188 .

Gen

Ludzki gen CCDC188 obejmuje 3715 nukleotydów i znajduje się na nici ujemnej chromosomu 22 w pozycji 22q11.21 . Jest to gen kodujący białko, który koduje białko CCDC188. Transkrypt mRNA składa się z 9 różnych eksonów , które są łączone w celu utworzenia 6 różnych izoform białka CCDC188. Genetyczni sąsiedzi CCDC188 obejmują ZDHHC8 , SNORA77B i RANBP1 .

Tabela izoform
Nazwa transkrypcji	Numer dostępowy	eksony	Długość nukleotydu	Końcowa długość białka (aa)
CCDC188	NM_001365892.2	9	1476	402
CCDC188 Isoform X1	XM_005261238.3	7	2501	435
CCDC188 Isoform X2	XM_005261239.3	7	2445	416
CCDC188 Isoform X4	XM_011530170.2	9	2364	402
CCDC188 Isoform X5	XM_011530171.2	7	2396	400
CCDC188 Isoform X6	XM_005261241.3	7	2393	399

Ekspresja RNA

CCDC188 ulega ekspresji na niskim poziomie we wszystkich dorosłych tkankach ze zwiększoną ekspresją w przysadce mózgowej i jądrach. CCDC188 ma zmniejszoną ekspresję w G1 cyklu komórkowego.

Ekspresja w cyklu komórkowym

Geny o podobnej ekspresji mRNA w podwzgórzu, jądrze nadwzrokowym i zakręcie zębatym pokazano w poniższej tabeli.

Mapa cieplna ekspresji RNA CCDC188 w ludzkim mózgu

Współeksprymowane geny
Struktura	Gen	Rozwiń nazwę	Funkcjonować	Współczynnik Pearsona
podwzgórze	SKAP1	Fosfoproteina związana z kinazą Src 1	Sprzężenie stymulacji receptora antygenu limfocytów T z aktywacją integryn	0,71
	KLIKNIJ1	Kanał wewnątrzkomórkowy chlorków 1	Aktywność kanału jonowego chlorku jądrowego	0,659
	PPAPDC1B	Fosfataza fosfolipidowa 5	Przekształca pirofosforan diacyloglicerolu w fosfatydynę	0,656
	FAM27A	NA	lncRNA	0,653
	ZCWPW2	Cynkowy palec typu CW i domena PWWP zawierająca 2	Czynnik transkrypcyjny, który wiąże się z grupami metylowymi histonów	-0,612
	ZNF519	Białko palca cynkowego 519	Czynnik transkrypcyjny	-0,61
	SLC8A1	Członek rodziny Solute Carrier 8 A1	Mediator jonowymienny wapnia i sodu	-0,601
Jądro nadwzrokowe	ZNF181	Białko palca cynkowego 181	Czynnik transkrypcyjny	0,996
	DYNC1LI1	Dyneina cytoplazmatyczny 1 lekki łańcuch pośredni	Handel wewnątrzkomórkowy i segregacja chromosomów podczas mitozy	0,991
	COX18	Czynnik montażu oksydazy cytochromu C 18	Integralne wstawienie błony do wewnętrznej błony mitochondrialnej	0,991
	LAMA2	Podjednostka Lamininy Alfa 2	Mocowanie do błony podstawnej	0,991
	KCTD8	Domena tetrameryzacji kanału potasowego zawierająca 8	Określa kinetykę receptora GABA-B	-0,985
	KLHL2	Kelch jak członek rodziny 2	Pośredniczy w ubikwitynacji białek docelowych	-0,985
zakręt zębaty	CXCL9	CXC Motif Chemokin Ligand 9	Białko przeciwdrobnoustrojowe	0,879
	KYNU	Kynureninaza	Biosynteza kofaktorów NAD z tryptofanu	0,866
	MASP1	Wiążąca mannozę proteaza serynowa związana z lektyną 1	Proteaza serynowa niezbędna do adaptacyjnej odpowiedzi immunologicznej	0,808
	TRPC6	Kanał kationowy potencjalnego receptora przejściowego	Kanał wapniowy aktywowany przez receptor	0,805

Region promotora dla CCDC188 zawiera wysoce konserwatywne miejsca wiązania p53 i CREB-ATF4 . Analiza immunoprecypitacji chromatyny potwierdza wiązanie p53 z regionem promotora CCDC188. Znacząco stłumiona ekspresja mRNA CCDC188 występuje zarówno w nowotworach linii zarodkowej jąder , jak i raku płaskonabłonkowym płuc .

TGCT

LUSC

Sekwencjonowanie RNA CCDC188 w LUSC i TGCT (czerwony) w porównaniu ze zdrowymi próbkami (niebieski)

Warianty liczby kopii CCDC188 zidentyfikowano również w nowotworach płaskonabłonkowych płuc, przy czym 16 guzów miało amplifikacje, a 4 miały homodelecje. Geny o znacznie zwiększonej ekspresji mRNA pod wpływem amplifikacji CCDC188 w nowotworach płaskonabłonkowych płuc przedstawiono w poniższej tabeli.

Regulowane w górę geny z amplifikacją CCDC188
Gen	Wartość p	Wartość q	Miejsce genetyczne
MAGED1	3.23E-06	0,013	Xp11.22
MAPK13	5.37E-06	0,0149	6p21.31
KMS4	9.36E-06	0,0202	11q13.2
NYNRIN	3.04E-05	0,0328	14q12
HDAC7	7.1E-05	0,0486	12q13.11
ZNF675	7.25E-05	0,0486	19p12

Inne przewidywane miejsca wiązania czynników transkrypcyjnych dla CCDC188 pokazano na rysunku po prawej stronie.

Miejsca wiązania czynników transkrypcyjnych

Rozporządzenie o transkrypcji

Przewidywane pętle macierzyste CCDC188 3'UTR pokazano na poniższym rysunku.

CCDC188 3'UTR

Białko

CCDC188 Struktura homodimeru

Białko CCDC188 ma długość 402 aminokwasów i 4,3 kDa. Białko zawiera zamek leucynowy i domenę transbłonową . Obecność zarówno domeny suwaka leucynowego, jak i domeny transbłonowej sugeruje, że białko CCDC188 działa jako czynnik transkrypcyjny, który jest ściśle regulowany i musi zostać odcięty od błony, aby mógł zostać aktywowany. Przewiduje się, że nieaktywna postać białka będzie zlokalizowana w retikulum endoplazmatycznym z N-końcem i zasadowym zamkiem leucynowym zorientowanym w cytosolu. Inne podstawowe suwaki leucynowe związane z błoną obejmują ATF6 i OASIS. Znane drogi transportu jądrowego dla czynników transkrypcyjnych związanych z błoną w retikulum endoplazmatycznym obejmują ubikwitynację i zniszczenie regionu światła ER oraz transport pęcherzykowy COPII do aparatu Golgiego w celu rozszczepienia proteolitycznego przez rezydujące proteazy.

Modyfikacje potranslacyjne

Dwie grupy fosforanowe zostały eksperymentalnie zweryfikowane na resztach seryny 322 i 324 w białaczce z komórek B.

Homologia

CCDC188 jest konserwowany u wszystkich ssaków, w tym stekowców, torbaczy i łożyskowców

Tabela ortologów
Klad	Rodzaj i gatunek	Nazwa zwyczajowa	Grupa taksonomiczna	Data rozbieżności (MYA)	Numer dostępowy	Okładka zapytania	Długość sekwencji (aa)	Tożsamość sekwencji (%)	Podobieństwo sekwencji (%)
łożyska	Homo sapiens	Człowiek	Prymas	0	NP_001352821.1	100	402	100	100
	Goryl goryl	goryl zachodni	Prymas	9	XP_004063092.3	100	402	97	98
	Rhinopithecus roxellana	Małpa Złoto zadartym nosem	Prymas	29	XP_010386733.2	100	393	90	91
	Marmota flaviventris	Świstak żółtobrzuchy	Rodentia	89	XP_027780043.1	100	407	76	82
	Leptonychotes weddelli	Pieczęć Weddella	Mięsożerca	94	XP_030873069.1	100	407	76	82
	Ailuropoda melanoleuca	Panda wielka	Mięsożerca	94	XP_011225007.2	100	407	76	82
	Canis lupus	Szary Wilk	Mięsożerca	94	XP_025330588.1	100	407	76	82
	Talpa occidentalis	Hiszpański Kret	owadożerne	94	XP_037351914.1	100	406	74	79
	Globicephala melas	Długopłetwy wieloryb pilot	Delphinidae	94	XP_030692560.1	100	408	74	80
	molos molos	Aksamitny nietoperz wolnoogoniasty	Rodzina nietoperzy	94	XP_036132060.1	100	404	74	79
	Eptesicus fuscus	duży brązowy nietoperz	Rodzina nietoperzy	94	XP_008140813.2	101	404	73	80
	Rhinolophus ferrumequinum	Podkowiec większy	Rodzina nietoperzy	94	XP_032953151.1	100	407	72	79
Torbacze	Phascolarctos cinereus	Koala	Phascolarctidae	160	XP_020852118.1	41	231	44	65
	Dromiciops gliroides	Colocolo Opos	Microbiotheridae	160	XP_043845525.1	62	365	42	61
	Monodelphis domestica	Szary krótkoogoniasty przeciwnik	Didelphidae	160	XP_007490407.1	62	311	41	61
	Vombatus ursinus	Wombat pospolity	Wombatowate	160	XP_027703176.1	62	309	40	61
	Lisek Trichosurus	Opos szczotkogonowy	falangeroidowate	160	XP_036604697.1	62	289	40	59
	Sarcophilus harrisii	Diabeł tasmański	Dasyuridae	160	XP_031804879.1	65	313	38	52
stekowce	Ornithorhynchus anatinus	Dziobak dziobak	Dziobak	180	XP_028905014.1	40	246	35	57
	Tachyglossus aculeatus	kolczatka krótkodzioba	Echidna	180	XP_038618232.1	40	383	35	55

Kiedy CCDC188 pojawił się po raz pierwszy około 180 milionów lat temu w stekowcach, brakowało mu podstawowego zamka leucynowego. Torbacze były pierwszymi ssakami, które wyewoluowały podstawową domenę zamka leucynowego CCDC188. Szybkość ewolucji CCDC188 mierzona na podstawie identyczności sekwencji z ludźmi pokazuje, że CCDC188 początkowo ewoluował szybko z szybkością 0,97 zmian na 100 aminokwasów na milion lat. Począwszy od pierwszych łożysk, ewolucja CCDC188 zwolniła do tempa 0,45 zmian na 100 aminokwasów na milion lat. Jeden paralog dla CCDC188 istnieje u ludzi, znany jako podobny do CCDC188. Ten gen pojawił się po raz pierwszy u torbaczy.

CCDC188 Tempo ewolucji

Patologia

Mutacja nonsensowna w regionie kodującym CCDC188 została powiązana z barwnikowym zwyrodnieniem siatkówki , procesem degeneracji siatkówki charakteryzującym się niekontrolowaną śmiercią pręcików . CCDC188 jest również usuwany w zespole delecji 22q11.2 .

Schemat CCDC188 i nonsensownej mutacji obserwowanej w barwnikowym zwyrodnieniu siatkówki