CXorf66
Identyfikatory | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CXorf66 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
, SGPX, otwarta ramka odczytu chromosomu X 66 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
identyfikatorów zewnętrznych | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Wikidane | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
CXorf66, znany również jako Chromosome X Open Reading Frame 66 , jest białkiem 361aa u ludzi, które jest kodowane przez gen CXorf66 . Przewiduje się, że kodowane białko będzie białkiem transbłonowym typu 1 ; jednak jego dokładna funkcja jest obecnie nieznana. CXorf66 ma jeden alias: RP11-35F15.2.
Istnieje patent na CXorf66 pod plikiem US 8586006 wydany przez Institute for Systems Biology and Integrated Diagnostics, Inc.
Białko CXorf66 jest potencjalnym nowym biomarkerem raka .
Gen
CXorf66 znajduje się na chromosomie X w Xq27.1 i jest na nici dopełniacza. Gen CXorf66 znajduje się pomiędzy ATPazą ATP11C , MIR505 i HNRNPA3P3 . Oprócz tego, według OMIM, CXorf66 znajduje się pomiędzy SOX3 , SPANXB1 i CDR1 .
mRNA
Warianty splotów
CXorf66 składa się tylko z jednego znanego wariantu składania z trzema egzonami (1-117, 118-271 i 272-1288 pz) i dwoma intronami . Lokalizacje skrzyżowań występują przy 30aa [G] i 81aa [M].
Stwierdzono, że CXorf66 ma tylko jedno miejsce poliadenylacji .
Białko
Kompozycja
Zawierające 57 seryny i 42 lizyny białko CXorf66 jest bogate zarówno w serynę , jak i lizynę . CXorf66 ma masę cząsteczkową 39,9 kdal i punkt izoelektryczny 9,89.
Domeny
Białko CXorf66 ma przewidywany peptyd sygnałowy od 1-19aa, domenę topologiczną od 20-47aa, domenę transbłonową od 48-68aa i drugą domenę topologiczną od 69-361aa. Przewiduje się, że miejsce cięcia peptydu sygnałowego pojawi się pomiędzy 17-18aa. Po analizie składu białka (bogatego w serynę i lizynę) oraz modyfikacji potranslacyjnych (wysoki poziom fosforylacji) przewiduje się, że pierwsza domena topologiczna [20-47aa] jest zewnątrzkomórkowa, podczas gdy domena topologiczna [69-361aa ] jest cytoplazmatyczna . Wizualizację można zobaczyć na rysunku II .
W ludzkim białku CXorf66 znaleziono trzy powtarzające się motywy DKPV [31-34 i 204-207aa], SEAK [97-100 i 287-290aa] oraz PKRS [161-164 i 245-248aa]. Te powtórzenia są zachowane u innych naczelnych, takich jak Gorilla gorilla gorilla i Macaca mulatta , ale nie występują u innych ssaków.
SNP
Istnieje jeden naturalny wariant populacji (częstość 0,436) przy 233aa od proliny do leucyny w białku CXorf66, przy czym prolina jest aminokwasem kodowanym przez przodków. W przypadku tej mutacji zmiany sensu nie zaobserwowano żadnych efektów .
Białka oddziałujące
W oparciu o przewidywane przez STRING interakcje białek, CXorf66 ma średnią punktację za wiązanie z białkami wymienionymi na rycinie III . Należy zauważyć, że wszystkie wymienione białka nie zostały określone eksperymentalnie.
Rozporządzenie
Transkrypcja
Promotor
Genomatix przewiduje tylko jeden promotor dla białka CXorf66 na nici ujemnej od 139047554-139048298 o długości 745 pz. Gdy do wygenerowania promotora CXorf66 zastosowano dopasowanie wyszukiwania BLAT , pobrano liczne trafienia o wysokiej identyczności dla różnych genów na różnych chromosomach. Poniżej znajduje się kilka wygenerowanych wyników wyszukiwania z najwyższą punktacją, które mają wysoki procent identyczności:
Nazwa | Identyfikator genu | Wynik | Rozpiętość (bp) z 745 | Tożsamość | Chromosom | Pasmo | Początek | Koniec |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ZBTB8A | 653121 | 282 | 656 | 88,2% | 1 | - | 32994892 | 32995547 |
TESK2 | 10420 | 263 | 624 | 90,3% | 1 | - | 45843093 | 45843716 |
TBCK | 93627 | 244 | 639 | 91,5% | 4 | + | 107146630 | 107147268 |
USP48 | 84196 | 241 | 631 | 89,0% | 1 | + | 22014725 | 22015355 |
PTPN22 | 26191 | 227 | 281 | 90,0% | 1 | - | 114365307 | 114365587 |
PSPH | 5723 | 220 | 605 | 90,6% | 7 | - | 56098319 | 56098923 |
Wyjątkowo TESK2 jest kinazą białkową specyficzną dla jąder, która koreluje z przewidywaną ekspresją tkankową CXorf66.
Czynniki transkrypcyjne
Dzięki zastosowaniu Genomatix wygenerowano tabelę 20 najlepszych czynników transkrypcyjnych i ich miejsc wiązania w promotorze CXorf66 (patrz Figura IV ).
Tłumaczenie
CXorf66 ma dwa miRNA , hsa-mir-1290 i hsa-miR-4446-5p, które mają wiązać się z regionem 3' UTR mRNA.
Modyfikacje potranslacyjne
Miejsce N-glikozylacji zostało przewidziane przez NetNGlyc firmy Expasy w NGSS [24aa] z możliwym również miejscem drugorzędowym w NGTN [21aa]. Wykorzystując NetPhos , przewidziano łącznie 48 miejsc fosforylacji (41 seryny , 2 treoniny i 5 tyrozyn ), z których wszystkie występują za przewidywaną domeną transbłonową, co sugeruje topologię cytoplazmatyczną. Za pomocą YinOYang przewidziano wiele miejsc O-GlcNAc . Wszystkie, które zawierają wysoki potencjał, występują po regionie transbłonowym 48-68aa. Analiza SUMOplot przeprowadzona na białku Homo sapiens CXorf66 wykazała wysokie prawdopodobieństwo motywu sumoilacji w pozycji K241, obok motywów o niskim prawdopodobieństwie w K316 i K186. Ponieważ sumoilacja odgrywa rolę w różnych procesach komórkowych, takich jak transport jądrowo-cytozolowy i regulacja transkrypcji, oczekuje się, że CXorf66 jest modyfikowany przez post-translację białka SUMO .
Lokalizacja subkomórkowa
Używając PSORT II, jest sygnał lokalizacji jądrowej PYKKKHL na 268aa. Można zauważyć, że ten sygnał jest zachowany u innych gatunków naczelnych; jednak nie występuje u innych ssaków. Oprócz tego, zgodnie z przewidywaniami SAPS kNN firmy SDSC Biology Workbench, białko CXorf66 dla ludzi i mysi homolog mają 47,8% prawdopodobieństwo, że znajdą się w regionie jądrowym komórki. Jednak w przypadku bardziej odległych homologów, takich jak Bos taurus, które nie mają sygnałów lokalizacji jądrowej, CXorf66 ma 34,8% prawdopodobieństwa, że trafi do przestrzeni zewnątrzkomórkowej, w tym do regionu ściany komórkowej lub regionów błony komórkowej. Aby zobaczyć kilka homologów i ich sygnały lokalizacji jądrowej, patrz Figura V.
Homologia
CXorf66 nie ma znanych paralogów u ludzi; jednak CXorf66 zachował homologi w całym Mammalia . Wysoce konserwatywny u naczelnych zauważono zauważalną szybką ewolucję CXorf66, patrz Ryc. VI , wyjaśniającą większą liczbę ortologów u ssaków niż u bezkręgowców, ptaków i gadów.
Białko CXorf66 | Gatunek | Data rozbieżności (MYA) | Numer dostępu ncbi | okładka zapytania | Wartość E | Tożsamość |
---|---|---|---|---|---|---|
Homolog CXorf66 | Szympans (Pan troglodytes) | 6.3 | XP_001139133.1 | 100% | 0 | 98% |
Homolog CXorf66 | Goryl (goryl goryl goryl) | 8.8 | XP_004065002.1 | 100% | 0 | 98% |
LOC631784 izoforma X1 | Mysz (Mus musculus) | 92,3 | XP_006528296.1 | 98% | 2E-41 | 34% |
Izoforma X1 podobna do CXorf66 | Szczur (Rattus norvegicus) | 92,3 | XP_001068529.2 | 84% | 6E-32 | 32% |
Homolog CXorf66 | Krowa (Bos taurus) | 94,2 | XP_005200949.1 | 96% | 2.00E-46 | 35% |
Homolog CXorf66 | Nosorożec biały (Ceratotherium simum simum) | 94,2 | XP_004441715.1 | 100% | 8.00E-86 | 48% |
Homolog CXorf66 | Koń (Equus caallus) | 94,2 | XP_005614614.1 | 96% | 8.00E-58 | 44% |
Polipeptyd o podłożu neurofilamentowym | Zięba zebry (Taeniopygia guttata) | 296 | XP_002197538.1 | 44% | 2.00E-08 | 30% |
Podobny do triadyny, częściowy | Aligator (Alligator mississippiensis) | 296 | XP_006271227.1 | 53% | 2.00E-12 | 23% |
LOC590028 | Jeżowiec (Strongylocentrotus purpuratus) | 742,9 | XP_794743.3 | 45% | 2.00E-05 | 35,40% |
Alfa-L-fukozydaza | Streptococcus mitis | 2535,8 | WP_001083113.1 | 47% | 7.00E-38 | 22% |
Wyrażenie
Z wyświetlacza Unigene EST cDNA Tissue Abundance i atlasu białek, CXorf66 ma umiarkowanie wysoki poziom ekspresji w jądrach, oprócz wyższych poziomów ekspresji w tkance płodu w porównaniu z innymi stadiami rozwojowymi. Białko CXorf66 ma również zauważalnie niską obecność zarówno w kontrolnym całkowitym RNA endometrium , jak i całkowitym RNA endometriozy . Wykazano, że CXorf66 ma zauważalną obecność w osoczu i płytkach krwi . W oparciu o dane PaxDb, CXorf66 znalazł się wśród 5% najlepszych w jednym badaniu ludzkiego osocza i w 25% najlepszych w innym badaniu przeprowadzonym z użyciem ludzkich płytek krwi. Oprócz tego zaobserwowano zauważalną obecność białka CXorf66 na poziomie 60–100% zarówno w tkance przegrody z kardiomiopatią niewydolną, jak iz rozstrzeniową. Ponadto CXorf66 ma około 75% obecności białka w komórkach jednojądrzastych krwi obwodowej .
Linki zewnętrzne
- Lokalizacja ludzkiego genomu CXorf66 i strona szczegółów genu CXorf66 w przeglądarce genomu UCSC .