CXorf66

Identyfikatory
CXorf66
, SGPX, otwarta ramka odczytu chromosomu X 66
identyfikatorów zewnętrznych
ortologi
Gatunek Człowiek Mysz
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNA)

RefSeq (białko)

Lokalizacja (UCSC)
PubMed search
Wikidane
Wyświetl/edytuj człowieka Wyświetl/edytuj mysz

CXorf66, znany również jako Chromosome X Open Reading Frame 66 , jest białkiem 361aa u ludzi, które jest kodowane przez gen CXorf66 . Przewiduje się, że kodowane białko będzie białkiem transbłonowym typu 1 ; jednak jego dokładna funkcja jest obecnie nieznana. CXorf66 ma jeden alias: RP11-35F15.2.

Istnieje patent na CXorf66 pod plikiem US 8586006 wydany przez Institute for Systems Biology and Integrated Diagnostics, Inc.

Białko CXorf66 jest potencjalnym nowym biomarkerem raka .

Gen

CXorf66 znajduje się na chromosomie X w Xq27.1 i jest na nici dopełniacza. Gen CXorf66 znajduje się pomiędzy ATPazą ATP11C , MIR505 i HNRNPA3P3 . Oprócz tego, według OMIM, CXorf66 znajduje się pomiędzy SOX3 , SPANXB1 i CDR1 .

Locus genu dla ludzkiego genu CXorf66 na chromosomie X

mRNA

Warianty splotów

CXorf66 składa się tylko z jednego znanego wariantu składania z trzema egzonami (1-117, 118-271 i 272-1288 pz) i dwoma intronami . Lokalizacje skrzyżowań występują przy 30aa [G] i 81aa [M].

Splicing genu CXorf66

Stwierdzono, że CXorf66 ma tylko jedno miejsce poliadenylacji .

Białko

Kompozycja

Zawierające 57 seryny i 42 lizyny białko CXorf66 jest bogate zarówno w serynę , jak i lizynę . CXorf66 ma masę cząsteczkową 39,9 kdal i punkt izoelektryczny 9,89.

Domeny

Białko CXorf66 ma przewidywany peptyd sygnałowy od 1-19aa, domenę topologiczną od 20-47aa, domenę transbłonową od 48-68aa i drugą domenę topologiczną od 69-361aa. Przewiduje się, że miejsce cięcia peptydu sygnałowego pojawi się pomiędzy 17-18aa. Po analizie składu białka (bogatego w serynę i lizynę) oraz modyfikacji potranslacyjnych (wysoki poziom fosforylacji) przewiduje się, że pierwsza domena topologiczna [20-47aa] jest zewnątrzkomórkowa, podczas gdy domena topologiczna [69-361aa ] jest cytoplazmatyczna . Wizualizację można zobaczyć na rysunku II .

Rycina I. Kandydat na miejsca fosforylacji w ludzkim białku CXorf66
Rysunek II. SOSUI Przewidywanie transbłonowej topologii białka CXorf66

W ludzkim białku CXorf66 znaleziono trzy powtarzające się motywy DKPV [31-34 i 204-207aa], SEAK [97-100 i 287-290aa] oraz PKRS [161-164 i 245-248aa]. Te powtórzenia są zachowane u innych naczelnych, takich jak Gorilla gorilla gorilla i Macaca mulatta , ale nie występują u innych ssaków.

SNP

Istnieje jeden naturalny wariant populacji (częstość 0,436) przy 233aa od proliny do leucyny w białku CXorf66, przy czym prolina jest aminokwasem kodowanym przez przodków. W przypadku tej mutacji zmiany sensu nie zaobserwowano żadnych efektów .

Białka oddziałujące

W oparciu o przewidywane przez STRING interakcje białek, CXorf66 ma średnią punktację za wiązanie z białkami wymienionymi na rycinie III . Należy zauważyć, że wszystkie wymienione białka nie zostały określone eksperymentalnie.

Rozporządzenie

Transkrypcja

Promotor

Genomatix przewiduje tylko jeden promotor dla białka CXorf66 na nici ujemnej od 139047554-139048298 o długości 745 pz. Gdy do wygenerowania promotora CXorf66 zastosowano dopasowanie wyszukiwania BLAT , pobrano liczne trafienia o wysokiej identyczności dla różnych genów na różnych chromosomach. Poniżej znajduje się kilka wygenerowanych wyników wyszukiwania z najwyższą punktacją, które mają wysoki procent identyczności:

Nazwa Identyfikator genu Wynik Rozpiętość (bp) z 745 Tożsamość Chromosom Pasmo Początek Koniec
ZBTB8A 653121 282 656 88,2% 1 - 32994892 32995547
TESK2 10420 263 624 90,3% 1 - 45843093 45843716
TBCK 93627 244 639 91,5% 4 + 107146630 107147268
USP48 84196 241 631 89,0% 1 + 22014725 22015355
PTPN22 26191 227 281 90,0% 1 - 114365307 114365587
PSPH 5723 220 605 90,6% 7 - 56098319 56098923

Wyjątkowo TESK2 jest kinazą białkową specyficzną dla jąder, która koreluje z przewidywaną ekspresją tkankową CXorf66.

Czynniki transkrypcyjne

Dzięki zastosowaniu Genomatix wygenerowano tabelę 20 najlepszych czynników transkrypcyjnych i ich miejsc wiązania w promotorze CXorf66 (patrz Figura IV ).

Figura IV: Wygenerowana lista miejsc wiążących czynniki transkrypcyjne w promotorze CXorf66

Tłumaczenie

CXorf66 ma dwa miRNA , hsa-mir-1290 i hsa-miR-4446-5p, które mają wiązać się z regionem 3' UTR mRNA.

Modyfikacje potranslacyjne

Miejsce N-glikozylacji zostało przewidziane przez NetNGlyc firmy Expasy w NGSS [24aa] z możliwym również miejscem drugorzędowym w NGTN [21aa]. Wykorzystując NetPhos , przewidziano łącznie 48 miejsc fosforylacji (41 seryny , 2 treoniny i 5 tyrozyn ), z których wszystkie występują za przewidywaną domeną transbłonową, co sugeruje topologię cytoplazmatyczną. Za pomocą YinOYang przewidziano wiele miejsc O-GlcNAc . Wszystkie, które zawierają wysoki potencjał, występują po regionie transbłonowym 48-68aa. Analiza SUMOplot przeprowadzona na białku Homo sapiens CXorf66 wykazała wysokie prawdopodobieństwo motywu sumoilacji w pozycji K241, obok motywów o niskim prawdopodobieństwie w K316 i K186. Ponieważ sumoilacja odgrywa rolę w różnych procesach komórkowych, takich jak transport jądrowo-cytozolowy i regulacja transkrypcji, oczekuje się, że CXorf66 jest modyfikowany przez post-translację białka SUMO .

Lokalizacja subkomórkowa

Rysunek V. Sygnały lokalizacji jądrowej CXorf66 w homologach

Używając PSORT II, ​​jest sygnał lokalizacji jądrowej PYKKKHL na 268aa. Można zauważyć, że ten sygnał jest zachowany u innych gatunków naczelnych; jednak nie występuje u innych ssaków. Oprócz tego, zgodnie z przewidywaniami SAPS kNN firmy SDSC Biology Workbench, białko CXorf66 dla ludzi i mysi homolog mają 47,8% prawdopodobieństwo, że znajdą się w regionie jądrowym komórki. Jednak w przypadku bardziej odległych homologów, takich jak Bos taurus, które nie mają sygnałów lokalizacji jądrowej, CXorf66 ma 34,8% prawdopodobieństwa, że ​​trafi do przestrzeni zewnątrzkomórkowej, w tym do regionu ściany komórkowej lub regionów błony komórkowej. Aby zobaczyć kilka homologów i ich sygnały lokalizacji jądrowej, patrz Figura V.

Homologia

CXorf66 nie ma znanych paralogów u ludzi; jednak CXorf66 zachował homologi w całym Mammalia . Wysoce konserwatywny u naczelnych zauważono zauważalną szybką ewolucję CXorf66, patrz Ryc. VI , wyjaśniającą większą liczbę ortologów u ssaków niż u bezkręgowców, ptaków i gadów.

Rysunek VI. Rozbieżność homologów białek CXorf66
Białko CXorf66 Gatunek Data rozbieżności (MYA) Numer dostępu ncbi okładka zapytania Wartość E Tożsamość
Homolog CXorf66 Szympans (Pan troglodytes) 6.3 XP_001139133.1 100% 0 98%
Homolog CXorf66 Goryl (goryl goryl goryl) 8.8 XP_004065002.1 100% 0 98%
LOC631784 izoforma X1 Mysz (Mus musculus) 92,3 XP_006528296.1 98% 2E-41 34%
Izoforma X1 podobna do CXorf66 Szczur (Rattus norvegicus) 92,3 XP_001068529.2 84% 6E-32 32%
Homolog CXorf66 Krowa (Bos taurus) 94,2 XP_005200949.1 96% 2.00E-46 35%
Homolog CXorf66 Nosorożec biały (Ceratotherium simum simum) 94,2 XP_004441715.1 100% 8.00E-86 48%
Homolog CXorf66 Koń (Equus caallus) 94,2 XP_005614614.1 96% 8.00E-58 44%
Polipeptyd o podłożu neurofilamentowym Zięba zebry (Taeniopygia guttata) 296 XP_002197538.1 44% 2.00E-08 30%
Podobny do triadyny, częściowy Aligator (Alligator mississippiensis) 296 XP_006271227.1 53% 2.00E-12 23%
LOC590028 Jeżowiec (Strongylocentrotus purpuratus) 742,9 XP_794743.3 45% 2.00E-05 35,40%
Alfa-L-fukozydaza Streptococcus mitis 2535,8 WP_001083113.1 47% 7.00E-38 22%

Wyrażenie

Z wyświetlacza Unigene EST cDNA Tissue Abundance i atlasu białek, CXorf66 ma umiarkowanie wysoki poziom ekspresji w jądrach, oprócz wyższych poziomów ekspresji w tkance płodu w porównaniu z innymi stadiami rozwojowymi. Białko CXorf66 ma również zauważalnie niską obecność zarówno w kontrolnym całkowitym RNA endometrium , jak i całkowitym RNA endometriozy . Wykazano, że CXorf66 ma zauważalną obecność w osoczu i płytkach krwi . W oparciu o dane PaxDb, CXorf66 znalazł się wśród 5% najlepszych w jednym badaniu ludzkiego osocza i w 25% najlepszych w innym badaniu przeprowadzonym z użyciem ludzkich płytek krwi. Oprócz tego zaobserwowano zauważalną obecność białka CXorf66 na poziomie 60–100% zarówno w tkance przegrody z kardiomiopatią niewydolną, jak iz rozstrzeniową. Ponadto CXorf66 ma około 75% obecności białka w komórkach jednojądrzastych krwi obwodowej .

Dane ekspresji tkankowej Unigene EST dla ludzkiego białka CXorf66
GeneCards Przewidywana ekspresja tkankowa ludzkiego białka CXorf66

Linki zewnętrzne