DEPDC5

Identyfikatory
DEPDC5
	, DEP.5, FFEVF, domena DEP zawierająca 5, FFEVF1, domena DEP zawierająca 5, podjednostka podzłożona GATOR1
Identyfikatory zewnętrzne
Lokalizacja genu ( człowiek ) Chr. Zespół Początek Koniec
Lokalizacja genu ( mysz ) Chr. Zespół Początek Koniec
Wzór ekspresji RNA Błagam Człowiek Mysz (ortolog) BioGPS nie dotyczy
Ontologia genów Funkcje molekularne Składnik komórkowy Proces biologiczny Źródła: Amigo / QuickGO
ortologi Gatunek Człowiek Mysz Entrez Ensembl UniProt RefSeq (mRNA) RefSeq (białko) Lokalizacja (UCSC) PubMed search
Wikidane
Wyświetl/edytuj człowieka Wyświetl/edytuj mysz

DEPDC5 (lub domena DEP zawierająca 5 ) jest ludzkim białkiem o słabo poznanej funkcji, ale w kilku badaniach wiązano go z rakiem . Jest kodowana przez gen o tej samej nazwie, zlokalizowany na chromosomie 22 .

Funkcjonować

Funkcja DEPDC5 nie jest jeszcze znana, ale bierze się udział w transdukcji sygnału wewnątrzkomórkowego w oparciu o homologię między domenami DEP DEPDC5 i Dishevelled-1 ( DVL1 ).

Mutacje w tym genie zostały powiązane z przypadkami padaczki ogniskowej (doi:10.1038/ng.2601).

Gen

U Homo sapiens gen DEPDC5 został zlokalizowany na długim ramieniu chromosomu 22, 22q12.2-q12.3, pomiędzy genami PRRL14 i YWHAH . Kliniczne znaczenie tego genu obejmuje intronowy SNP (rs1012068), który jest związany z 2-krotnym wzrostem ryzyka raka wątrobowokomórkowego .

Struktura

Domeny

DEP

Domena DEP wywodzi swoją nazwę od białek Disheveled , Egl-10 i Pleckstrin , z których każde zawiera wariant tej domeny. Obejmuje 82 reszty i ma 343 aminokwasy od C-końca . MODEL SZWAJCARSKI przewiduje dwa arkusze beta i trzy helisy alfa zawarte w domenie.

Chociaż jego dokładna funkcja nie jest znana, domena DEPDC5 DEP ma największe podobieństwo strukturalne do domeny DEP DVL1 podczas wykonywania CBLAST w NCBI . Dopasowanie daje wartość E 1,00e-08 i wskazuje 30% identyczności między domenami DEP dwóch białek. W DVL1 domena DEP bierze udział w lokalizacji białka w błonie komórkowej jako część szlaku sygnałowego Wnt .

DUF 3608

Domena DUF 3608 znajduje się 99 aminokwasów od N-końca i sama obejmuje 280 aminokwasów. PELE przewiduje co najmniej jeden arkusz beta i dwie helisy alfa w tej domenie. Zawiera również 26 wysoce konserwatywnych reszt i kilka modyfikacji potranslacyjnych. Oba wystąpienia zostały omówione w dalszej części tego artykułu.

Dowody na działanie DUF 3608 zostały odkryte w homologu drożdży Iml1p. Uważa się, że DUF 3608 Imlp1 pomaga w wiązaniu z dwoma partnerami białkowymi, Npr2 i Npr3. autofagii „głodu bez azotu” . Naukowcy, którzy to odkryli, proponują zmianę nazwy DUF 3608 na RANS (wymagane do autofagii indukowanej w warunkach głodu bez azotu).

Struktura drugorzędowa

W oparciu o jednomyślny konsensus narzędzia PELE do przewidywania struktury drugorzędowej, DEPDC5 zawiera co najmniej dziesięć helis alfa i dziewięć arkuszy beta. Lokalizacje tych drugorzędowych struktur pokazano na poniższym obrazku: czerwone światła to helisy alfa, a niebieskie światła to arkusze beta.

Homologia

ortologi

Grzyby są najbardziej spokrewnionymi organizmami zawierającymi białko ortologiczne do ludzkiego DEPDC5, w tym Saccharomyces cerevisiae i Albugo laibachii . U grzybów nazwa białka to Iml1p lub białko związane z błoną wakuolową Iml1. Odchylenia nazw u innych organizmów obejmują CG12090 ( Drosophila ) i AGAP007010 ( komar ). Ochrona jest wysoka między ludźmi a innymi kręgowców , od 74% identyczności u pielęgnic do 99% identyczności u szympansów .

Poniższa tabela podsumowuje analizę 20 białek ortologicznych do ludzkiego DEPDC5.

Gatunek	Nazwa zwyczajowa	Numer dostępu do NCBI	Nazwa NCBI	Długość	Tożsamość sekwencji	Podobieństwo sekwencji	Lata od odejścia od człowieka (mya)
Panowie troglodyci	Szympans	XP_003317262	DEPDC5	1572 aa	99%	99%	6.4
Nomascus leucogenys	Gibon	XP_003258163	DEPDC5	1602 aa	99%	99%	20.4
Mus musculus	Mysz	NP_001164038	DEPDC5	1591 aa	94%	96%	92,4
Bos Taurus	Krowa	XP_002694678	DEPDC5	1593 aa	94%	96%	94,4
Sorex krzyżak	Jędza	ACE77702	DEPDC5	1570 aa	94%	96%	94,4
Monodelphis domestica	Opos	XP_001378772	DEPDC5	1522 aa	89%	93%	163,9
Gallus gallus	Kurczak	XP_415249	DEPDC5	1592 aa	88%	93%	301.7
Meleagris gallopavo	Indyk	XP_003211073	DEPDC5	1592 aa	88%	93%	301.7
Taeniopygia guttata	Zięba zebry	XP_002199825	DEPDC5	1572 aa	87%	92%	301.7
Xenopus tropicalis	Żaba	XP_002931964	podobny do DEPDC5	1574 aa	79%	86%	371,2
Danio Rerio	Zebry	XP_691450	podobny do DEPDC5	1590 aa	75%	84%	400.1
Oreochromis niloticus	Pielęgnica	XP_003459226	DEPDC5	1577 aa	74%	82%	400.1
Strongylocentrotus purpuratus	Jeżowiec	XP_794020	podobny do DEPDC5	1608 aa	43%	57%	742,9
muszka owocowa	Drosophila	NP_647618	GC12090	1471 aa	41%	57%	782,7
Pediculus humanus corporis	Wesz	XP_002429401	DEPDC, domniemany	1538 aa	38%	53%	782,7
Anopheles gambiae	Komar	XP_308760	AGAP007010-PA	1640 aa	36%	51%	782,7
Ascaris suum	Ascaris	ADY40551	DEPDCp5	1359 aa	31%	51%	937,5
Ustilago maydis	Grzyb kukurydziany	XP_757759	białko związane z wakuolami Iml1	1867 r	23%	52%	1215,8
Saccharomyces cerevisiae	Drożdże	NP_012672	Iml1p	1584 aa	20%	50%	1215,8
Albugo laibachii	Biała rdza	CCA27519	domniemane białko związane z błoną wakuolową	1591 aa	20%	46%	1362

30 reszt zostało zachowanych od czasu rozejścia się zwierząt i grzybów, z czego 26 znajduje się w domenie DUF 3608. Poniższe dopasowanie wielu sekwencji ilustruje zachowanie domeny DUF ; przedstawiciele kladów bezkręgowców i grzybów są wyrównani do ludzkiego DUF 3608 z całkowicie konserwowanymi pozostałościami w kolorze zielonym.

Paralogi

Nie są znane ludzkie paralogi DEPDC5 , ale istnieje 64 ludzkich białek zawierających homologiczną domenę DEP. Nie ma również zidentyfikowanych paralogów dla białka drożdży Iml1, najbardziej odległego spokrewnionego ortologu ludzkiego DEPDC5.

Wyrażenie

Ekspresja DEPDC5 została scharakteryzowana jako wszechobecna w tkance ludzkiej za pomocą analizy RT-PCR i badań mikromacierzy DNA , jak pokazano na poniższym wykresie.

W jednym badaniu na pacjentach z rakiem wątrobowokomórkowym stwierdzono wyższą ekspresję DEPDC5 w tkance nowotworowej niż w tkance nienowotworowej. I odwrotnie, homozygotyczną delecję trzech genów, z których jeden to DEPDC5, stwierdzono w dwóch przypadkach glejaka wielopostaciowego . Inne anomalie ekspresji obejmują zerową ekspresję w linii komórkowej raka sutka MDA-MB-231 i niską ekspresję w linii komórkowej P116 ( ZAP70 ujemnej).

Modyfikacje potranslacyjne

Następujące modyfikacje potranslacyjne zostały przewidziane za pomocą narzędzi proteomicznych skompilowanych w ExPASy i PhosphoSite Plus dla ludzkiego białka DEPDC5.

Modyfikacja potranslacyjna	Liczba/miejsce	Źródło
Fosforylacja	133/(Ser: 87 Thr: 23 Tyr: 23)	NetPhos
	6/S579, S582, S1499, Y1515, Y1519, Y1543	PhosphoSite Plus
glikacja	29/5, 8, 13, 14, 28, 34, 56, 59, 64, 93, 131, 147, 229, 247, 256, 319, 436, 528, 609, 710, 862, 878, 1008, 1185, 1233, 1387, 1408, 1499, 1567, 1597	NetGlycate
Miejsce N-glikozylacji	9/N201, N298, N311, N384, N684, N1157, N1377, N1444, N1529	NetNGlyc
Zasiarczenie	3/Y397, Y459, Y462	Sulfinator
Sumoilacja	2/K59, K147	SUMOsp
Rozszczepienie propeptydu	2/R1004-M1005, R1528-N1529	Rekwizyt
O-glikozylacja	0	NetOGlyc
C-mannozylacja	0	NetCGlyc
mirystoilacja	0	mirystoilacja
Prenylacja	0	PrePS zarchiwizowane 2012-02-08 w Wayback Machine
Acetylacja	0	NetAcet

Interakcja

DEPDC5 może prawdopodobnie oddziaływać z podjednostką proteasomu PSMA3 , o czym świadczy koimmunoprecypitacja i czynnik transkrypcyjny MYC . DEPDC5 jest w kompleksie „GATOR1” z NPRL2 i NPRL3 .